| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,545,860 | G→C | 6.8% | T208T (ACC→ACG) | rlmB ← | 23S rRNA (guanosine(2251)‑2'‑O)‑methyltransferase RlmB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,545,860 | 0 | G | C | 6.8% | 233.9 / 6.0 | 73 | T208T (ACC→ACG) | rlmB | 23S rRNA (guanosine(2251)‑2'‑O)‑methyltransferase RlmB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/37); new base C (2/3); total (32/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.57e-01 | |||||||||||
CGAAGAGGCCGGAACAGGCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGTACCCACTACCCACAGGCCACGCTGCTGCAACTTCTCAAGCGTACGCG > NC_002947/5545712‑5546005 | cgAAGAGGCCGGTACAGGCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACgg < 4:407717/149‑1 (MQ=255) cGGAACAGGCTGAGAGGCCGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACACACCCCGGTCGCCACCGACACGTTACGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGGGAGCCgg < 6:5790/149‑1 (MQ=255) ggAACAGGCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCTACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACCCGTGAGcattg < 2:143862/149‑5 (MQ=255) aGGCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACCCGTGAGcatt > 6:324760/1‑140 (MQ=255) aGGCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACCCGTGAGcatt < 5:324760/143‑4 (MQ=255) gCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGcc < 4:173214/149‑1 (MQ=255) gCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACCCGTGAGcattgc > 8:213157/1‑138 (MQ=255) gCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACCCGTGAGcattgc < 7:213157/143‑6 (MQ=255) tGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCt > 4:277780/1‑149 (MQ=255) agagTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTg > 6:271217/1‑149 (MQ=255) aGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTcc > 3:69551/1‑149 (MQ=255) cTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGccc < 6:78313/149‑1 (MQ=255) ttGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGcccc > 6:152041/1‑149 (MQ=255) ttGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGcccc > 1:285968/1‑149 (MQ=255) ttGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCAcccc > 7:43689/1‑149 (MQ=255) gACCTGCCGCTGATGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGccccc < 5:361546/148‑1 (MQ=255) tccGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGGCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGGCCTTGCCTTCCGCCCCCATGatc < 4:54812/148‑1 (MQ=255) cGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGatcat < 1:161630/149‑1 (MQ=255) gCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGt > 6:419480/1‑149 (MQ=255) aCGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTgg > 4:92906/1‑149 (MQ=255) gCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGccc < 3:277780/149‑1 (MQ=255) gCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCACCCCCATGATCATCACCAGTGGccc < 8:43689/149‑1 (MQ=255) aaCAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCt < 2:192813/114‑1 (MQ=255) aaCAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCt > 1:192813/1‑114 (MQ=255) aaCAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAg < 5:271217/149‑1 (MQ=255) aCAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAgg < 5:151627/149‑1 (MQ=255) aCAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAgg < 1:347974/149‑1 (MQ=255) taGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGt < 7:358579/148‑1 (MQ=255) gACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGt > 8:358579/1‑147 (MQ=255) aCAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCtt > 7:219331/1‑149 (MQ=255) aaaCCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGc < 5:152041/149‑1 (MQ=255) aaaCCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACACGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACAAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGc > 3:274903/1‑149 (MQ=255) aaCCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCt < 5:419480/149‑1 (MQ=255) aCCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTg < 8:219331/149‑1 (MQ=255) ccccGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTgg < 8:161046/149‑1 (MQ=255) gCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGAtctc < 6:180351/149‑1 (MQ=255) ccACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTcc < 3:401181/149‑1 (MQ=255) cACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTcc < 6:185217/148‑1 (MQ=255) cACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTcc > 5:185217/1‑148 (MQ=255) acacGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCg > 4:200385/1‑119 (MQ=255) acacGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCg < 3:200385/119‑1 (MQ=255) gTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGt > 6:335671/1‑131 (MQ=255) gTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGt < 5:335671/131‑1 (MQ=255) ttAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTcc > 8:281781/1‑87 (MQ=255) ttAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTcc < 7:281781/87‑1 (MQ=255) ttAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTc < 6:99360/149‑1 (MQ=255) ttAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTc > 2:39106/1‑149 (MQ=255) tAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGGTCAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTc > 1:23829/1‑149 (MQ=255) aaGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGc > 1:55640/1‑149 (MQ=255) gctgctGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCAt > 3:408042/1‑90 (MQ=255) gctgctGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCAt < 4:408042/90‑1 (MQ=255) tgACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACggg < 3:204056/51‑1 (MQ=255) tgACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACggg > 4:204056/1‑51 (MQ=255) aCGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGtac < 2:55640/148‑1 (MQ=255) cGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGtaccc > 3:314136/1‑149 (MQ=255) ccGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGtacccactacc > 2:317012/1‑149 (MQ=255) aTCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGTACCCACTACCCACAg < 1:317012/149‑1 (MQ=255) tCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCAGCTCGGCCTCGCCAGCGGTACCCACTACCCACAgg > 2:102602/1‑149 (MQ=255) gg‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGTACCCACTACCCACAGGc > 2:194724/1‑148 (MQ=255) 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aCGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGTACCCACTACCCACAGGCCACGCTGCTGCAACTTCTCAAGCGTAcgc < 1:39106/148‑1 (MQ=255) aCGGGTGAGCCGGCACATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGTACCCACTACCCACAGGCCACGCTGCTGCAACTTCTCAAGCGTAcgcg > 5:73927/1‑149 (MQ=255) | CGAAGAGGCCGGAACAGGCTGAGAGTCAGCGCTTGACCTGCCGCTGACGCACGGCTTCGAACAGACAAACCCCGGTCGCCACCGACACGTTAAGGCTGCTGACGCTACCCGCCATCGG‑CAACTTGACCAGGAAGTCGCAATGCTCACGGGTGAGCCGGCGCATGCCCTTGCCTTCCGCCCCCATGATCATCACCAGTGGCCCGGTCAGGTCTTGCTGGTAGATCTCCTGCTCGGCCTCGCCAGCGGTACCCACTACCCACAGGCCACGCTGCTGCAACTTCTCAAGCGTACGCG > NC_002947/5545712‑5546005 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |