| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,611,323 | G→C | 6.2% | G106A (GGC→GCC) | PP_4931 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,611,323 | 0 | G | C | 6.2% | 316.3 / 8.2 | 96 | G106A (GGC→GCC) | PP_4931 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (44/46); new base C (3/3); total (47/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.69e-01 | |||||||||||
CCTGCACGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGCCTGGCGGAACTGGTG > NC_002947/5611183‑5611465 | ccTGCACGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCCTACTGGCCCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGCCCTCAGACGTACCCGCATGCTCTCCGAGGCCCACTACATGTGGTTGCCGGCCaaggtg > 1:107402/1‑144 (MQ=255) cACGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGc > 2:79918/1‑138 (MQ=255) cACGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGc < 1:79918/138‑1 (MQ=255) cACGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCg < 8:43083/148‑1 (MQ=255) cACGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCg < 8:211080/148‑1 (MQ=255) aCGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCgg > 6:405722/1‑148 (MQ=255) gcCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCt < 6:337541/149‑1 (MQ=255) ccTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCa > 5:292001/1‑143 (MQ=255) ccTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCa < 6:292001/143‑1 (MQ=255) aCCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTTGCCGGCCAAGGTGCCCGGCGACcacaggta < 2:107402/149‑5 (MQ=255) aCCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGAGGTTGCCGGCCAAGGTGCCCGGCGACcacaggta < 1:120895/149‑5 (MQ=38) cGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGct > 7:385862/1‑149 (MQ=255) ccTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCttcttc < 5:390601/149‑1 (MQ=255) cTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACaa < 2:196556/140‑1 (MQ=255) cTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACaa > 1:196556/1‑140 (MQ=255) ggAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGc < 6:190089/147‑1 (MQ=255) aaGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGc < 5:84817/149‑1 (MQ=255) cATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAgg > 6:406945/1‑149 (MQ=255) aTCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGc > 4:141158/1‑116 (MQ=255) aTCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGcttct > 7:48642/1‑136 (MQ=255) aTCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGcttct < 8:48642/136‑1 (MQ=255) aTCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGc < 2:318474/149‑1 (MQ=255) tCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTTGCCGGCCAAGGTGCCCGGCGACcaca > 4:210141/1‑126 (MQ=255) tCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTTGCCGGCCAAGGTGCCCGGCGACcaca < 3:210141/126‑1 (MQ=255) tCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGcc > 2:116173/1‑149 (MQ=255) gccgcgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCg > 5:53164/1‑107 (MQ=255) gccgcgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCg < 6:53164/107‑1 (MQ=255) gccgcgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGc < 2:170609/148‑1 (MQ=255) gccgcgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGc > 1:170609/1‑148 (MQ=255) cgcgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGcttctt < 2:5683/124‑1 (MQ=255) cgcgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGcttctt > 1:5683/1‑124 (MQ=255) cgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGt < 5:23069/149‑1 (MQ=255) cgcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGt < 1:66041/149‑1 (MQ=255) gcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTca < 2:405601/111‑1 (MQ=255) gcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTca > 1:405601/1‑111 (MQ=255) gcc‑gcTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTc < 1:116173/149‑1 (MQ=255) gcgAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCGCTACCTGTGGTTGCCGGCCAAGGTGCCCGGCGAcca > 4:323883/1‑99 (MQ=37) aGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAg < 1:345094/149‑1 (MQ=255) ggCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCAGCCTGCTATCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAAACTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGAc > 3:106829/1‑148 (MQ=255) gCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTcac > 8:232915/1‑92 (MQ=255) gCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTcac < 7:232915/92‑1 (MQ=255) cGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGt > 3:254734/1‑149 (MQ=255) cGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGt > 4:395954/1‑149 (MQ=255) cGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGAcc > 6:387430/1‑122 (MQ=255) cGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGAcc < 5:387430/122‑1 (MQ=255) cGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCgg > 6:335672/1‑149 (MQ=255) cGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCgg > 8:259266/1‑149 (MQ=255) gAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGCGCACGGccttgc < 8:374432/116‑5 (MQ=255) tCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGcttctt > 4:306560/1‑85 (MQ=255) tCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGcttctt < 3:306560/85‑1 (MQ=255) tCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTg > 6:265269/1‑149 (MQ=255) gACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTg > 3:20163/1‑147 (MQ=255) ccTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAgg > 7:339304/1‑149 (MQ=255) tCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGt < 5:382918/94‑1 (MQ=255) tCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGt > 6:382918/1‑94 (MQ=255) cAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGAcc > 8:44870/1‑149 (MQ=255) tCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGtt > 8:389008/1‑126 (MQ=255) tCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGtt < 7:389008/126‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGc < 2:208997/66‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGc > 1:208997/1‑66 (MQ=255) aCCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCa < 2:260549/137‑1 (MQ=255) aCCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCa > 1:260549/1‑137 (MQ=255) ccGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCggg < 8:177077/95‑1 (MQ=255) cGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAg > 8:282757/1‑108 (MQ=255) cGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAg < 7:282757/108‑1 (MQ=255) cGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCaa < 5:265269/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCaa < 3:395954/149‑1 (MQ=255) gCCTTCTCTCCGTTGCCCACTACCTGTGGGCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAg < 8:339304/149‑1 (MQ=255) cTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACcgc > 3:372133/1‑138 (MQ=255) cTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACcgc < 4:372133/138‑1 (MQ=255) ctctCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGc > 6:157153/1‑147 (MQ=255) tctcCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCTGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCgg < 8:91706/86‑1 (MQ=255) tctcCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCgg > 7:91706/1‑86 (MQ=255) tctcCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAg > 5:260992/1‑149 (MQ=255) tcCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGgt > 2:291785/1‑149 (MQ=255) tcCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGgt > 4:232023/1‑149 (MQ=255) cGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAgg < 5:335672/146‑1 (MQ=255) cGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGgtgt < 5:405722/149‑1 (MQ=255) aTGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTAc > 8:285010/1‑149 (MQ=255) tGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTAcc < 4:20163/149‑1 (MQ=255) cccACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGc > 7:218958/1‑149 (MQ=255) ccACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGcc > 3:290463/1‑149 (MQ=255) ccACTACCTGTGGTCACCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAg < 8:84468/139‑1 (MQ=255) ccACTACCTGTGGTCACCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAg > 7:84468/1‑139 (MQ=255) tACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGCCTGGc < 6:260992/149‑1 (MQ=255) aCCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAg > 4:363268/1‑113 (MQ=255) aCCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAg < 3:363268/113‑1 (MQ=255) ccTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGCCTGGc < 8:385862/147‑1 (MQ=255) ccTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGCCTGGCg < 5:406945/148‑1 (MQ=255) tgGTCGCCGGGCAGCTTGGCCGGCATCCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTTCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGCCTGGCGGaa < 5:185215/147‑1 (MQ=255) ggTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCGGGGTCGACCCGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCCGGACCGCGCGGTCAAGGGCACGGTGGACCGCCTGGCGGAGCtg > 7:182408/1‑149 (MQ=255) gTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACt > 3:324641/1‑102 (MQ=255) gTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACt < 4:324641/102‑1 (MQ=255) gTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGc < 2:283476/136‑1 (MQ=255) gTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGc > 1:283476/1‑136 (MQ=255) gCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGCCTGGCGGAACtggtg < 8:218958/148‑1 (MQ=255) | CCTGCACGGCGCCCTGACCGGCGCCTCGGAAGCCATCGCCGACATGCCGCGCC‑GCTGGCGCGAGGCCTTGGCCGGCAACGGCGAACTCGACCTCAGTCGTACCCGCCTGCTCTCCGATGCCCACTACCTGTGGTCGCCGGGCACCTTGGCCGGCAACCTCACAAGCTTCTTCGCCAGCAAGGCCGTGCGCGGCCGGGTCGACCAGGTCAAGGGTGACCAGTTGCCACCGGCACTGCAGGACCGCGCGTTCAAGGGCAAGGTGTACCGCCTGGCGGAACTGGTG > NC_002947/5611183‑5611465 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |