Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,622,556 | A→G | 7.4% | A394A (GCT→GCC) | PP_4941 ← | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,622,556 | 0 | A | G | 7.4% | 151.9 / 2.7 | 54 | A394A (GCT→GCC) | PP_4941 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (26/24); new base G (2/2); total (28/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.99e-01 |
CCCGGCAAGCCAGCGTTGCAGCAGGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGCTTCCAATACCGCC > NC_002947/5622418‑5622703 | cccGGCAAGCCAGCGTTGCAGCAGGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAg < 6:414392/149‑1 (MQ=255) ggCAAGCCAGCGTTGCAGCAGGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAgcgc > 7:194395/1‑149 (MQ=255) cAAGCCAGCGTTGCAGCAGGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTc < 3:109345/149‑1 (MQ=255) ccAGCGTTGCAGCAGGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGGAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAAtt > 6:242065/1‑149 (MQ=255) ttGCAGCAGGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTgcggcg < 2:399244/149‑1 (MQ=255) cagcagGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGt > 6:28664/1‑148 (MQ=255) gcaggcggcgcaggcggcGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGGAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTaaa < 5:242065/149‑1 (MQ=255) ggcggcgcaggcggcgcTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGcc > 2:109423/1‑149 (MQ=255) gcggcgcTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGc < 4:237707/149‑1 (MQ=255) cTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCt > 7:12560/1‑114 (MQ=255) cTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCt < 8:12560/114‑1 (MQ=255) tGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCg < 4:365587/149‑1 (MQ=255) ggcggcTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGc > 7:353876/1‑147 (MQ=255) ggcTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCTGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCg < 2:281508/149‑1 (MQ=255) cAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCTATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTc < 2:281815/147‑1 (MQ=255) ggTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACACCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTa > 6:424537/1‑149 (MQ=255) tGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACACCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTg < 5:424537/149‑1 (MQ=255) atccccAGGGACATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTAGCCCAACGCCCAGCGGTCGTTATCGTGCAggtg > 6:98695/4‑149 (MQ=255) tGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGAGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAggtgg > 2:347010/1‑149 (MQ=255) ccAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTg > 6:415048/1‑149 (MQ=255) ccAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTg > 6:111313/1‑149 (MQ=255) cAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTgg > 4:173127/1‑149 (MQ=255) gggCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCg < 7:275582/149‑1 (MQ=255) ggCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCg > 5:64325/1‑148 (MQ=255) gCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCTGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTa < 8:194395/149‑1 (MQ=255) cATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGcc < 6:422626/88‑1 (MQ=255) cATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGcc > 5:422626/1‑88 (MQ=255) gTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAgg > 2:190476/1‑149 (MQ=255) tCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCa > 4:96902/1‑124 (MQ=255) tCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCa < 3:96902/124‑1 (MQ=255) gcgcTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGttt > 2:233568/1‑149 (MQ=255) cgcTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGtt > 2:114086/1‑128 (MQ=255) cgcTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGtt < 1:114086/128‑1 (MQ=255) cgcTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTtg < 6:64325/149‑1 (MQ=255) cgcAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCtgccat < 3:319877/149‑1 (MQ=255) cACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATc < 4:361992/96‑1 (MQ=255) cACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATc > 3:361992/1‑96 (MQ=255) cAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGc > 4:181693/1‑148 (MQ=255) ggCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCAGGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGGCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAg < 6:132380/149‑1 (MQ=255) ggCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTgg > 1:176314/1‑127 (MQ=255) ggCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTgg < 2:176314/127‑1 (MQ=255) cTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGc < 5:415048/149‑1 (MQ=255) cgctGCCCAGGCTTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAACAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAg > 7:139952/4‑142 (MQ=255) cgctGCCCAGGCTTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAACAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAg < 8:139952/139‑1 (MQ=255) ggTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGCTTCCaa > 7:67637/1‑149 (MQ=255) ggTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCCTGCAAGGCTTCCaa > 1:256420/1‑149 (MQ=255) ctGCCCAGGCTTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAg < 2:27827/139‑1 (MQ=255) ctGCCCAGGCTTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAg > 1:27827/2‑140 (MQ=255) tGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGCTTCCAATa < 1:233568/149‑1 (MQ=255) ctgcaGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGCTTCCAATAcc < 6:385877/145‑1 (MQ=255) cccAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGc < 6:144914/83‑1 (MQ=255) cccAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGc > 5:144914/1‑83 (MQ=255) cccAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAgg < 3:388684/138‑1 (MQ=255) cccAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAgg > 4:388684/1‑138 (MQ=255) ccAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCCAGGCTTCCACTAccg > 4:150822/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGCTTCCAATAccgcc > 5:192730/1‑149 (MQ=255) aaGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGCTTCCAATAccgcc > 1:207761/1‑149 (MQ=255) | CCCGGCAAGCCAGCGTTGCAGCAGGCGGCGCAGGCGGCGCTTGAACGGTGCCGGCGGCTGCAGGTCGTGCATCATGCCCAGGGCCATCGCCTTGTCGCGCTGGATCGCGCAGTCCAGCACCAGGCTGCAGGGTGCCCAAGCCTGGGCAGCGCTCAATTGCGGCGGTAAAGCCACGCCATCGCCACTGTCGCCCATCGGCCAGCGGTCGTTATCGTGCAGGTGGTTGGCGTAGCACAGCAAGGTTTGTGGCTGCCATGCCATGCCTTGCAAGGCTTCCAATACCGCC > NC_002947/5622418‑5622703 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |