| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 591,079 | G→A | 9.1% | R109H (CGC→CAC) | PP_0501 → | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 591,079 | 0 | G | A | 9.1% | 216.5 / 7.7 | 76 | R109H (CGC→CAC) | PP_0501 | NAD‑dependent epimerase/dehydratase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (33/36); new base A (3/4); total (36/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.88e-01 | |||||||||||
ATGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAC > NC_002947/590932‑591227 | aTGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATgcgc > 4:151089/1‑149 (MQ=255)aTGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATgcgc > 6:318319/1‑149 (MQ=255)aTGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATgcgc < 5:318319/149‑1 (MQ=255) cAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTg < 3:166382/149‑1 (MQ=255) aGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTg > 4:243147/1‑148 (MQ=255) ggCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGGTCAGGCATAGGTCGAAGACCCGGGGCGGACCCCCCAGAGTTACGTGATCGGTTCCCGCAACGGTTGCGAAGCCCTGCACGCGCAt > 6:190155/1‑149 (MQ=255) gTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGct < 5:190155/148‑2 (MQ=255) tCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTg < 3:37524/149‑1 (MQ=255) tCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCAGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCACGCGCATGGcttc < 6:29000/149‑4 (MQ=255) aCTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTgcg > 8:5042/1‑149 (MQ=255) tCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGcc > 4:388779/1‑149 (MQ=255) tCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGcc > 7:130747/1‑149 (MQ=255) aGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGGATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCgg < 6:47306/149‑1 (MQ=255) aGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCCTCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCgg < 6:53318/149‑1 (MQ=255) ggCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCggg < 2:10078/149‑1 (MQ=255) ggCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCggg < 8:130747/149‑1 (MQ=255) ctggctgCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTc < 5:96617/149‑1 (MQ=255) ccGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGc > 4:346264/1‑124 (MQ=255) ccGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGc < 3:346264/124‑1 (MQ=255) ccGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTc < 6:162135/147‑1 (MQ=255) cTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCcagcgca < 3:243147/149‑1 (MQ=255) tgtgGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCcagcgcag < 2:7198/149‑1 (MQ=255) tggtgCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCcagcgcagc < 7:5042/148‑1 (MQ=255) cATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGgtgt < 1:386395/148‑1 (MQ=255) aTCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCAt > 3:384247/1‑107 (MQ=255) aTCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCAt < 4:384247/107‑1 (MQ=255) aTCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCAATCGCCTGCATGGCGTGCGCCgg > 8:296362/1‑119 (MQ=255) gcggcgGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGcaa > 6:278225/1‑149 (MQ=255) ggTAGCGTCTGTTCAGGCATCGATCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTAATCGGTACCCTCAACCTTTGCCAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCCGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACCGCAACAATg > 4:312357/1‑149 (MQ=255) ggTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATg < 7:213441/149‑1 (MQ=255) aGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACg > 1:8034/1‑137 (MQ=255) aGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACg < 2:8034/137‑1 (MQ=255) 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aTGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCt < 4:347206/149‑1 (MQ=255) gcgcGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTg > 1:153818/1‑148 (MQ=255) cgcgTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGa < 2:153818/149‑1 (MQ=255) gcgTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAc > 6:37459/1‑149 (MQ=255) | ATGCAGGGCTGGTCACTCAGGCTGCGGCTGGCTGCCGTGCTGTGGTGCATCTGGCGGCGGTAGCGTCGGTTCAGGCATCGGTCGAAGACCCGGTGCGTACCCACCAGAGTAACTTCATCGGTACCCTCAACGTTTGCGAAGCCATGCGCGTGCATGGCGTGCGCCGGGTGCTCTTCGCCTCCAGCGCAGCGGTGTACGGCAACAATGGTGAAGGGGAATCGATTTCCGAAGACACGCCAAAGGCGCCGTTGACCCCTTATGCCGTGGACAAGCTGGCCAGTGAGCAGTACCTGGAC > NC_002947/590932‑591227 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |