| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 6,060,060 | G→A | 5.8% | R367H (CGC→CAC) | PP_5311 → | signal transduction protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,060,060 | 0 | G | A | 5.8% | 317.4 / 5.6 | 104 | R367H (CGC→CAC) | PP_5311 | signal transduction protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (49/48); new base A (3/3); total (52/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.35e-01 | |||||||||||
Only 100 of 107 total aligned reads displayed.
CTACCTGGCCGGGCTACTGCACAACTTCGGCTACCTGCTGCTGGCGCACGTGTTCCCGCCGCACTTCTCGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTGGCCACCCGCCTGCTGCGCTCG > NC_002947/6059914‑6060208 | ctacctGGCCGGGCTACTGCACAACTTCGGCTACCTGCTGCTGGCGCACGTGTTCCCGCCGCACTTCTCGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCcgcg < 3:62630/149‑1 (MQ=255)ctacctGGCCGGGCTACTGCACAACTTCGGCTACCTGCTGCTGGCGCACGTGTTCCCGCCGCACTTCTCGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCcgc > 4:53161/1‑148 (MQ=255) cctGGCCGGGCTACTGCACAACTTCGGCTACCTGCTGCTGGCGCACGTGTTCCCGCCGCACTTCTCGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGaa > 5:271296/1‑148 (MQ=255) cctGGCCGGGCTACTGCACAACTTCGGCTACCTGCTGCTGGCGCACGTGTTCCCGCCGCACTTCTCGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGaa < 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cGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGc < 6:133110/120‑1 (MQ=255) cGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGc > 5:133110/1‑120 (MQ=255) gCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCt < 7:27/108‑1 (MQ=255) gCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCt > 8:27/1‑108 (MQ=255) gCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACt < 1:126348/136‑1 (MQ=255) gCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACt > 2:126348/1‑136 (MQ=255) 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cacaCCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTccc < 3:53161/149‑1 (MQ=255) cacaCCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTccc < 2:15996/149‑1 (MQ=255) cTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTgg > 8:257653/1‑67 (MQ=255) cTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACt > 8:167608/1‑149 (MQ=255) aTGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTg > 5:7102/1‑149 (MQ=255) tgtgGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTg < 5:365680/148‑1 (MQ=255) ggAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGgtgt > 5:340466/1‑149 (MQ=255) gAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGtgtg > 8:137109/1‑149 (MQ=255) aGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGtgtg > 7:23227/1‑148 (MQ=255) aGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGtgtg < 8:23227/148‑1 (MQ=255) acacTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTgg > 3:111560/1‑149 (MQ=255) acacTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTgg > 6:422407/1‑149 (MQ=255) ttGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGc > 3:343367/1‑101 (MQ=255) ttGATGGTCATCAGCATCGAAAAGATCGGTGCCTGGGTGATGAATCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCATTGCGCTTCCAGCACGATCCGGc < 4:343367/101‑1 (MQ=255) gCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTc < 1:101097/118‑1 (MQ=255) gCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTc > 2:101097/1‑118 (MQ=255) gcttcATCAGCCAGGCACCGATCTGTTCGCGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTGGCCACCCGc > 1:348998/5‑149 (MQ=38) ggCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTc > 3:233482/1‑114 (MQ=255) ggCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTc < 4:233482/114‑1 (MQ=255) ggCATAAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTGGCCACCCGc < 4:111560/147‑1 (MQ=255) cAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGCGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGAACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCTCGTTCCGCAACTTGGTGTGCCTGGCCACCCGCctgat > 7:323742/1‑145 (MQ=255) gCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTGGCCACCCGCCTGCTgcgc < 7:167608/149‑1 (MQ=255) gcgAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTGGCCACCCGCCTGCTGCGCTcg > 3:22242/1‑149 (MQ=255) | CTACCTGGCCGGGCTACTGCACAACTTCGGCTACCTGCTGCTGGCGCACGTGTTCCCGCCGCACTTCTCGCTGATTTGCCGCCACCTTGAGGTCAACCCGCATTTGAACCACACCTATGTGGAGCAACACTTGCTGGGCATCAGCCGCGAACAGATCGGTGCCTGGCTGATGAAGCTGTGGGACATGCCAGAAGAGCTGTCGACTGCCTTGCGCTTCCAGCACGATCCGGCCTACGACGGCGAATATTTCGCGTTCCCCAACTTGGTGTGCCTGGCCACCCGCCTGCTGCGCTCG > NC_002947/6059914‑6060208 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |