Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 743,420 | C→T | 5.3% | intergenic (+99/+175) | PP_0635 → / ← PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 743,420 | 0 | C | T | 5.3% | 301.3 / 2.8 | 94 | intergenic (+99/+175) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (45/44); new base T (3/2); total (48/46) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGC > NC_002947/743280‑743568 | tcGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAtg > 6:152612/1‑149 (MQ=255) gATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAt < 5:80444/146‑1 (MQ=255) aTACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAg > 8:352718/1‑144 (MQ=255) aTACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAg < 7:352718/144‑1 (MQ=255) cGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAATTCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTc < 2:226546/149‑1 (MQ=255) gATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCg > 6:307758/1‑149 (MQ=255) ttAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGt > 6:400395/1‑149 (MQ=255) aCCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGTCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGc > 4:338731/1‑149 (MQ=17) aCCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGc > 8:193945/1‑149 (MQ=255) cGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGt < 2:411881/149‑1 (MQ=255) gCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGTCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATa < 3:338731/148‑1 (MQ=18) ccGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGc > 5:46500/1‑149 (MQ=255) cgcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg < 7:201593/149‑1 (MQ=255) gcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg > 6:301726/1‑148 (MQ=255) ccTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGacaca > 5:229054/1‑148 (MQ=255) cTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGacaca > 7:237742/1‑147 (MQ=255) ccgccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGcgtc < 3:125779/149‑1 (MQ=255) cgccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGTCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGcacacaaggcag > 6:29686/1‑143 (MQ=18) cgccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGcgtcg > 7:57603/1‑149 (MQ=255) ccgTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAAc < 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cGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCg > 8:176250/1‑110 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGTGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCACGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAtgtg < 1:213211/98‑1 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGTGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTAtgtg > 2:213211/1‑97 (MQ=255) ggAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCg > 8:95224/1‑149 (MQ=255) gAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCgg < 5:400395/149‑1 (MQ=255) aCCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCgggg < 5:152612/149‑1 (MQ=255) 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gCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAactac > 7:165548/1‑149 (MQ=255) gCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAactac > 2:133656/1‑149 (MQ=255) cACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAactact < 5:301726/149‑1 (MQ=255) aCGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACtt > 5:322323/1‑149 (MQ=255) cGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTg < 7:95224/149‑1 (MQ=255) cGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGAGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTg < 3:371822/149‑1 (MQ=255) ggtggtGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCgg > 5:196686/1‑136 (MQ=255) ggtggtGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCgg < 6:196686/136‑1 (MQ=255) gtggtgTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGt < 8:312584/149‑1 (MQ=255) tgtgAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTcgcg < 5:278548/149‑1 (MQ=255) tgAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCgcggc < 2:292769/149‑1 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgt > 2:370768/1‑149 (MQ=255) agagGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgt > 3:404395/1‑149 (MQ=255) agGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACTCAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgtgt > 7:225581/1‑149 (MQ=255) agGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgtgt < 8:165548/149‑1 (MQ=255) agGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCgtgt > 1:89972/1‑149 (MQ=255) cggGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCag < 4:395072/149‑1 (MQ=255) gggTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga < 5:6140/149‑1 (MQ=255) gtgtGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCGgaga > 4:324504/1‑149 (MQ=255) gtgtGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAgaga < 6:322323/149‑1 (MQ=255) 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tcctACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGa < 6:162592/146‑1 (MQ=255) tcctACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGa > 5:162592/1‑146 (MQ=255) aCTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGt > 6:10539/1‑64 (MQ=255) aCTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGt < 5:10539/64‑1 (MQ=255) cTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGa < 8:237742/148‑1 (MQ=255) tCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACtt > 6:136822/1‑91 (MQ=255) tCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACtt < 5:136822/91‑1 (MQ=255) 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gcgAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGt > 7:254960/1‑149 (MQ=255) cA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCCGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCaga > 8:51145/1‑113 (MQ=255) gACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAagcta < 6:297352/149‑1 (MQ=255) gACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAagcta < 4:404395/149‑1 (MQ=255) ccTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTgg < 3:236359/149‑1 (MQ=255) gtgtgCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCg < 5:174109/147‑1 (MQ=255) tgCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCAc < 6:74368/149‑1 (MQ=255) cccGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGc < 6:383200/149‑1 (MQ=255) | TCGATACTGGATACGATTAACCGGCTTAGCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCA‑GACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGC > NC_002947/743280‑743568 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |