| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 743,450 | 0 | T | C | 9.3% | 304.5 / 14.7 | 107 | intergenic (+129/+145) | PP_0635/PP_0636 | group II intron‑encoding maturase/cold shock DNA‑binding domain‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (48/49); new base C (5/5); total (53/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 109 total aligned reads displayed.
GCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAG > NC_002947/743308‑743598 | ccGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGc > 5:46500/1‑149 (MQ=255) cgcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg < 7:201593/149‑1 (MQ=255) gcgTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCg > 6:301726/1‑148 (MQ=255) ccTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGacaca > 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cacaccaCCGTGCGTACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTg > 7:312584/7‑149 (MQ=255) cGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGTCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGcacacaaggcag < 5:61397/140‑7 (MQ=21) cGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGTCCGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGcacacaaggcag > 6:61397/1‑134 (MQ=21) gAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCgg < 5:400395/149‑1 (MQ=255) aCCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCgggg < 5:152612/149‑1 (MQ=255) 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tccGCTATGTAACGCAACCGAAGGTTGCTTCACATAGCGGGCACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCa > 3:44483/2‑146 (MQ=37) cccGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGc < 6:383200/149‑1 (MQ=255) gCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAgg < 3:238664/102‑1 (MQ=255) gCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAgg > 4:238664/1‑102 (MQ=255) tgtgAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGcc < 7:193945/148‑1 (MQ=255) tgAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACAAAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAg > 1:67957/1‑149 (MQ=255) 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aaGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGt > 4:264126/1‑148 (MQ=255) gCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAg < 7:299057/149‑1 (MQ=255) aaCCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGt < 5:108933/87‑1 (MQ=255) aaCCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGt > 6:108933/1‑87 (MQ=255) aaCCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGc < 3:89983/149‑1 (MQ=255) ggTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGa < 8:307838/148‑1 (MQ=255) ggTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGAt > 6:5662/1‑149 (MQ=255) gTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCTGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATc < 6:229054/149‑1 (MQ=255) gTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATc < 3:264126/149‑1 (MQ=255) gTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGAGAGGAGTGTAGGGGAGCGTTGAAATTGGCGGTTTCAAGCTAGGTTGGCGGTCCCGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATACt > 1:127135/1‑149 (MQ=255) gTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGc > 1:93321/1‑148 (MQ=255) gTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGc > 1:15652/1‑148 (MQ=255) ttACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGc > 6:307115/1‑147 (MQ=255) ttACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGAGTTGACAGTGG‑GGTTTGAAGGTTGCGTGGCGGTCACGCTTAGCCGAGTGACGCCTTCGAAGCTGCTac > 8:219888/1‑148 (MQ=255) | GCCGCGTAACCTGAACCGCCGTGTACGGAACCGTACGCACGGTGGTGTGAGAGGACGGCGGGTGTGAATCCGCCTCCTACTCGATTGCGCGAAATCAGACCTGCCTTGTGTGCCCGCTATGTGAAGCAACCTTCGGTTGCGTTACATAGCGGACACACAGCGTCGTGACTTGCCGGGGAAACTACTTGGTCGCGGCGTGTGGAGCAGA‑‑‑GACTGTAGGGGAGCGTTGACAGTGGCGGTTTCAAGCTAGCTTGGCGGTCACGCTAAGCCGAGTGAGGCATTCGATCCTGCTAG > NC_002947/743308‑743598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |