Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 799,761 | G→T | 12.4% | L238M (CTG→ATG) | ispB ← | octaprenyl diphosphate synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 799,761 | 0 | G | T | 12.4% | 144.1 / 2.1 | 52 | L238M (CTG→ATG) | ispB | octaprenyl diphosphate synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (17/28); new base T (5/2); total (22/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.19e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GCTCGGCGGTGTATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGC > NC_002947/799617‑799900 | gCTCGGCGGTGTATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAggg > 1:363230/1‑147 (MQ=255) gCTCGGCGGTGTATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCACCGTCAgcgaa > 8:209422/1‑145 (MQ=255) cTCGGCGGTGTATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAg < 2:363230/149‑1 (MQ=255) cggTGTATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTg < 4:297502/149‑1 (MQ=255) ggTGTATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGc < 7:209422/149‑1 (MQ=255) gtgtATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGcc < 7:27208/149‑1 (MQ=255) tgtATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCATCGTAGttttaaa > 2:253868/1‑145 (MQ=255) tATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGccca > 2:370540/1‑147 (MQ=255) cgcCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGgtc < 1:335088/148‑1 (MQ=255) 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3:152250/120‑1 (MQ=255) ttCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGa < 7:174597/147‑1 (MQ=255) ttCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGt > 3:320152/1‑149 (MQ=255) ttCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGt > 7:286911/1‑149 (MQ=255) ttCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCCGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGTCAGGGTAGGATAAACATCATAAAGCTCGTCACAGACGTTCTTGACCAGGCTCTGCGAga > 8:376916/1‑148 (MQ=255) cAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCATGGTAGTTTTTAAATCAGACAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCAc > 8:184497/1‑149 (MQ=255) 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6:122264/149‑1 (MQ=255) aCCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCcagca < 8:7644/149‑1 (MQ=255) cccTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCTCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCTGCGGCATGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCcagcag < 5:113145/149‑1 (MQ=255) gATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGa < 5:10520/149‑1 (MQ=255) gTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAg < 7:376916/149‑1 (MQ=255) gTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAg < 3:104065/149‑1 (MQ=255) ccAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGcc < 3:377130/149‑1 (MQ=255) tCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTc > 5:205443/1‑149 (MQ=255) ggTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCtt > 3:303502/1‑149 (MQ=255) gtAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAg < 5:225222/141‑1 (MQ=255) gtAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAg > 6:225222/1‑141 (MQ=255) tAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGGCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTcgcg < 8:378459/149‑1 (MQ=255) tCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCgctgc > 2:350702/1‑149 (MQ=255) | GCTCGGCGGTGTATTTCAGTGCGCCCGATTCTTCGACCGCAACGCGAATCTGTTCCAGATCTTCCAGGCCACCCTTCTGGATCGCCTGGCGTACCAGCGCCGCCTGCTCGGCAGTGCCTTCGCGCATGGTGTAGATCAGCGGCAGGGTAGGTTTGCCCTCGGCCAGGTCGTCACCGACGTTCTTGCCCAGGGTCTGCGAGTCACCCTTGTAGTCCAGCAGGTCGTCGACCAGCTGGAAGGCCACGCCCAGATGGTCGCCAAAGGTACGCAGGGCTTCGCGCTGC > NC_002947/799617‑799900 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |