| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,213,954 | A→C | 5.2% | I1002S (ATC→AGC) ‡ | PP_1061 ← | ATP‑dependent DNA helicase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,213,954 | 0 | A | C | 5.2% | 248.3 / 3.8 | 77 | I1002S (ATC→AGC) ‡ | PP_1061 | ATP‑dependent DNA helicase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (40/33); new base C (2/2); total (42/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.65e-01 | |||||||||||
CGGTGGATGCGTGCCAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTACAGTGCCAG > NC_002947/1213807‑1214096 | cGGTGGATGCGTGCCAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGAt > 5:162917/1‑149 (MQ=255) ggTGGATGCGTGCCAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AATTGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATc < 3:252699/149‑1 (MQ=255) gTGGATGCGTGCCAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCt > 5:14481/1‑149 (MQ=255) gTGGATGCGTGCCAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCt > 6:40781/1‑149 (MQ=255) gATGCGTGCCAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTGTAAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTgc > 1:318725/1‑149 (MQ=255) ccAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAtggcc > 2:179398/1‑147 (MQ=255) ggCGTTCGCACAATTGCAGGTCATTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCCCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGGTACCGGTTTGCCAAAAG‑GCGCACCGATCTGCGCCAGGGACTGGGGGCCa > 2:315232/1‑149 (MQ=255) gCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGc < 6:162917/149‑1 (MQ=255) aCCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCt > 3:237694/1‑148 (MQ=255) aTTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTCCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAgg < 2:355580/149‑1 (MQ=255) cAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATGAGCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAggcgg < 1:297575/149‑1 (MQ=255) gTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAggcgg > 7:38412/1‑145 (MQ=255) gTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAggcgg > 8:178956/1‑145 (MQ=255) 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cACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCt < 6:168476/102‑1 (MQ=255) cACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCt > 5:168476/1‑102 (MQ=255) aCCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGtt > 5:54109/1‑149 (MQ=255) aCCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGtt > 2:208359/1‑149 (MQ=255) ccTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTc > 2:117708/1‑149 (MQ=255) gCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTgggg > 5:38267/1‑111 (MQ=255) 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aGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGc > 2:176895/1‑149 (MQ=255) ccTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAggcggtg > 5:113871/1‑105 (MQ=255) ccTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAggcggtg < 6:113871/107‑3 (MQ=255) ccTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTg < 4:257990/149‑1 (MQ=255) ccTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTg < 5:40781/149‑1 (MQ=255) cTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTgg > 2:348075/1‑149 (MQ=255) cTTCGGCTTACAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGATCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTgg > 4:406646/1‑149 (MQ=255) gCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGaa < 2:55179/149‑1 (MQ=255) aGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGc > 2:150873/1‑149 (MQ=255) ccAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGt < 6:14481/149‑1 (MQ=255) agagCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTc < 7:333306/149‑1 (MQ=255) gagCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGt > 8:359396/1‑111 (MQ=255) gagCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGt < 7:359396/111‑1 (MQ=255) gCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGa < 1:348075/148‑1 (MQ=255) cTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCt < 1:117708/148‑1 (MQ=255) atatCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTc < 1:176895/149‑1 (MQ=255) atatCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTc > 7:340466/1‑149 (MQ=255) tCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCt < 6:54109/149‑1 (MQ=255) tCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCt < 1:208359/149‑1 (MQ=255) cGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGTCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGtt < 7:267296/132‑1 (MQ=255) cGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGTCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGtt > 8:267296/1‑132 (MQ=255) ggTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCtgt < 4:35184/149‑1 (MQ=255) ttACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTggg > 1:246749/1‑45 (MQ=255) ttACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTggg < 2:246749/45‑1 (MQ=255) 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cAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTc < 5:267512/87‑1 (MQ=255) cAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTc > 6:267512/1‑87 (MQ=255) cAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTa > 8:92724/1‑147 (MQ=255) cAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTACa < 7:92724/149‑1 (MQ=255) cAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTACa < 1:19362/149‑1 (MQ=255) aaTG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTACAg > 7:369485/1‑149 (MQ=255) aaTG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTACAg > 7:364055/1‑149 (MQ=255) ctG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGaa < 3:359691/99‑1 (MQ=255) ctG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGaa > 4:359691/2‑100 (MQ=255) gcAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTACAGTGCcag > 4:9695/1‑149 (MQ=255) | CGGTGGATGCGTGCCAGCAAGTGGCGTTCGCACCATTGCAGGTCAGTTGCACCTGGGCTG‑AAATGCCCGCGCAGCACAT‑AGCCTTCGGCTTCCAGGCGGGCCAGAGCCTGCTCGATATCGGTTACCGGTTTGCCCAATG‑GCGCAGCGATCTGCGCCAGGGTCTGGGGGCCATGGCCGCTCAGGCGGGCGCGCAGCAGTTCGCTCAGTGCGTGGTCGGGCTCGATGGGCTGGTCGAAGCCAGCGAGCCGTTCGAGCGCTGGCTCCCTGTGCGCTGTGGGGTACAGTGCCAG > NC_002947/1213807‑1214096 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |