Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,215,396 | G→A | 7.5% | S521S (AGC→AGT) | PP_1061 ← | ATP‑dependent DNA helicase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,215,396 | 0 | G | A | 7.5% | 155.1 / 2.3 | 53 | S521S (AGC→AGT) | PP_1061 | ATP‑dependent DNA helicase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (28/21); new base A (2/2); total (30/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 |
AGAACGGAATGGTCGGTGGCAGGCCATGAGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTCACGGTGCAAGTAGGCACTGC > NC_002947/1215257‑1215544 | agAACGGAATGGTCGGTGGCAGGCCATGAGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATg > 7:304259/1‑149 (MQ=255) aTGGTCGGTGGCAGGCCATGAGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAgcgc < 8:304259/149‑1 (MQ=255) aGGCCATGAGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAg > 4:331444/1‑149 (MQ=255) gAGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAg < 1:8783/127‑1 (MQ=255) gAGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAg > 2:8783/1‑127 (MQ=255) aGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGAAGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACgg < 5:145216/149‑1 (MQ=255) gCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGc < 7:207890/149‑1 (MQ=255) cccGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCg > 5:325788/1‑149 (MQ=255) gACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTgccgc > 5:71159/1‑149 (MQ=255) gcAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTg > 5:425337/1‑149 (MQ=255) aaTGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGt > 7:280983/1‑147 (MQ=255) aTAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTGCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCgg < 5:282989/149‑1 (MQ=255) tAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGt < 6:325788/149‑1 (MQ=255) gaggCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCg > 6:402991/1‑117 (MQ=255) gaggCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCg < 5:402991/117‑1 (MQ=255) gaggCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCCGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAg > 4:58744/1‑149 (MQ=255) aggCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGTCGCTGGTCAGCGCGGTCAGt > 2:348266/1‑149 (MQ=255) aggCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGt < 3:133647/149‑1 (MQ=255) gCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACACTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTg > 2:378286/1‑149 (MQ=255) gCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACACTGCCCATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTg > 2:384433/1‑149 (MQ=255) cccAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCa < 8:384765/130‑1 (MQ=255) cccAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCa > 7:384765/1‑130 (MQ=255) ggAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTgccg > 1:230676/1‑113 (MQ=255) ggAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTgccg < 2:230676/113‑1 (MQ=255) gAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGc > 5:20362/1‑84 (MQ=255) gAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGc < 6:20362/84‑1 (MQ=255) gAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGc > 1:184945/1‑149 (MQ=255) aaTATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCAc > 8:332054/1‑149 (MQ=255) atatCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGc < 4:357519/145‑1 (MQ=255) atatCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGc > 3:357519/1‑145 (MQ=255) cGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTg > 3:197491/1‑149 (MQ=255) gtcAATGCTTTCCACGTCAAAGTCTTCATTGACGCTGCAGATGTTCAGGGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGGTGGTCATCGCGTTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCAACGCAGCGTGc < 4:197491/147‑1 (MQ=255) aaTGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCcgccgc < 8:122213/101‑1 (MQ=255) aaTGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGc > 5:282583/1‑149 (MQ=255) aaTGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGc < 8:280983/149‑1 (MQ=255) gCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCCCGAAGCGTGCCGCTCa > 4:223427/1‑149 (MQ=255) cTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCa < 6:425337/148‑1 (MQ=255) tttCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACt > 3:354639/1‑149 (MQ=255) 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cACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGt > 8:8123/1‑149 (MQ=255) aCGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTc > 6:71218/1‑149 (MQ=255) cAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTCACgg < 6:71159/149‑1 (MQ=255) aaaGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTCACGGt > 6:344105/1‑149 (MQ=255) gTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGcc > 7:175832/1‑129 (MQ=255) gTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGcc < 8:175832/129‑1 (MQ=255) gTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTCACGGTGc > 5:382556/1‑148 (MQ=255) tCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTCACGGTGCaa < 3:160268/149‑1 (MQ=255) aTTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCg > 7:246661/1‑133 (MQ=255) aTTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCg < 8:246661/133‑1 (MQ=255) gCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTCACGGTGCAAGTAGGCACTgc > 7:124858/1‑149 (MQ=255) gCTGCCGATGTTCAGCACCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTAACTGCGTCACGGTGCAAGTAGGCACTgc > 3:332654/1‑149 (MQ=255) | AGAACGGAATGGTCGGTGGCAGGCCATGAGCATCCTCTACCCGCACCCGGCCCGGCTCGACGCGCAGAATGCGATAGGAGGCGTTGCCCAGCTGGAAAATATCGCCGGCAATGCTTTCCACGGCAAAGTCTTCATTGACGCTGCCGATGTTCAGCGCCTGCGGTTCCAGCAACACGGCGTAGTCGGCGTTGTCGGGGATGGTGCCGCCGCTGGTCAGCGCGGTCAGTTGGCTGCCACGTCGGCCACGCAGCGTGCCGCTCACTGCGTCACGGTGCAAGTAGGCACTGC > NC_002947/1215257‑1215544 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |