| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,242,984 | G→C | 5.2% | intergenic (‑100/‑125) | PP_1083 ← / → tsaA | (2Fe‑2S)‑binding protein/peroxiredoxin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,242,984 | 0 | G | C | 5.2% | 252.1 / 3.4 | 77 | intergenic (‑100/‑125) | PP_1083/tsaA | (2Fe‑2S)‑binding protein/peroxiredoxin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (34/39); new base C (2/2); total (36/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.77e-01 | |||||||||||
ATCGCGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGG > NC_002947/1242837‑1243125 | atcgcGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAATATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCggt > 8:101044/1‑149 (MQ=255) gcgGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCggtggt > 2:388239/1‑149 (MQ=255) tCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCttt < 6:222371/146‑1 (MQ=255) tCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTc > 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(MQ=255) gCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGc < 1:48664/149‑1 (MQ=255) gCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGc < 3:120754/149‑1 (MQ=255) cGACACAAAGACACACATACATAAGTGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCt < 5:337423/149‑1 (MQ=255) acaAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑Cg > 4:323244/1‑135 (MQ=255) acaAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑Cg < 3:323244/135‑1 (MQ=255) caAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCAt < 1:388239/149‑1 (MQ=255) aaaGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCAt > 6:237669/1‑148 (MQ=255) aGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATgag < 2:346629/149‑1 (MQ=255) acatacatAAGGGCTGACCTTCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCACCGGTCGCt < 8:146501/116‑1 (MQ=255) acatacatAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCt < 5:113188/135‑1 (MQ=255) acatacatAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCt > 6:113188/1‑135 (MQ=255) acatacatAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCg > 5:114333/1‑149 (MQ=255) atacataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgtg > 4:171408/1‑149 (MQ=255) atacataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCAGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgtg > 5:418157/1‑149 (MQ=255) tacataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgtg > 5:9364/1‑148 (MQ=255) acataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGt < 3:22624/133‑1 (MQ=255) acataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGt > 4:22624/1‑133 (MQ=255) cataAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTAATGAGAAGCCGTGTat > 5:186128/1‑149 (MQ=255) aaGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTatgat > 1:32961/1‑149 (MQ=255) gCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgtgt > 3:147324/1‑140 (MQ=255) gCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCgtgt < 4:147324/140‑1 (MQ=255) aCCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCAGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCgg < 6:418157/147‑1 (MQ=255) cATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCtt > 7:149143/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTttg > 4:124921/1‑149 (MQ=255) ggCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTttg < 8:72006/147‑1 (MQ=255) cTGGATGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGATAATGCTTGTCAAAGAGCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATTAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTttgttg < 7:101044/149‑1 (MQ=255) gTTGGGTCGATTGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGATTGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGGTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGa < 1:139000/148‑1 (MQ=255) gggTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTc > 2:382378/1‑149 (MQ=255) gTCGATGGTTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTTTGCTTGAGCTACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCgg < 6:246884/149‑1 (MQ=255) ggTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGGGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGc < 6:89208/148‑1 (MQ=255) gTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTttgtt < 4:250221/132‑1 (MQ=255) gTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTttgtt > 3:250221/1‑132 (MQ=255) gTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGccc < 3:124921/149‑1 (MQ=255) ttGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCg < 6:114333/149‑1 (MQ=255) gAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCt < 5:237669/149‑1 (MQ=255) gCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTgg > 8:383923/1‑149 (MQ=255) atgttaatgAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCg < 6:186128/148‑1 (MQ=255) aatgAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCCAGACGGGCTTGCCCGACatc < 8:149143/148‑3 (MQ=255) aatgAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAAc > 7:30602/1‑149 (MQ=255) atgAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGAGAGCGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCACGCCCGTCTGGCCCGGCa > 1:332708/1‑148 (MQ=255) gagaATGCTTGTCAAAGATCTTTGTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACAGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTATGCCTGTAATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCGTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGGATGGACAGGCAAACGGt > 7:174875/1‑149 (MQ=255) 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ttGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCg > 5:29562/1‑149 (MQ=255) aGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTg > 3:196927/1‑149 (MQ=255) aGCGACCACCGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTg < 5:337091/149‑1 (MQ=255) gCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTgg < 5:421625/149‑1 (MQ=255) gCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTg < 3:171408/148‑1 (MQ=255) gACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAg > 7:317842/1‑121 (MQ=255) gACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAg < 8:317842/121‑1 (MQ=255) aCCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGCCGGGCCAGACGGGCTTGCCCGACatc > 1:394373/1‑98 (MQ=37) aCCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGCCGGGCCAGACGGGCTTGCCCGACatc < 2:394373/100‑3 (MQ=37) | ATCGCGGATCTGTCCGTCGGTAACGCCGACACAAAGACACACATACATAAGGGCTGACCATCGCTGGTTGGGTCGATGGGTTGGAGCTTAATGTTAATGAGAATGCTTGTCAAAGATCTTTCTGAGGGTGCTGTGCTTGAGCGACCGGTGGTCGCTTTGTCGA‑‑‑CGGAGTCGGCCTGTCATGAGAAGCCGTGTATGATGGTCGGCCTTTGTTGGATGTCGGGCAAGCCCGTCTGGCCCGGCAAACGGTTTTTCACCCTCATCAGGAGATTACAATGAGCGTACTCGTTGG > NC_002947/1242837‑1243125 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |