Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,273,453 | G→A | 5.1% | A41V (GCC→GTC) | PP_1114 ← | SEC‑C domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,273,453 | 0 | G | A | 5.1% | 305.5 / 3.7 | 98 | A41V (GCC→GTC) | PP_1114 | SEC‑C domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/46); new base A (3/2); total (50/48) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.05e-01 |
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
TCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTTCGAGCCATCTCTCAGATTTTTATCGCGTCAGTCGATCAGGCGCCGTGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAATCG > NC_002947/1273314‑1273600 | tCGCGGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTTCGAGCCATCTCTCAGATTTTTATCGCGTCAGTCGATCAGGCGCCGTGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTa > 6:219710/1‑149 (MQ=255) gcgGGCGCGCCCGCTCCCACAGTGTTCGAGCCATCTCTCAGATTTTTATCGCGTCAGTCGATCAGGCGCCGTGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATc < 3:285794/149‑1 (MQ=255) gcgcCCGCTCCCACAGTGTTCGAGCCATCTCTCAGATTTTTATCGCGTCAGTCGATCAGGCGCCGTGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTcc > 1:86025/1‑149 (MQ=255) gcCCGCTCCCACAGTGTTCGAGCCATCTCTCAGATTTTTATCGCGTCAGTCGATCAGGCGCCGTGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCtg > 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cgcCGTGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATgg < 3:361163/149‑1 (MQ=255) ccGTGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGc > 8:18730/1‑148 (MQ=255) tGGCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATg > 1:180718/1‑149 (MQ=255) ggCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGc < 2:93864/99‑1 (MQ=255) ggCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGc > 1:93864/1‑99 (MQ=255) gCACTTCTTGTACTTCTTCTCGCTACCGCACGGGCACGGGTCGTTACGGCCAACGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGt < 7:18730/149‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATgg < 3:341478/89‑1 (MQ=255) cGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATgg > 4:341478/1‑89 (MQ=255) cGTCCTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCgg < 5:105677/149‑1 (MQ=255) cctgaaGGACGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTAt > 5:203230/6‑149 (MQ=255) cTTCAGGGCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATg < 7:40170/149‑1 (MQ=255) gggCGTTGCGTATCGGCTCCTGGTGGCCGTGGTTGCAGTGCGGGCCGTGTACATGGCCGTGGTCGTGGTGGTGATCATGGCCATGGTTGCAGTCAGGGCCATGAACGTGGGGTTGTTGGGACATTGCAGGGTCACTCCGGTATGTAAtc < 2:180718/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |