Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,580,814 | T→G | 7.7% | K195Q (AAG→CAG) | ttgB ← | efflux pump membrane protein TtgB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,580,814 | 0 | T | G | 7.7% | 157.3 / 4.7 | 52 | K195Q (AAG→CAG) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/26); new base G (2/2); total (24/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.87e-01 |
GCGGTTTGCAGGCGGGTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTG > NC_002947/1580669‑1580947 | gcggTTTGCAGGCGGGTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTAtt < 1:364744/149‑1 (MQ=255) gcggTTTGCAGGCGGGTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTAtt < 4:186882/149‑1 (MQ=255) gCAGGCGGGTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCtt < 4:206711/148‑1 (MQ=255) cAGGCGGGTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTgg < 7:53365/149‑1 (MQ=255) gggTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGa > 7:66407/1‑149 (MQ=255) gTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGAt > 4:86921/1‑148 (MQ=255) gTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGAt < 3:86921/148‑1 (MQ=255) tggCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATg < 2:335753/149‑1 (MQ=255) gCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGc > 1:221723/1‑149 (MQ=255) aGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACt < 8:243185/148‑1 (MQ=255) aGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTg < 4:364047/149‑1 (MQ=255) gggTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCa > 7:32936/1‑149 (MQ=255) gggTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCa > 7:127188/1‑149 (MQ=255) gCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCg > 6:266997/1‑148 (MQ=255) cccGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGaa > 6:292163/1‑149 (MQ=255) gCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGaa < 2:221723/149‑1 (MQ=255) gCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGaa < 5:266997/149‑1 (MQ=255) cTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTgg > 6:55455/1‑146 (MQ=255) cTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGaa < 5:55455/148‑1 (MQ=255) ggCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGa > 2:198278/1‑106 (MQ=255) ggCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGa < 1:198278/106‑1 (MQ=255) ggCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGt > 5:182189/1‑148 (MQ=255) gCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGc < 3:34773/107‑1 (MQ=255) gCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGc > 4:34773/1‑107 (MQ=255) gCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTc < 8:32936/148‑1 (MQ=255) gccgAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTacac < 8:66407/149‑1 (MQ=255) gCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGc < 1:178656/109‑1 (MQ=255) gCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGc > 2:178656/1‑109 (MQ=255) gCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCcgcg < 5:292163/149‑1 (MQ=255) gACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGAt < 2:17646/149‑1 (MQ=255) acacCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTAcgc > 8:49609/1‑143 (MQ=255) cTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGcc < 1:334375/80‑1 (MQ=255) cTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGcc > 2:334375/1‑80 (MQ=255) aCGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCTGGTCCt > 4:28874/1‑148 (MQ=255) ggCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCgaga < 8:127188/149‑1 (MQ=255) gCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGAc > 6:82310/1‑149 (MQ=255) cacaGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTGATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCTCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCggg < 3:79468/130‑1 (MQ=255) cacaGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTGATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCggg > 4:79468/1‑130 (MQ=255) cacaGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTGATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCggg < 3:84977/130‑1 (MQ=255) cacaGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTGATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCCCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCggg > 4:84977/1‑130 (MQ=255) acaGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCAt < 2:263081/137‑1 (MQ=255) acaGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCAt > 1:263081/1‑137 (MQ=255) gTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGtt > 6:72178/1‑149 (MQ=255) gTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGtt < 7:49609/149‑1 (MQ=255) gTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGgt > 8:214147/1‑149 (MQ=255) gACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGata < 6:325549/133‑1 (MQ=255) gACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGata > 5:325549/1‑133 (MQ=255) gggTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACTCCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTg < 1:327130/149‑1 (MQ=255) gggTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTg < 6:105947/149‑1 (MQ=255) gggTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTg > 8:247400/1‑149 (MQ=255) aCTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGaa > 2:136038/1‑64 (MQ=255) aCTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGaa < 1:136038/64‑1 (MQ=255) | GCGGTTTGCAGGCGGGTCTTGCCGATGATGGTGGCGTTCAGCTGGGTGCCCGGCAGGGCTGGCAGGCCGCCGAGCTGGCCGGAAGACACCTGCACGTTCTGTGCGGCCACAGCGGTCTTGACGTCGACCGGGGTCAGCTGGAACTTATTCAGCTTGGCCGGATCGAGCCAGATACGCATGGCGTACTGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTG > NC_002947/1580669‑1580947 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |