Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,580,997 | T→C | 85.2% | K134E (AAG→GAG) | ttgB ← | efflux pump membrane protein TtgB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,580,997 | 0 | T | C | 85.2% | 130.9 / 12.0 | 54 | K134E (AAG→GAG) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (4/4); new base C (26/20); total (30/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCA > NC_002947/1580855‑1581134 | tGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGc > 3:157525/1‑149 (MQ=255) cACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTg < 2:203403/149‑1 (MQ=255) ccGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGt < 5:72178/149‑1 (MQ=255) gAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTg > 8:230853/1‑145 (MQ=255) gAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTg < 7:230853/145‑1 (MQ=255) cTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGa < 7:247400/149‑1 (MQ=255) cTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTCGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACAAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACTCGGa > 6:334047/1‑149 (MQ=255) tGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTAGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATAACCAGCAGGAAGTACTCCACTGCTTTGGTGAAGCCGa > 4:105365/1‑148 (MQ=255) cACCTACACCCGCGGTACGCGAGATAGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgc > 5:309221/1‑149 (MQ=255) aCCTACACACGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGACAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACAAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCAACTGCTTTg > 6:337293/1‑130 (MQ=255) cTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctgc > 6:29532/1‑149 (MQ=255) acacCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATAcc < 8:10347/140‑1 (MQ=255) acacCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATAcc > 7:10347/1‑140 (MQ=255) acCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCa > 4:123259/1‑149 (MQ=255) ccGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACt > 3:230490/1‑149 (MQ=255) aCGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCg > 6:172185/1‑149 (MQ=255) cgAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCgg > 6:147365/1‑147 (MQ=255) cGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCg > 2:342586/1‑149 (MQ=255) gggTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCATGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCg < 6:309221/148‑1 (MQ=255) ggTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCggg < 4:230490/149‑1 (MQ=255) gCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTAGGAGACCAGGCCTATCACCAGCAGGAAGTTCTCCAATGATTTGGTGAAGAGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGATTCAGAAGCGGGGTGGc > 2:125591/1‑148 (MQ=255) tGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAgg > 8:20874/1‑149 (MQ=255) gTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGc > 3:302352/1‑127 (MQ=255) gTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGc < 4:302352/127‑1 (MQ=255) gTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTAGGAGAAAAGGCCCATCACCAGCAGGAAGTTCTCCAGTCCGTTGGTGACGCGGAACCATTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGTTGGCGAGGt > 8:323690/1‑149 (MQ=255) gagaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCa < 7:20874/148‑1 (MQ=255) agaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCTTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGc < 1:342586/149‑1 (MQ=255) agaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGc < 3:105365/149‑1 (MQ=255) atatAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGtt < 3:123259/149‑1 (MQ=255) atatAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGtt < 2:385628/149‑1 (MQ=255) ttGGCCAGGTCGTACTTTGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTTGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTctgtac < 2:144993/149‑1 (MQ=255) gtcCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTgc < 5:29532/148‑1 (MQ=255) cTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCGACTGCTTTGGTGACGCGGATACATTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGAAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACATGTAACTGCGCgg > 5:283433/1‑149 (MQ=255) cTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCgg > 3:71623/1‑149 (MQ=255) ttGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGgt > 1:314592/1‑149 (MQ=255) tCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCg > 6:337184/1‑149 (MQ=255) cATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGtt < 6:67774/123‑1 (MQ=255) tgcCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTg > 5:326234/1‑149 (MQ=255) gcCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCggg < 5:407393/97‑1 (MQ=255) gcCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCggg > 6:407393/1‑97 (MQ=255) ccGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTg < 2:314592/147‑1 (MQ=255) gTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGc > 2:295855/1‑149 (MQ=255) tCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGcc < 5:172185/149‑1 (MQ=255) cctagaCCAGGCCGATCACCCGCAGGAAGTTCTCCACTGCGTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTg < 6:326234/145‑1 (MQ=255) ggAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGtt > 8:62971/1‑149 (MQ=255) ggAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGtt > 2:130399/1‑149 (MQ=255) ccAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAg < 8:165901/149‑1 (MQ=255) aGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGt > 2:171914/1‑149 (MQ=255) gCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTATGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAATGTgg < 4:71623/149‑1 (MQ=255) cagcagGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTg < 2:403285/121‑1 (MQ=255) cagcagGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTg > 1:403285/1‑121 (MQ=255) cagcagGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATgg > 1:373143/1‑149 (MQ=255) cagGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCa > 7:296000/1‑149 (MQ=255) cagGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCa < 5:337184/149‑1 (MQ=255) | TGCGCACCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCA > NC_002947/1580855‑1581134 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |