Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 284,587 | T→A | 14.3% | intergenic (+34/+29) | betT‑II → / ← atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 284,587 | 0 | T | A | 14.3% | 221.3 / 25.6 | 91 | intergenic (+34/+29) | betT‑II/atsK | choline/carnitine/betaine transporter/alpha‑ketoglutarate‑dependent sulfonate dioxygenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/35); new base A (9/4); total (51/40) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.79e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.27e-01 |
AGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCT > NC_002947/284448‑284734 | aGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGaa < 6:146838/149‑1 (MQ=255) aGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGT‑CTGGCCTCTTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAag < 3:402911/149‑1 (MQ=255) gCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGaa > 6:345394/1‑147 (MQ=255) gCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGaa > 7:173187/1‑147 (MQ=255) gCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAaga < 5:287965/149‑1 (MQ=255) catccAGCACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGGAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGAAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAagag < 8:338623/146‑1 (MQ=255) aGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAgg > 6:415906/1‑149 (MQ=255) ccAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGc > 7:192389/1‑148 (MQ=255) aGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGc > 8:309954/1‑146 (MQ=255) aCTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCACTCTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGAc < 1:327893/149‑1 (MQ=255) tATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGT‑CTGGCCTCTTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAagag > 6:45679/1‑138 (MQ=255) tATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGT‑CTGGCCTCTTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAagag < 5:45679/138‑1 (MQ=255) ccTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAAcc < 8:192389/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAAcc > 1:172777/1‑149 (MQ=255) ccTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑AGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAAcc < 7:321729/149‑1 (MQ=255) ccTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACAAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCTAAGAGGCCAGACAGGCAAc < 2:370230/148‑1 (MQ=255) cTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCg > 8:277040/1‑149 (MQ=255) gCTACAGCAAGGAGCAGATCAGCAACGACATCCTCGACCATTACGCGCGGCACAGGCAGTACCTGCAC‑CTGGGCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCTAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGaaa < 8:173187/149‑1 (MQ=255) cAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAgg < 5:345394/147‑1 (MQ=255) cAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt < 5:415906/148‑1 (MQ=255) aGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTg > 3:216174/1‑148 (MQ=255) aGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGc < 5:357788/149‑1 (MQ=255) cAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCAt < 7:277040/149‑1 (MQ=255) aGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAaga > 7:322090/1‑116 (MQ=255) aGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAaga < 8:322090/116‑1 (MQ=255) gCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCaa < 2:329873/149‑1 (MQ=255) atcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATgg < 7:309954/148‑1 (MQ=255) tcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTTCTGGCCTCTTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGaa > 1:376173/1‑102 (MQ=255) tcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTTCTGGCCTCTTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGaa < 2:376173/102‑1 (MQ=255) tcaACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTTCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTc > 3:326158/1‑149 (MQ=255) aCGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt > 2:225920/1‑128 (MQ=255) aCGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt < 1:225920/128‑1 (MQ=255) cATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGt > 1:395383/1‑149 (MQ=255) ccTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGccc > 1:348431/1‑87 (MQ=255) ccTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGccc < 2:348431/87‑1 (MQ=255) ccTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGAAGGTCGCCCGGTGCa > 8:267195/1‑149 (MQ=255) tCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAagag > 2:42147/1‑93 (MQ=255) tCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAagag < 1:42147/93‑1 (MQ=255) tCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCAt > 3:280706/1‑148 (MQ=255) ccAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCCC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt > 3:260026/1‑115 (MQ=255) ccAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt > 5:160215/1‑115 (MQ=255) ccAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt < 6:160215/115‑1 (MQ=255) cGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGt > 7:326353/1‑149 (MQ=255) gCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAat > 7:5043/1‑149 (MQ=255) aGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGc > 5:137719/1‑86 (MQ=255) aGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGc < 6:137719/86‑1 (MQ=255) aGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTtcg > 5:417726/1‑138 (MQ=255) aGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTtcg < 6:417726/138‑1 (MQ=255) gTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCCGGGCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAat > 1:117368/1‑148 (MQ=255) tACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAatcatc > 5:174483/1‑149 (MQ=255) cTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGCGGGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCa > 1:296729/1‑149 (MQ=255) gCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATc < 4:345597/118‑1 (MQ=255) gCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATc > 3:345597/1‑118 (MQ=255) gCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATAA‑CCCGCCGGTTAGGTCGGTAATCATCCACCg > 5:23754/1‑149 (MQ=255) aC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGc > 3:320456/1‑148 (MQ=255) tGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCaaaa > 7:148625/1‑149 (MQ=255) gTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt < 5:29595/81‑1 (MQ=255) gTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGt > 6:29595/1‑81 (MQ=255) cGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCTAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTg < 4:280706/149‑1 (MQ=255) cGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCt < 4:320456/148‑1 (MQ=255) cGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGCGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTg < 4:326158/149‑1 (MQ=255) gCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCACCCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGc < 1:60838/147‑1 (MQ=255) gCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGc > 2:60838/1‑146 (MQ=255) gACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAGGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAataacc > 4:187041/1‑126 (MQ=255) cAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑Cccgccg < 6:117944/109‑1 (MQ=255) cAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑Cccgccg > 5:117944/1‑109 (MQ=255) tcctgtcctgGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGtt < 6:174483/147‑1 (MQ=255) ctgtcctgGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCCTCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTcc > 4:150474/1‑149 (MQ=255) ctggcctggcCTCTGCGC‑GGGCTGGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTgg < 4:258243/134‑1 (MQ=255) gtcctgGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGCGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCAGCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTcc > 6:74952/1‑147 (MQ=255) tcctgGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCGCCTAGGATGGTCGCCCGGTTCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCTGTTGTCCCa < 7:267195/148‑1 (MQ=255) ctgGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGaa > 6:371864/1‑149 (MQ=255) tgGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCa < 7:90367/145‑1 (MQ=255) tcgCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGATCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCa > 8:90367/3‑145 (MQ=255) cccgatctCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAAc < 7:357067/141‑1 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGt < 6:320802/77‑1 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGt > 5:320802/1‑77 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCa < 4:216174/149‑1 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCC‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTGACGCGGTTGTCCCAGACCGCCa > 6:415753/1‑149 (MQ=255) ctctTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCa > 8:122253/1‑149 (MQ=255) tctTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCAc > 1:22153/1‑149 (MQ=255) tctTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCATCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCAc > 1:342343/1‑149 (MQ=255) ctTCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACg > 7:337578/1‑149 (MQ=255) ttCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGGTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAAGGCCCCg > 7:292064/1‑148 (MQ=255) ttCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTg < 5:293552/120‑1 (MQ=255) ttCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTg > 6:293552/1‑120 (MQ=255) ttCGC‑GGGCAAGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGt > 7:170143/1‑149 (MQ=255) gc‑gGGCGTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCGAGAAAGGTGCATACCCAAGGATGGTCGCCCCGGGCATCA‑CCCCCCGGGTCGGTCGGTAATCAAACACCGCAAAATGCTGGGTGACGCGGTTGGACCAGaaa > 8:357067/1‑138 (MQ=255) gc‑gGGCAAGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGTCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCGAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGGTGGGTCACGCGGTTGGCCCAGAACGCCACGACAt > 4:44493/1‑149 (MQ=255) gCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATtctc < 5:371864/149‑1 (MQ=255) gCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATtctc > 2:247080/1‑149 (MQ=255) ttGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCt > 2:14530/1‑149 (MQ=255) | AGGCAGCCAGAACTATGACCTGGTGGGCTACAGCAAGGAGCAGATCATCAACGACATCCTCGACCAGTACGAGCGGCACATGCAGTACCTGCAC‑CTGGTCCGCTGACCAAGCTCTCCTGTCCTGGCCTCTTCGC‑GGGCTTGCCC‑‑GCGAAGAGGCCAGACAGGCAACCGCTAGAAAGGTGCATCCCCAAGGATGGTCGCCCGGTGCATCA‑CCCGCCGGTTCGGTCGGTAATCATCCACCGCAAAATGCTGGGTCACGCGGTTGTCCCAGAACGCCACGTCATTCTCCT > NC_002947/284448‑284734 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |