| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,926,513 | T→G | 6.3% | D118A (GAC→GCC) ‡ | PP_1726 ← | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,926,513 | 0 | T | G | 6.3% | 289.2 / 7.3 | 91 | D118A (GAC→GCC) ‡ | PP_1726 | ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (45/40); new base G (3/3); total (48/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTC > NC_002947/1926365‑1926655 | gACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGt > 6:143167/1‑149 (MQ=255) ccTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTcc > 3:267007/1‑149 (MQ=255) cTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATCGTGCCCGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTcc > 4:103930/1‑148 (MQ=255) ttGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTcc > 5:33594/1‑147 (MQ=255) gTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAg < 5:143167/148‑1 (MQ=255) aCTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGt < 4:267007/148‑1 (MQ=255) ttGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgct > 2:224886/1‑149 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgcttg > 6:152949/1‑149 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgctt < 3:72882/148‑1 (MQ=255) gCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACCAGGTgccg < 7:118514/148‑3 (MQ=255) ccTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgcttg < 6:33594/148‑1 (MQ=255) tttCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgcttggct > 2:412731/1‑149 (MQ=255) tttCACCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTgcttggct > 3:59148/1‑149 (MQ=255) cAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTaa < 1:108899/148‑1 (MQ=255) aGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGt < 4:390739/145‑1 (MQ=255) aGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGt > 3:390739/1‑145 (MQ=255) gTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAgg < 3:381026/131‑1 (MQ=255) gTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAgg > 4:381026/1‑131 (MQ=255) aTGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggc > 4:385535/1‑149 (MQ=255) gCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAggctggct > 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ctctTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACcgcg > 7:326092/1‑148 (MQ=255) ctctTCCTTGACAAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCAATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGATTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACcgcg > 3:282085/1‑148 (MQ=255) tctTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGAt > 7:311935/1‑149 (MQ=255) ccTTGACCAGGGCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCg < 3:103930/147‑1 (MQ=255) cTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGc < 1:394835/149‑1 (MQ=255) 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atgaAAGCGATGGGGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTTGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCAcc < 3:350356/149‑1 (MQ=255) gaAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCAc > 5:203303/1‑146 (MQ=255) gaAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCAc < 6:203303/146‑1 (MQ=255) aaGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATg > 1:215057/1‑149 (MQ=255) gATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCGGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCgg < 4:59148/149‑1 (MQ=255) gCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGGACCAGGt < 7:119557/66‑1 (MQ=255) 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gCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGc > 4:395467/1‑149 (MQ=255) ccATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGcc > 5:56790/1‑148 (MQ=255) gccaagCACCTGGGACCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGc > 2:87343/6‑149 (MQ=255) gccaagCACCTGGGACCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGc < 1:87343/144‑1 (MQ=255) caagCACCTGGGACCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCt > 7:93539/4‑148 (MQ=255) cGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGc > 3:213097/1‑129 (MQ=255) cGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGc < 4:213097/129‑1 (MQ=255) tGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGt > 6:337285/1‑145 (MQ=255) tGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGt < 5:337285/145‑1 (MQ=255) gTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTc > 7:85652/1‑144 (MQ=255) gTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTc < 8:85652/144‑1 (MQ=255) | GACCTTGTACTTGCCTTTCTCCAGGTCATGCCAGGTTTTCGGCCGTTCCTCTTCCTTGACCAGGTCCTTGTTGATGATGAAAGCGATGGTGCCGGTATAGGCCAGCGCCCAGTGGCCGTCCTTGTCCTTGGCCCATTCCGGCACCTGGTCCCAGGTGCTTGGCTTGTAAGGCTGGCTGACGCCCTTGGTCACCGCGATCGGGCCGAAGGCGGCACCCACGTCACCGATGTCGGCGCTGGCGTTGTCCTTCTCGGCTTCGAACTTGGCCAGTTCCTGGGCCGAGCTCATGTC > NC_002947/1926365‑1926655 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |