| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,926,941 | T→A | 5.8% | intergenic (‑76/‑252) | PP_1726 ← / → PP_1727 | ABC transporter substrate‑binding protein/GntR family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,926,941 | 0 | T | A | 5.8% | 218.6 / 2.4 | 69 | intergenic (‑76/‑252) | PP_1726/PP_1727 | ABC transporter substrate‑binding protein/GntR family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (32/33); new base A (2/2); total (34/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
CTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGCTTGGCGCGTTTCTGGCAGTGCC > NC_002947/1926795‑1927087 | ctggctgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCttt < 5:148048/148‑1 (MQ=255)ctggctgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTg < 6:38003/149‑1 (MQ=255)ctggctgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTg < 5:259817/149‑1 (MQ=255)ctggctgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTg < 6:130306/149‑1 (MQ=255)ctggctgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTg < 8:257277/149‑1 (MQ=255) gctgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGt < 8:332590/148‑1 (MQ=255) tgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTc > 7:214086/1‑147 (MQ=255) tgCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTa < 1:74421/149‑1 (MQ=255) gCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAg < 6:117146/149‑1 (MQ=255) 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7:91196/112‑1 (MQ=255) agaaCTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGa > 8:91196/1‑112 (MQ=255) tttttCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTagggaggg > 5:211377/1‑149 (MQ=255) cGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGcccttgcc > 1:384485/1‑144 (MQ=255) aaGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAgg > 2:288990/1‑149 (MQ=255) cTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCt > 4:275390/1‑148 (MQ=255) tttGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCaa > 6:190207/1‑140 (MQ=255) tttGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCaa < 5:190207/140‑1 (MQ=255) tttGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTg > 4:116631/1‑148 (MQ=255) tgggtgggTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGaa < 1:281399/148‑1 (MQ=255) tgggtgCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTa > 5:71673/1‑148 (MQ=255) ggtgCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACa < 5:106114/148‑1 (MQ=255) tgCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCg < 6:211377/149‑1 (MQ=255) ccTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTa < 3:275390/149‑1 (MQ=255) tGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGa < 7:14170/147‑1 (MQ=255) gCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGAcc < 6:71673/148‑1 (MQ=255) gATCGTTGTTGTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTATGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAgg < 8:69697/149‑1 (MQ=255) tCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGt > 6:338076/1‑148 (MQ=255) ttgttCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGACAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATc > 5:107963/1‑149 (MQ=255) cTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGcccc > 5:223647/1‑149 (MQ=255) tGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCg > 5:22876/1‑149 (MQ=255) 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gTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGc > 3:172267/1‑149 (MQ=255) cAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGCTTgg > 5:364484/1‑149 (MQ=255) cAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGCTTg < 4:341782/148‑1 (MQ=255) aaGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTa < 8:70726/115‑1 (MQ=255) aaGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTa > 7:70726/1‑115 (MQ=255) aCTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGCTTGGCGCGTTTCTg < 4:312405/149‑1 (MQ=255) gCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGCTTGGCGCGTTTCTGGCAg > 1:286093/1‑149 (MQ=255) aCCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTagg > 5:297582/1‑65 (MQ=255) aCCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTagg < 6:297582/65‑1 (MQ=255) cTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGCTTGGCGCGTTTCTGGCAGTGcc > 8:250622/1‑149 (MQ=255) | CTGGCTGCCATGGCCGTGGTGCACAACGCGATGGCCGAACCAAGCAGTGACGCCATGAAGAACTTTTTCATCCGAAGCTCCTTTGGGTGGGTGCCTTTGCGATCGTTGTTCTGGGTAAAGCCGTTGCAAGCCTTTGACTGGCACCTTTGGTCTAGGTCAGCAAACCTTGAGCCAAGGTAGGCCGCTTGCGTGACAGTTTGATGTAGGGAGGGGGCCGGCAAGGGCCCTGAAGCTACAGCGTAGACCAGGTAATCGCCCCGGTTCTGCTGGCTTGGCGCGTTTCTGGCAGTGCC > NC_002947/1926795‑1927087 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |