| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,942,372 | G→A | 6.9% | intergenic (+50/‑155) | betX → / → yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,942,372 | 0 | G | A | 6.9% | 167.4 / 2.1 | 58 | intergenic (+50/‑155) | betX/yjcH | choline/betaine/carnitine ABC transporter substrate‑binding protein BetX/inner membrane protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/23); new base A (2/2); total (33/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGAC > NC_002947/1942229‑1942519 | gCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGc > 5:174671/1‑149 (MQ=255) cTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGc < 3:228785/148‑1 (MQ=255) tGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCgg < 2:294284/149‑1 (MQ=255) cAGGAAGGGGCCAAGCCGGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑ccc < 7:302603/149‑1 (MQ=255) gCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACggg > 5:374546/1‑149 (MQ=255) cgccAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGACTGGACTGCCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATCTCGTTTCTTCGCGCGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGAGCGCGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTATGTTACg > 4:72605/1‑148 (MQ=255) cAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTTAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGATCCTTC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCat > 7:293717/1‑147 (MQ=255) gTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTATTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCg < 1:70426/141‑1 (MQ=255) gTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTATTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCg > 2:70426/1‑141 (MQ=255) tCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTCCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAacac > 8:57104/1‑149 (MQ=255) cAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCCGTAAAACACCGtt > 7:171472/1‑149 (MQ=255) aaGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTg > 1:47321/1‑149 (MQ=255) cccTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTGCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTTAAACACCGTTGCATc > 7:134371/1‑148 (MQ=255) 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gCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTa > 1:236221/1‑130 (MQ=255) cAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGc > 7:42461/1‑145 (MQ=255) aaGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCa > 4:238789/1‑149 (MQ=255) gTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTAATCACTTTCTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGGATCTAAGACTAAGGTCGTCTGTTTGGCg > 5:132272/1‑143 (MQ=255) gCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAg > 4:357669/1‑149 (MQ=255) ccAATGTTGTTTCTTCGCGGTTAAACCCGCTCCTAG‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAgg < 6:320710/149‑1 (MQ=255) cAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CACGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCg > 2:14110/1‑132 (MQ=255) aaTGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCgg < 4:375166/132‑1 (MQ=255) aaTGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCgg > 3:375166/1‑132 (MQ=255) ttgttTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACGGGGTGTGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGtgtg > 1:257164/1‑149 (MQ=255) ttgttTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTgg > 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tcGCGGGTAAACCCGCACCCGT‑AGGAGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTTGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTaa > 2:87996/1‑133 (MQ=37) cgcgGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCa < 3:238789/146‑1 (MQ=255) ggTAAACCCGGCCCTAG‑GGGGGGGGTTTTAA‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGt < 7:57104/149‑1 (MQ=255) gTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTAt > 8:257289/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCt > 6:392936/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCt > 1:290343/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGGATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgc > 4:397540/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATaaa < 6:175764/117‑1 (MQ=255) ccGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATaaa > 5:175764/1‑117 (MQ=255) ccGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgc > 6:206111/1‑149 (MQ=255) ccGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgc < 2:290343/149‑1 (MQ=255) ccGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTA‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgc < 6:374546/149‑1 (MQ=255) gggtCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGTGTCATCACTTAGTTACGCAATCGGTAAAACACCTTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGtgct < 6:132272/146‑1 (MQ=255) gCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATc < 1:271493/135‑1 (MQ=255) gCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATc > 2:271493/1‑135 (MQ=255) ccTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTa < 3:357669/149‑1 (MQ=255) cTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATaaa < 5:203484/111‑1 (MQ=255) cTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATaaa > 6:203484/1‑111 (MQ=255) ggggTGTGTGTTT‑A‑ACATCTAAAGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCATCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGAc < 8:293717/148‑1 (MQ=255) | GCTGGCGATCCAGGAAGGGGCCAAGCCTGAAGCGGCCGCCAAGGACTGGGTCGCCAAGCACCCTGATCGTGTGAAGGAGTGGACTGGCAAGTAAAAGCCTTCCAGGGCCAATGTTGTTTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAC‑GGGTGCGGGTTT‑A‑CCCGCGAACGGGTCATCACTTTGTTACGCAATCGGTAAAACACCGTTGCATCTAAGACTAAGGTCGTCTGGTTGGCGTCCATCGGCAGCATAAAGTAAGGGTGTGGGTTCCATCCCGTATCTGTGCTGCTAGGAC > NC_002947/1942229‑1942519 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |