| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,953,408 | T→C | 7.3% | T45A (ACC→GCC) | mnmC ← | methyltransferase/FAD‑dependent oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,953,408 | 0 | T | C | 7.3% | 187.9 / 4.4 | 68 | T45A (ACC→GCC) | mnmC | methyltransferase/FAD‑dependent oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (31/32); new base C (3/2); total (34/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCGGTTG > NC_002947/1953261‑1953554 | tGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑c > 2:61772/1‑149 (MQ=255)tGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑c > 5:130031/1‑149 (MQ=255) aCGAAGTGCAGGCGCGAGTCGAGGTGTGAGTGCTGGTCGAACAGCTGCCCGGCGCAGAAAAAATGCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTGCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTg < 6:309992/149‑1 (MQ=255) gAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGc > 3:233569/1‑149 (MQ=255) gtacAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGa < 7:21925/146‑1 (MQ=255) gTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGa < 5:255686/149‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAACACGCTCGGCCAGACCCGC‑CTGGCCGAg < 1:226045/148‑1 (MQ=255) cAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGACCCGC‑CTGGCCGAg > 2:226045/1‑147 (MQ=255) aGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAgg > 6:122923/1‑147 (MQ=255) aGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAgg < 5:122923/147‑1 (MQ=255) gcgcgTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACg < 4:233569/149‑1 (MQ=255) gtgcgtgcTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTttct > 5:375263/1‑149 (MQ=255) cgtgcTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGGTCGGCCAGGGGGGTCCTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTttctt < 1:239052/148‑1 (MQ=255) gTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGa < 1:173053/119‑1 (MQ=255) gTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGa > 2:173053/1‑119 (MQ=255) gTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCtt > 7:196132/1‑149 (MQ=255) cGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAg < 6:333163/118‑1 (MQ=255) cGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAg > 5:333163/1‑118 (MQ=255) cGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCACGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCg < 4:299559/149‑1 (MQ=255) 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cTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGtt > 3:399358/1‑144 (MQ=255) cTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGtt < 4:399358/144‑1 (MQ=255) cAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGTCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGaa < 7:77098/149‑1 (MQ=255) aGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGaaa > 1:374258/1‑149 (MQ=255) aGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑At > 6:380744/1‑124 (MQ=255) aGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑At < 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2:164795/1‑149 (MQ=255) aaaaCCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATggg > 7:248429/1‑149 (MQ=255) aCCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACATCGTCATAGTGCCGCGAATgg < 2:156706/145‑1 (MQ=255) aCCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACATCGTCATAGTGCCGCGAATgg > 1:156706/1‑145 (MQ=255) cGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGggcgg < 7:139319/149‑1 (MQ=255) tttCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTttct < 6:293986/89‑1 (MQ=255) tttCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTttct > 5:293986/1‑89 (MQ=255) tttCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGccc < 8:204871/149‑1 (MQ=255) gCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGTGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGt > 2:146713/1‑57 (MQ=255) gCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGTGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGt < 1:146713/57‑1 (MQ=255) gCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGgt > 2:260012/1‑149 (MQ=255) cACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTcc > 1:239130/1‑148 (MQ=255) aCCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCa < 1:164795/149‑1 (MQ=255) aCCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCAGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCa < 8:196132/149‑1 (MQ=255) cGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGggc > 5:309932/1‑131 (MQ=255) cGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGggc < 6:309932/131‑1 (MQ=255) gTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTttct < 4:57645/75‑1 (MQ=255) gTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTttct > 3:57645/1‑75 (MQ=255) cAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGATTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGa < 7:267345/148‑1 (MQ=255) aGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATc > 6:365302/1‑149 (MQ=255) cGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTgg < 4:250398/149‑1 (MQ=255) ggcgCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATgggg > 5:118713/1‑116 (MQ=255) ggcgCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATgggg < 6:118713/116‑1 (MQ=255) aGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTggag > 7:338328/1‑149 (MQ=255) gCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAggg < 1:260012/148‑1 (MQ=255) gCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGt < 2:374258/149‑1 (MQ=255) aaa‑aCGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTgg < 8:248429/149‑1 (MQ=255) gCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTcc > 5:298404/1‑113 (MQ=255) gCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTcc < 6:298404/113‑1 (MQ=255) ccTCGGCCAGACCCGC‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCAtg > 1:12250/2‑149 (MQ=255) tCGGCCAGACCCGC‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTgg > 6:277869/1‑142 (MQ=255) tCGGCCAGACCCGC‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTgg < 5:277869/142‑1 (MQ=255) gCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATCGTggg > 8:303861/1‑149 (MQ=255) ggT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTgg > 7:379538/1‑112 (MQ=255) ggT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTgg < 8:379538/112‑1 (MQ=255) t‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCGGTTg > 2:203721/1‑147 (MQ=255) | TGACGAAGTGCAGGCGCGCGTCGCTGTGTGCGTGCTGGTCGAACAGCTGCCAGGCGCAGAAAAAATTCATGCCGGTGCCAAAACCGGTTTCGCCGATCACCGTGCAGGCGTGCGGCGCCAGGTTGGCAAA‑ACGCTCGGCCAGGCGGGT‑CTGGCCGAGGAACACGTGCTTGGTTTCTTCG‑ATGCCTTCGTTGACTGCGAAATAGACGTCGTCATAGTGCCGCGAATGGGGGCGGCCCTGGTCGTCCCAGTCGATCTGGGCGTGCTGGAGGAGGGTGGGCATGGTGGGCTCGGTTG > NC_002947/1953261‑1953554 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |