Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,098,218 | A→C | 5.8% | L558V (TTG→GTG) | PP_1875 ← | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,098,218 | 0 | A | C | 5.8% | 217.6 / 3.6 | 69 | L558V (TTG→GTG) | PP_1875 | two‑component system sensor histidine kinase/response regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (35/30); new base C (2/2); total (37/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 |
GGTCACCAGCAGAATCGGGGTTTTCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATG > NC_002947/2098072‑2098366 | ggTCACCAGCAGAATCGGGGTTTTCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGt > 5:367529/1‑149 (MQ=255) gTCACCAGCAGAATCGGGGTTTTCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGtg > 3:187/1‑149 (MQ=255) tCACCAGCAGAATCGGGGTTTTCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGtgc < 7:185067/149‑1 (MQ=255) 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gggTTTTCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCa > 6:232474/1‑146 (MQ=255) gggTTTTCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCa < 5:232474/146‑1 (MQ=255) tCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGTCCCTGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGcc < 1:117369/148‑1 (MQ=255) aaTGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCt > 7:50966/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCt < 8:331671/149‑1 (MQ=255) 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aaCAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACCGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGtg < 2:804/107‑1 (MQ=255) aaCAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACCGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGtg > 1:804/1‑107 (MQ=255) ggTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCa > 2:346029/1‑116 (MQ=255) gCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCAcg > 6:415495/1‑149 (MQ=255) gCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCAcg > 4:174089/1‑149 (MQ=255) cTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCAcgc > 1:399825/1‑149 (MQ=255) tCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCAcgcg > 7:242002/1‑149 (MQ=255) gACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGc > 7:150686/1‑149 (MQ=255) tcgtcgGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGcc > 5:65313/1‑146 (MQ=255) tcgtcgGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGcc < 6:65313/146‑1 (MQ=255) gtcgGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGc > 2:211518/1‑148 (MQ=255) ggTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAgg < 8:348588/149‑1 (MQ=255) ggTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAgg < 8:150686/149‑1 (MQ=255) gTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAg > 4:224754/1‑104 (MQ=255) gTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAggg > 3:129963/1‑149 (MQ=255) tGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCAt < 8:370883/141‑1 (MQ=255) tGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCAt > 7:370883/1‑141 (MQ=255) tGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGgc < 7:8830/149‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTgg > 3:136219/1‑149 (MQ=255) cAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCg < 2:399825/149‑1 (MQ=255) aGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGc > 6:63705/1‑96 (MQ=255) aGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGc < 5:63705/96‑1 (MQ=255) gTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGa > 1:164659/1‑149 (MQ=255) tCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGAt < 8:242002/149‑1 (MQ=255) tCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGAt < 2:164659/149‑1 (MQ=255) cGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCCGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGgt < 6:294975/148‑1 (MQ=255) cGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGgtg > 3:235305/1‑149 (MQ=255) cGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGgt < 4:129963/148‑1 (MQ=255) ggCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGgtgt < 3:174089/149‑1 (MQ=255) cAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGgtg < 1:92523/146‑1 (MQ=255) cAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGgtg > 2:92523/1‑146 (MQ=255) gCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTc < 8:169492/149‑1 (MQ=255) tGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGc > 7:367666/1‑149 (MQ=255) aaCTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGa > 4:280453/1‑120 (MQ=255) aaCTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGa < 3:280453/120‑1 (MQ=255) t‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTcggc < 4:136219/149‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTcggcg < 2:60985/148‑1 (MQ=255) aTGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTcggcg > 1:60985/1‑148 (MQ=255) tGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGt > 4:65347/1‑149 (MQ=255) gcTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTaaaa < 4:235305/149‑1 (MQ=255) cTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAAc < 5:415495/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCg > 2:109551/1‑149 (MQ=255) actgttgcagcaCTTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGc > 6:4351/7‑149 (MQ=255) gCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTc > 1:43818/1‑149 (MQ=255) gcaAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGa < 1:27831/149‑1 (MQ=255) aGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGCGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAAtg > 6:27906/1‑149 (MQ=255) | GGTCACCAGCAGAATCGGGGTTTTCAATGCCGGGCGCAGTTCGAACAGGTGCTCGACGTCGTCGGTGATCAACAGGTCGATCACTGCGGCAACCAGCGTGGCGCAACTGT‑CATGGCGCTGGTAGGTCAGGCCCCAGGCGGGCAGCAAGTGCTGCAACAGTTCATTGAGCCCGCTGCCGGCTGCGCTCAGTGCGGCCACGCGGCCATGCAAGGGCGCTGGCGGGATGGCTTCGGTGTGCACGGTCAGCGGCAATTCGGCGGTAAAACAGCTGCCAAAGCCCGGCTCGGAGCGAATG > NC_002947/2098072‑2098366 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |