Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,215,834 | A→C | 8.1% | intergenic (+648/‑296) | PP_1957 → / → PP_5493 | Pdr/VanB family oxidoreductase/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,215,834 | 0 | A | C | 8.1% | 169.9 / 5.7 | 61 | intergenic (+648/‑296) | PP_1957/PP_5493 | Pdr/VanB family oxidoreductase/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/31); new base C (2/3); total (27/34) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.89e-01 |
TACGGAATGGGGTCAAACTGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGA > NC_002947/2215687‑2215980 | tACGGAATGGGGTCAAACTGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGaa < 8:10795/148‑1 (MQ=255) aTGGGGTCAAACTGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCTTCGCAAgga < 3:168264/149‑2 (MQ=255) gggTCAAACTGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGtat < 8:362716/149‑1 (MQ=255) aaCTGAATTTTCCACAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACAAAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTg > 1:284805/1‑148 (MQ=255) aCTGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTGAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGta < 4:188734/149‑1 (MQ=255) cTGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGtat < 6:367061/149‑1 (MQ=255) tGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCTTCGCAAggaag < 1:13746/139‑4 (MQ=255) tGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCTTCGCAAggaag > 2:13746/1‑136 (MQ=255) tGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGtat > 6:245487/1‑148 (MQ=255) aaTTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATAc < 5:372249/148‑1 (MQ=255) tCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCTTCGCAAggaa < 8:159895/128‑3 (MQ=255) tCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCTTCGCAAggaa > 7:159895/1‑126 (MQ=255) tCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTatat > 4:80250/1‑132 (MQ=255) tCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGaaaa > 3:226851/1‑149 (MQ=255) aaaaaaTTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAAcg > 2:87429/1‑149 (MQ=255) aaaaaTTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAAcgc < 5:245487/149‑1 (MQ=255) aaaaTTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAAcgcg > 7:182273/1‑149 (MQ=255) tttCATTGACTTAGTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTAAAGGCTTGCGCCTGGGTCAAGGGTGTTGCTCTACTACTTGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGaaaaaa < 5:294950/148‑1 (MQ=255) tttCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGaaaaaa < 2:61481/148‑1 (MQ=255) aTTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAattgcg < 1:87429/149‑1 (MQ=255) cTATTGACAAAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCgcct < 2:284805/149‑1 (MQ=255) aCATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCtt < 8:275229/148‑1 (MQ=255) cATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGa < 3:157282/149‑1 (MQ=255) attaTTTATATAATATTTATGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGTGCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAg < 2:140997/146‑1 (MQ=255) aTAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAg > 7:329833/1‑149 (MQ=255) aaTTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGtt > 1:246830/1‑149 (MQ=255) atataATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCg < 8:182273/148‑1 (MQ=255) atataATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCg < 1:248165/148‑1 (MQ=255) aataTTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGccc > 6:321564/1‑148 (MQ=255) aataTTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCg > 3:72567/1‑149 (MQ=255) tatTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGAt > 5:89573/1‑149 (MQ=255) tcAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCt > 8:58402/1‑149 (MQ=255) tcAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCt > 5:92840/1‑149 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCgcctgcc > 2:374142/1‑118 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCgcctgcc > 2:368570/1‑118 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCgcctgcc < 1:368570/118‑1 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCgcctgcc < 1:374142/118‑1 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTcc < 5:321564/146‑1 (MQ=255) aaGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCtt > 2:280771/1‑148 (MQ=255) ggCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGctct > 8:225835/1‑149 (MQ=255) ggCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGc > 2:36700/1‑146 (MQ=255) ggCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGc < 1:36700/146‑1 (MQ=255) gcgcCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGctct < 2:246830/148‑1 (MQ=255) gcCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGctctctc < 7:225835/149‑1 (MQ=255) ccTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGctctctct < 4:226851/149‑1 (MQ=255) cTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAAcgcgc > 8:98453/1‑79 (MQ=255) cTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAAcgcgc < 7:98453/79‑1 (MQ=255) gTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTc > 6:150454/1‑134 (MQ=255) gTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTc < 5:150454/134‑1 (MQ=255) tCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAg < 6:92840/149‑1 (MQ=255) tCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGAGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAg > 5:407197/1‑149 (MQ=255) ttgCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTAttt < 6:89573/148‑1 (MQ=255) ttgCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCACCTGAGGGCTAttt < 1:280771/148‑1 (MQ=255) tactacTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTccc > 6:419535/1‑149 (MQ=255) tactacTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTccc > 5:240066/1‑149 (MQ=255) ctactGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTcccc < 8:329833/148‑1 (MQ=255) ctactGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCg < 6:407197/149‑1 (MQ=255) ttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTgcgc > 7:36788/1‑64 (MQ=255) ttGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTgcgc < 8:36788/64‑1 (MQ=255) gCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTc < 7:76607/147‑1 (MQ=255) cGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTccc < 7:58402/148‑1 (MQ=255) gAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCACCTCACCGACCCCTTGTCCCGa > 6:173184/1‑149 (MQ=255) | TACGGAATGGGGTCAAACTGAATTTTCCTCAAAAAATTTCATATTTTTCATTGACTTACTATTGACATAATTTATATAATATTTTTGATCTCAAGGCTGGCGCCTGGGTCAAGGTTGTTGCTCTACTACTGGTTACCTTCCTTGCGAAGCAAGGGTATATTTGTATACAAAAGAAAACGCGCGCGCGAAAAAATTGCGATTGCGCCTGCCTTGAGTTCTCGGCCCGATTCTGCGCTCCTTCAGCTCTCTCTCCTGAGGGCTATTTTGCTCCCCGTCACCGCCCCCTTGTCCCGA > NC_002947/2215687‑2215980 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |