| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 344,032 | A→G | 6.0% | intergenic (+121/+68) | PP_5440 → / ← PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 344,032 | 0 | A | G | 6.0% | 242.9 / 4.1 | 83 | intergenic (+121/+68) | PP_5440/PP_t72 | hypothetical protein/tRNA‑Phe |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (37/41); new base G (3/2); total (40/43) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.30e-01 | |||||||||||
TCTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGAC > NC_002947/343887‑344178 | tcTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACaaaaaa > 6:317169/1‑149 (MQ=255) cTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGACCGCAGTCTGCTAATGGCTGCGGGTTTATCGATTGCATGGCTAGCATTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAAc > 1:46740/1‑149 (MQ=255) ttCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAAcc > 4:126452/1‑149 (MQ=255) cGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAAc < 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tAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttg < 2:174603/149‑1 (MQ=255) aGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgtt < 7:179209/149‑1 (MQ=255) ggTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGGTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCttgttg < 7:391340/149‑1 (MQ=255) gTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCATGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTtgttgt < 1:191401/149‑1 (MQ=255) cccGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTATGCTTCATGTTGCGTTGTGAGGTCTAGTGTTCTTCGACTCCGCCTGAAGTTAAAAATCACATACAACAAAAAACCCGCACTAG‑TCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTc < 2:46740/149‑1 (MQ=255) 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caacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTgg < 4:244409/148‑1 (MQ=255) aacaaGAAACCCGC‑CTAGTGCTGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGc < 7:240316/126‑1 (MQ=255) aacaaGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGc > 8:240316/1‑126 (MQ=39) aacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTAc > 4:200782/1‑131 (MQ=255) aacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTAc < 3:200782/131‑1 (MQ=255) aacaaAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGc < 7:220685/149‑1 (MQ=255) acaaGAAACCCGC‑CTAGTGCGGGTTTTTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGc > 4:306927/1‑148 (MQ=39) aaaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGAc < 2:186374/84‑1 (MQ=255) aaaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGAc > 1:186374/1‑84 (MQ=255) aaaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGATGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgac > 6:363023/1‑149 (MQ=255) aaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGGGTCGAACCGCCGACACGACGATTTTCACTCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTAGCTGGGcgcc > 7:354685/1‑146 (MQ=255) aaaaaCCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGAAACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGcgac > 6:72981/1‑148 (MQ=255) | TCTTCGTTCCATGTCGGACGAGTAAGGTTTGGCCCGCAGTCTGCTCATGGCTGCGGGTTTCTCGATTGCATGGCTAGCCTTCAGGTTGCGTTGTGAGGTCTCGTGTTCTTCGACGCCGCCTGAAGTTAAAAATCACAGACAACAAAAAACCCGCACTAG‑GCGGGTTTCTTGTTGTCGCTTCGGGTAACTTTGCAACCA‑CCAGAAGCTTGAAGGTGGTGCCCAGAGACGGAGTCGAACCGCCGACACGAGGATTTTCAATCCTCTGCTCTACCGACTGAGCTATCTGGGCGAC > NC_002947/343887‑344178 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |