| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,295,820 | C→G | 8.5% | intergenic (+66/+67) | PP_5496 → / ← PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,295,820 | 0 | C | G | 8.5% | 145.2 / 4.8 | 47 | intergenic (+66/+67) | PP_5496/PP_2023 | hypothetical protein/glutathione S‑transferase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (21/22); new base G (2/2); total (23/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.39e-01 | |||||||||||
ACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCG > NC_002947/2295677‑2295968 | acccacAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACcg > 3:282833/1‑149 (MQ=255) cacaGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCgg > 5:243280/1‑149 (MQ=255) acaGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGt < 6:243280/149‑1 (MQ=255) cTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCGTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGccc < 4:269180/149‑1 (MQ=255) cGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTcg < 4:282833/149‑1 (MQ=255) gTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCa > 3:107985/1‑149 (MQ=255) agagCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGGGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTccc < 7:90466/149‑1 (MQ=255) agCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCcac < 2:353707/149‑1 (MQ=255) 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6:124007‑M1/54‑1 (MQ=255) cgagcggttccgccaggaaggcagccagctgtaccacaaagtctaaaccgcagcacctcaccctgtgggagcgggctTGCCCGCGAACACCGGCAAAGCCGGTGCCATGCACCGCAGTGCTTGCTTCGCgg > 5:124007‑M1/78‑131 (MQ=255) aTGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTGATGGGGCCGGGCATGCCCCGCACCCCCGGCAAGGCCGGGCCCTACCCCCCCGTTCCCCGCTTGCCGGGCATCCCCCGGCCCCCCCGGCCCCAtgt > 1:107633/1‑149 (MQ=255) aTGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCAtgtg > 1:306082/1‑149 (MQ=255) tGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGGATGCCCACTCCCACAAGGACCCCTGTGc > 8:372759/1‑149 (MQ=255) ggCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCAGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGAc < 8:301658/138‑1 (MQ=255) 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cAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACAcgc < 2:6226/149‑1 (MQ=255) cATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAgccgc > 1:229474/1‑148 (MQ=255) ccACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCg > 5:147490/1‑149 (MQ=255) | ACCCACAGCTACACCGAGCAGTACCTGCGCCAGAGCGCCAATTTCCATGCGGCCCTGAGTGGCAAGCACCACCACTGATCTGGCTTGTGTGAGGTCCTTG‑TGGGAGCGGGCATGCCCGCGAACACCGGCAGAGCCGGTGCCATCCACCGCGGTGCCCGCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACACGGACCCATGTGCAGCCCGATGTTTAATCAGCGGACCATGATTGCCTTGAACAGCTCCGAAGCCAGCCACCCCTCCAGCCAGCTCCGCACACGCGGATAAGCCGCCTCG > NC_002947/2295677‑2295968 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |