| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,351,764 | T→G | 6.2% | R501R (AGG→CGG) | PP_2067 ← | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,351,764 | 0 | T | G | 6.2% | 189.6 / 2.0 | 60 | R501R (AGG→CGG) | PP_2067 | EmrB/QacA family drug resistance transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (29/27); new base G (2/2); total (31/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGC > NC_002947/2351618‑2351910 | aaTCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTgg < 8:7073/149‑1 (MQ=255) gCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCACGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcag > 6:369126/1‑148 (MQ=255) cATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcagca < 1:101854/149‑1 (MQ=255) aTCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATACTGCTGCCTGGc < 5:85150/140‑1 (MQ=255) aTCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATACTGCTGCCTGGc > 6:85150/1‑140 (MQ=255) tCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCgcagcag > 8:51764/1‑148 (MQ=255) aGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCGATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCagcagcagc < 6:306298/149‑1 (MQ=255) cTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTg > 4:138588/1‑149 (MQ=255) tGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTTGGTTCATACCTTTGCTCGTGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGc < 5:348460/147‑1 (MQ=255) tGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGc < 3:138588/147‑1 (MQ=255) ccACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAgg > 2:270210/1‑149 (MQ=255) gcgTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAAt < 2:363005/149‑1 (MQ=255) gTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGc < 7:51764/149‑1 (MQ=255) ttCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCa < 7:82356/149‑1 (MQ=255) ttCATACCTTTGCACGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCa < 5:369126/149‑1 (MQ=255) aCCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGc > 5:28803/1‑147 (MQ=255) tttGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCa > 7:293221/1‑146 (MQ=255) tttGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCa < 8:293221/146‑1 (MQ=255) tGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTa < 2:164782/148‑1 (MQ=255) tGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTa < 6:28803/148‑1 (MQ=255) tCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAAc > 6:120485/1‑149 (MQ=255) gggCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGAc < 2:109957/122‑1 (MQ=255) gggCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGAc > 1:109957/1‑122 (MQ=255) gCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACt > 6:70100/1‑149 (MQ=255) ccAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTg > 3:115107/1‑149 (MQ=255) cAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTg > 7:106952/1‑148 (MQ=255) gTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAgg > 3:237602/1‑149 (MQ=255) gACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTa < 1:270210/148‑1 (MQ=255) cAGTGTAACACCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCGGCTGCCGGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGc < 8:79866/149‑1 (MQ=255) tgtAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCCGCAGCGCTGCCAGG‑TCACACCCGACCAATGCCAGGCACTCAAGGTAGAACTCATCACTGTAGGCCAACTGGTAAGCctc > 8:159839/1‑149 (MQ=255) tgtAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCctc > 5:221/1‑149 (MQ=255) tAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCtctc < 8:106952/149‑1 (MQ=255) cAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCtcgtc > 6:37863/1‑149 (MQ=255) aGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCtcgtc > 7:112748/1‑148 (MQ=255) gCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGa < 5:70100/149‑1 (MQ=255) aTGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGc < 5:120485/149‑1 (MQ=255) gCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACCCCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCt > 3:131990/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCagcagc > 8:165868/1‑48 (MQ=255) gCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGc < 3:247866/149‑1 (MQ=255) cGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGGAGCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTc > 1:112259/1‑149 (MQ=255) cGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTcc < 5:37863/149‑1 (MQ=255) cGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTcc < 8:123314/149‑1 (MQ=255) caGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTtgct < 8:112748/149‑1 (MQ=255) cGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGa > 1:381849/1‑115 (MQ=255) cGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGa < 2:381849/115‑1 (MQ=255) cGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCa < 8:193556/137‑1 (MQ=255) cGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCa > 7:193556/1‑137 (MQ=255) cGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTgctgct > 4:153394/1‑149 (MQ=255) tCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAg > 5:258279/1‑149 (MQ=255) tgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCtctc < 6:332974/103‑1 (MQ=255) tgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCtctc > 5:332974/1‑103 (MQ=255) tgctgctgcGGGCCAGGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTTGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcgg > 4:175846/1‑149 (MQ=255) ctgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAggcggc < 6:258279/148‑1 (MQ=255) tgctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcag > 1:25897/1‑149 (MQ=255) gctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagc > 5:182891/1‑149 (MQ=255) ctgcCTGGCCCGCCGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACGCCCGACCCATGCCAGTCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGGATGCCATCAGGTAAGCCACTCGTCGAATGGTCGCCTCCCACGCTTCCAGCCTTTGCTGCTGAGGCGGcaggc > 5:290359/1‑147 (MQ=255) ctgcCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagc < 4:115107/148‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGTCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagcca < 7:159839/147‑1 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc > 1:283273/1‑149 (MQ=255) ccTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACAAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGcagccagc > 5:50059/1‑149 (MQ=255) | AATCGCTTGCATCAAGTCCTTTGCCACGGTGGAGTAGCGCGTTGGGTTCATACCTTTGCTCGGGCTCGCCAATTTCATCGGTTGACAGTGTAACAGCGGCCGAATGCCGAACGCTCCGGCCGCCCACAGCGGTCAATGCTGCTGCCTGGCCCGCAGCAGCAGCGCTGCCAGG‑GCACACCCGACCAATGCCAGGCACGCCAGGTAGAACGCATCACTGTAGGCCATCAGGTAAGCCTCTCGTCGAATGGTCGCCTCCAACGCTTCCAGCATTTGCTGCTGAGGCGGCAGCCAGC > NC_002947/2351618‑2351910 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |