Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,463,701 | C→T | 7.0% | A233V (GCC→GTC) | lolE → | lipoprotein releasing system permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,463,701 | 0 | C | T | 7.0% | 166.2 / 2.3 | 57 | A233V (GCC→GTC) | lolE | lipoprotein releasing system permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (24/29); new base T (2/2); total (26/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.36e-01 |
GTGGTCGGCATCTTCAAGGTTGGCGCCGAGCTGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCTGATGATGATCATCGCG > NC_002947/2463565‑2463846 | gTGGTCGGCATCTTCAAGGTTGGCGCCGAGCTGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCTCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGgt < 1:242607/149‑1 (MQ=255) gCATCTTCAAGGTTGGCGCCGAGCTGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAg < 7:267706/149‑1 (MQ=255) cAAGGTTGGCGCCGAGCTGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGAtt < 6:345960/148‑1 (MQ=255) gAGCTGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTgg < 7:353997/149‑1 (MQ=255) aGCTGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTggg < 1:26109/149‑1 (MQ=255) tGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGAc < 4:275180/149‑1 (MQ=255) gATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGc > 7:270035/1‑149 (MQ=255) gATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGGGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGc < 7:305345/149‑1 (MQ=255) tCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCg > 8:229511/1‑149 (MQ=255) ttATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGc > 1:177369/1‑135 (MQ=255) ttATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGc < 2:177369/135‑1 (MQ=255) tatCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACt > 1:229520/1‑149 (MQ=255) atCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGATGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTg > 4:289792/1‑149 (MQ=255) tGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATAccc < 8:270035/149‑1 (MQ=255) tGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATAcc > 2:378235/1‑148 (MQ=255) gATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGTCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATAcc > 3:108308/1‑147 (MQ=255) gATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGTCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATAcc > 3:114086/1‑147 (MQ=255) aTGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTCTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAg > 5:152764/1‑149 (MQ=255) aGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAggg > 5:97039/1‑147 (MQ=255) gCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAg > 3:186038/1‑149 (MQ=255) tGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATa < 6:20242/132‑1 (MQ=255) gCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGtt > 3:257696/1‑147 (MQ=255) gCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGtt > 1:310810/1‑147 (MQ=255) aGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAg < 7:58399/134‑1 (MQ=255) aGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAg > 8:58399/1‑134 (MQ=255) gaccagggCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTCAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCa > 4:226848/6‑146 (MQ=255) gaccagggCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTCAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCa < 3:226848/141‑1 (MQ=255) ggCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATg < 7:229511/148‑1 (MQ=255) gccaggTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGc > 4:315040/1‑125 (MQ=255) gccaggTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGc < 3:315040/125‑1 (MQ=255) ccaggTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGc < 3:27580/96‑1 (MQ=255) ccaggTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGc > 4:27580/1‑96 (MQ=255) aggTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGcc < 6:120818/123‑1 (MQ=255) aggTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGcc > 5:120818/1‑123 (MQ=255) tGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGAcc < 4:186038/149‑1 (MQ=255) gtgtGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATc > 7:113505/1‑149 (MQ=255) gtgtGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATc > 7:107822/1‑149 (MQ=255) gtgtGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATc < 8:107822/149‑1 (MQ=255) gtgtGCGCCNGAAGCTGCACGACNNTNATGNCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATc < 8:113505/149‑1 (MQ=255) tgCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGc < 6:97039/149‑1 (MQ=255) cgcCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACGGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCTGGGCCATGAAGA‑TGGTAAAGACCATGATCGGCCt < 2:310810/149‑1 (MQ=255) gcCTGAAGCTGCACGACCTGTATGTCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTg < 4:114086/149‑1 (MQ=255) gcCTGAAGCTGCACGACCTGTATGTCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTg < 4:108308/149‑1 (MQ=255) gAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGc > 4:199628/1‑149 (MQ=255) aaGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAgg < 3:339314/97‑1 (MQ=255) aaGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAgg > 4:339314/1‑97 (MQ=255) aaGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCt < 2:229520/149‑1 (MQ=255) cTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGa > 6:389956/1‑122 (MQ=255) cTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGa < 5:389956/122‑1 (MQ=255) cACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCtga < 3:236730/145‑1 (MQ=255) cACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCtga > 4:236730/1‑145 (MQ=255) cGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGAACATGATCGGCCTGTTGCtgatgatga < 3:289792/149‑1 (MQ=255) aCCTGTATGCCGCTGCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCTGATGATGatc < 4:316020/149‑1 (MQ=255) aCCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCTgatgatgat > 2:41307/1‑148 (MQ=255) cTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGATTGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCtgatga < 1:262798/143‑1 (MQ=255) cTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCtgatga > 2:262798/1‑142 (MQ=255) tGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCTTGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCTGATGATTATCATcgcg < 6:152764/148‑1 (MQ=255) gCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCa < 6:390131/115‑1 (MQ=255) | GTGGTCGGCATCTTCAAGGTTGGCGCCGAGCTGGATGGGTCGCAGGCTTATATCCATGTTGCTGATGCAGCCGAGATGCAGCGCTGGGCGCCAGGCCAGGTGCAAGGTGTGCGCCTGAAGCTGCACGACCTGTATGCCGCTCCGCAGGTGTCCAAGGCGATTGCTGCCGGGCTTGGGGACGCCTACCGGGCCGATGACTGGTCGCATACCCAGGGCAGCCTGTTCAGCGCCATGAAGA‑TGGAAAAGACCATGATCGGCCTGTTGCTGATGATGATCATCGCG > NC_002947/2463565‑2463846 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |