| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,479,131 | G→A | 6.1% | intergenic (+384/+61) | PP_2172 → / ← PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,479,131 | 0 | G | A | 6.1% | 300.1 / 5.4 | 98 | intergenic (+384/+61) | PP_2172/PP_2173 | hypothetical protein/AraC family transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (46/46); new base A (2/4); total (48/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 102 total aligned reads displayed.
GGCACGATCAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAA > NC_002947/2478985‑2479266 | ggCACGATCAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGt > 1:261108/1‑149 (MQ=255) aGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGc < 6:415424/148‑1 (MQ=255) agagTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCt < 3:102497/149‑1 (MQ=255) tGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGc < 8:143653/149‑1 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGcc < 2:47876/135‑1 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGcc > 1:47876/1‑135 (MQ=255) ggCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCg < 4:406252/149‑1 (MQ=255) gCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCgg > 3:227169/1‑149 (MQ=255) gCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgg < 4:75537/149‑1 (MQ=255) cAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCgg > 2:7703/1‑148 (MQ=255) cAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCggg < 3:277058/149‑2 (MQ=38) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGc < 5:303167/126‑1 (MQ=255) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGc > 6:303167/1‑126 (MQ=255) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgca > 6:8270/1‑136 (MQ=255) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATgca < 5:8270/137‑2 (MQ=255) aaTTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGc > 6:355857/1‑148 (MQ=255) ttGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCaaa < 1:85811/149‑1 (MQ=255) gCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTgg < 5:325631/148‑1 (MQ=255) gCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTgg < 2:261108/148‑1 (MQ=255) gCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGc > 5:51188/1‑149 (MQ=255) 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cTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTAc > 6:74468/1‑141 (MQ=255) catcaACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGACCCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgg < 1:345681/101‑1 (MQ=25) catcaACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGAACCCCGGCCCAGGCGCATGGCCAGGCAACCGGGCCgg > 2:345681/1‑101 (MQ=25) atcaACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCAc > 3:304496/1‑149 (MQ=255) aaccaacGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACg > 1:156603/1‑147 (MQ=255) accaacGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACg > 6:350762/1‑146 (MQ=255) accaacGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACg > 3:392577/1‑146 (MQ=255) accaacGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAg < 2:306251/149‑1 (MQ=255) caacGCTGGCCGTCTCCTATGCAATCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGcc > 7:257346/1‑124 (MQ=255) caacGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGcc < 8:257346/124‑1 (MQ=255) caacGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCg < 8:271522/139‑1 (MQ=255) caacGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGAt < 6:381787/149‑1 (MQ=255) 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tctcCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCCCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCACAGCCTACTTCAGACGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCa > 5:175486/1‑149 (MQ=255) tcCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCa < 8:149056/128‑1 (MQ=255) tcCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCa > 7:149056/1‑128 (MQ=255) tcCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCAtt > 8:76442/1‑149 (MQ=255) cTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGtt < 3:46330/140‑1 (MQ=255) cTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGtt > 4:46330/1‑140 (MQ=255) 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cAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTT‑‑GGATAGAc < 6:50252/145‑1 (MQ=255) cAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTT‑‑GGATAGAc > 5:50252/1‑145 (MQ=255) gggTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTc < 3:88960/149‑1 (MQ=255) gTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAg < 2:156603/149‑1 (MQ=255) gTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGt > 6:8965/1‑96 (MQ=255) gTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGt < 5:8965/96‑1 (MQ=255) tATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTcc < 1:394138/130‑1 (MQ=255) tATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTcc > 2:394138/1‑130 (MQ=255) tCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATg > 5:386118/1‑148 (MQ=255) tCTGATACCCGGGCCGGTTGGCTGGGCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGGTAAGCCCGCTACCCATGGCCCATCCTACTTCAGCGGCACGTAGATGATCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAAt < 1:95462/148‑1 (MQ=255) cTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGa > 1:11213/1‑148 (MQ=255) tGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGa > 6:185850/1‑147 (MQ=255) gATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGc > 6:63194/1‑104 (MQ=255) gATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGc < 5:63194/104‑1 (MQ=255) aTCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGaaa < 4:392577/147‑1 (MQ=255) aTCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGa < 6:51188/145‑1 (MQ=255) tCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTa < 7:96600/89‑1 (MQ=255) ccggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGa < 3:242372/123‑1 (MQ=255) ccggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGa > 4:242372/1‑123 (MQ=255) cggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAgtggt < 5:26204/113‑1 (MQ=255) cggcccggTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAgtggt > 6:26204/1‑113 (MQ=255) | GGCACGATCAGCCACACAGAGTGGGCAATTGATCGCCAGCGGATCCATTTATGCAACTACGATGGGCCTGCTCATCAACCAACGCTGGCCGTCTCCTATGCAAGCGCATGGCGAGGCATCCAGGGTACGTATCTGATCCCCGGCCCGGTTGCCTGGCCATGCGCCTGGGCCGGCAAAGTTGGCTACGCCCGCTACCCATGGCCCAGCCTACTTCAGCGGCACGTAGATG‑TCCGTTTGCCATTGCTCCAGTGGTGTTTCCGGATAGACGCTCAGGTAATGAAA > NC_002947/2478985‑2479266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |