Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,573,597 | C→A | 8.6% | P118H (CCT→CAT) | PP_2257 → | aerotaxis receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,573,597 | 0 | C | A | 8.6% | 182.7 / 6.6 | 58 | P118H (CCT→CAT) | PP_2257 | aerotaxis receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base A (3/2); total (30/28) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.53e-01 |
GTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGCGGTGGGGGCCAAC > NC_002947/2573451‑2573745 | gtgGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTa > 4:56081/1‑149 (MQ=255) cTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTAcgcgc > 5:253422/1‑148 (MQ=255) ccTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGa < 5:167258/147‑1 (MQ=255) ccTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAg < 6:393366/148‑1 (MQ=255) aaaGCCGGCAAGAGCTGGATGTGTATCGTCAAGAACCGCTGCCTTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCaa < 7:367484/147‑1 (MQ=255) aaaGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAg > 5:157204/1‑148 (MQ=255) cGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGccc < 4:132643/149‑1 (MQ=255) gCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGt > 7:112335/1‑149 (MQ=255) cAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTg < 6:253422/149‑1 (MQ=255) gCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGaa < 6:157204/149‑1 (MQ=255) tATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGcc < 4:146767/142‑1 (MQ=255) tATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGcc > 3:146767/1‑142 (MQ=255) tCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCgg < 3:56081/149‑1 (MQ=255) cAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGc > 8:359173/1‑149 (MQ=255) cGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGcc < 2:143115/123‑1 (MQ=255) cGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGcc > 1:143115/1‑123 (MQ=255) gCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTAGGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGc > 6:23406/1‑149 (MQ=255) aCGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGcc < 4:368784/144‑1 (MQ=255) aCGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGcc > 3:368784/1‑144 (MQ=255) actGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTc > 6:136212/1‑145 (MQ=255) actGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTc < 5:136212/145‑1 (MQ=255) ggTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGa > 2:298369/1‑81 (MQ=255) ggTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGa < 1:298369/81‑1 (MQ=255) tCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGgcgccgcgc < 7:359173/149‑1 (MQ=255) cAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAg > 1:124725/1‑83 (MQ=255) cAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAg < 2:124725/83‑1 (MQ=255) cAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGgcgccgcgcc > 5:418768/1‑149 (MQ=255) cTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCt > 7:122829/1‑147 (MQ=255) cTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCt > 2:306487/1‑147 (MQ=255) gCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCCCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCCGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTgg > 6:293197/1‑149 (MQ=255) tCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggcc > 7:164890/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggcctt > 2:174708/1‑149 (MQ=255) gAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggcc < 6:418768/147‑1 (MQ=255) gTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggccttggcc > 6:57252/1‑149 (MQ=255) gggCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggccttggcctt > 2:189084/1‑149 (MQ=255) gCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGTCGAAGCCCTGTATGCGCgg < 4:334002/79‑1 (MQ=255) gCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGc < 1:189084/149‑1 (MQ=255) gggTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCa > 3:113854/1‑149 (MQ=255) tAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTg < 8:122829/149‑1 (MQ=255) ttACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggccttg < 1:113990/130‑1 (MQ=255) ttACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAggccttg > 2:113990/1‑130 (MQ=255) gAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCTCAACGGCCAGACGGCATTGTCGGCGCCGCGCCTGCTGAGCTTGCTGGCGACGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGgct > 5:293222/1‑149 (MQ=255) gAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAg < 6:132742/120‑1 (MQ=255) gAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAg > 5:132742/1‑120 (MQ=255) gTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGgctgc > 8:218843/1‑149 (MQ=255) ggTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTc > 8:156537/1‑84 (MQ=255) ggTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTc < 7:156537/84‑1 (MQ=255) ggTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGctgctg < 4:113854/148‑1 (MQ=255) tcgcgcGTAGGGCATACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGcc < 4:404099/126‑1 (MQ=255) tcgcgcGTAGGGCATACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGcc > 3:404099/3‑128 (MQ=255) tcgcgcGTAGGGCATACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTgga > 7:303792/3‑140 (MQ=255) tcgcgcGTAGGGCATACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTgga < 8:303792/139‑2 (MQ=255) tcgcgcGTAGGGCATACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGc > 4:283688/3‑149 (MQ=255) gTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTgc < 5:273309/61‑1 (MQ=255) gTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTgc > 6:273309/1‑61 (MQ=255) gcgTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGCGGTg < 1:174708/149‑1 (MQ=255) tATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGCGGTgggg < 1:306487/149‑1 (MQ=255) tGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGCGGTggggg < 8:112335/148‑1 (MQ=255) ccTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGCGGTGGGGGCCaa > 5:165431/1‑149 (MQ=255) cTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGCGGTGGGGGCCAAc > 5:261369/1‑149 (MQ=255) | GTGGCGCTACCTGAAAGCCGGCAAGAGCTGGATGGGTATCGTCAAGAACCGCTGCCGTAACGGCGACTACTACTGGGTCAATGCCTACGTCACGCCCATCCTCGAAGGTGGGCGGGTAGTGGGTTACGAGTCGGTGCGCGTATGCCCTACGCGCGAGCAAGTAGCCCGTGCCGAAGCCCTGTATGCGCGGCTGCGCAACGGCCAGGCGGCATTGTCGGCGCCGCGCCGGCTGAGCTTGCTGGCGCAGGCCTTGGCCTTGCCACTGGCCGGTGGGCTGCTGGCGGTGGGGGCCAAC > NC_002947/2573451‑2573745 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |