Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,805,576 | G→A | 7.8% | L117L (CTG→CTA) | rbsK → | ribokinase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,805,576 | 0 | G | A | 7.8% | 145.9 / 2.3 | 51 | L117L (CTG→CTA) | rbsK | ribokinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/24); new base A (2/2); total (25/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.63e-01 |
GGCGGCAACTGCACCGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCTGAACCCAGC > NC_002947/2805428‑2805722 | ggcggcAACTGCACCGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCctg < 1:312204/149‑1 (MQ=255) gcggcAACTGCACCGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCctgc > 7:126928/1‑149 (MQ=255) gcAACTGCACCGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGa > 8:329256/1‑149 (MQ=255) cTGCACCGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTGAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGAcgcc < 4:27118/149‑1 (MQ=255) ccGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTCTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGACAGAACTGTAATGACATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCAGACGCCGCAGt > 3:345562/1‑149 (MQ=255) cGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTc < 4:231775/149‑1 (MQ=255) ccTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTg < 2:296176/149‑1 (MQ=255) cTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTgc < 5:62753/149‑1 (MQ=255) tgtgGAGGGGATCGAGTGTCAGGGCGTCAGCAGCTGTCCAGCCATGTCAAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGg‑c‑gc < 4:345562/148‑1 (MQ=255) tCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTc > 8:240859/1‑149 (MQ=255) gAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGACGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGa > 1:105968/1‑149 (MQ=255) gATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGt < 8:126928/149‑1 (MQ=255) gATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGt < 8:216782/149‑1 (MQ=255) aTCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGAcgccg > 7:105235/1‑123 (MQ=255) aTCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGAcgccg < 8:105235/123‑1 (MQ=255) aTCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGAt < 1:18554/144‑1 (MQ=255) aTCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGAt > 2:18554/1‑144 (MQ=255) tCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCGCGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAgg > 2:91199/1‑149 (MQ=255) aGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCt > 2:28881/1‑149 (MQ=255) gggCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTg > 7:262250/1‑149 (MQ=255) tCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAg > 5:273921/1‑149 (MQ=255) aGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGt < 7:329256/149‑1 (MQ=255) cACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTACTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTaa > 2:48389/1‑149 (MQ=255) cACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGCCCTACTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTaa > 2:54504/1‑149 (MQ=255) aCCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTACTGACGCCGCAGTCGGTGCGGCC‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTaa < 1:54504/149‑1 (MQ=255) aCCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTACTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑CAGCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTaa < 1:48389/149‑1 (MQ=255) cTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGACGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAat‑ca > 8:241894/1‑149 (MQ=255) cAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGc < 6:273921/149‑1 (MQ=255) tCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGa < 1:28881/149‑1 (MQ=255) cAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTaa < 3:62716/131‑1 (MQ=255) cAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTaa > 4:62716/1‑131 (MQ=255) cAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGaa < 8:262250/148‑1 (MQ=255) gcgcTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTgccagcca < 4:148479/148‑1 (MQ=255) aTCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGt > 5:280847/1‑149 (MQ=255) tgcCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTgg > 4:363801/1‑149 (MQ=255) ccagccagAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAATCCATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTgg < 1:91199/148‑1 (MQ=255) cagccagAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGc > 3:7686/1‑147 (MQ=255) cagccagAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGGGGCCTGGACACTGGCCa < 3:337191/149‑1 (MQ=255) tGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAat‑c > 5:412123/1‑85 (MQ=255) tGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAat‑c < 6:412123/85‑1 (MQ=255) tGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCt > 7:95841/1‑89 (MQ=255) tGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCt < 8:95841/89‑1 (MQ=255) tcatcaTTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGc < 6:280847/149‑1 (MQ=255) tcatTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAg < 4:7686/149‑1 (MQ=255) cccGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAgg < 7:240859/148‑1 (MQ=255) ccGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTg < 2:105968/149‑1 (MQ=255) ccGGCGCCAACGGCCTGATAACCCCGCAGACGTTGCGC‑C‑GATACGATGCGTTGCTGAAGGCTGCCGAGGTAAT‑CAAATGCAAGTTGAAAGTCCCAGCCAGCACCTTGCCATGCACACTGGCCAGAGGCCACGAGCTGGGCAAGCAGGt > 4:388139/1‑148 (MQ=255) gcgcCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGc > 6:239952/1‑137 (MQ=255) gcCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCt > 7:347163/1‑149 (MQ=255) aaCGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCTGaa > 3:264517/1‑149 (MQ=255) ggCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGATGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCTGAAcc > 1:94949/1‑148 (MQ=255) gCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCTGAAcc > 4:146396/1‑147 (MQ=255) gCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCTGAACCCa < 3:388139/149‑1 (MQ=255) ctgctgACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCTGAACCCAGc < 8:347163/149‑1 (MQ=255) | GGCGGCAACTGCACCGGGCCTTGTATGTCGAGGGGATCGACTGTCAGGGCGTCAGCACCTGTCCAGCCATGTCCAGCGGTGTGGCGCTGATCACGGTGGATGCTGCCAGCCAGAACTGTATTGTCATCATTCCCGGCGCCAACGGCCTGCTGACGCCGCAGTCGGTGCGG‑C‑GCTTCGATGCGTTGCTGCAGGCTGCCGAGGTAAT‑CATCTGCCAGTTGGAAGTGCCAGCCAGCACCGTGGCCTGGACACTGGCCAGAGGGCACGAGCTGGGCAAGCAGGTGATCCTGAACCCAGC > NC_002947/2805428‑2805722 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |