Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,885,724 | A→T | 9.3% | L52Q (CTG→CAG) | PP_2541 ← | transcriptional factor‑like protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,885,724 | 0 | A | T | 9.3% | 120.6 / 3.4 | 43 | L52Q (CTG→CAG) | PP_2541 | transcriptional factor‑like protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (17/22); new base T (2/2); total (19/24) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.88e-01 |
GCATAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGCGGGTCGGGT > NC_002947/2885577‑2885868 | gCATAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAg > 6:105451/1‑149 (MQ=255) aaGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTcg < 4:333409/148‑1 (MQ=255) gTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCgcgc < 4:319965/149‑1 (MQ=255) tACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCgcgc > 8:50963/1‑148 (MQ=255) tACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCgcgc < 7:50963/148‑1 (MQ=255) cgacgTGTGTCGGTGCGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTc < 7:304642/148‑1 (MQ=255) cgTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCGCGACCTGGTCGAGCGCGCCg < 1:409516/149‑1 (MQ=255) gggTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCtg < 3:301026/149‑1 (MQ=255) gTAAGTCCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCtggt < 6:373398/149‑1 (MQ=255) tAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAgg < 8:187993/122‑1 (MQ=255) tAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCtggtg > 1:234900/1‑149 (MQ=255) aGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCtggtgg < 5:105451/148‑1 (MQ=255) tGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTTCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCgcgc < 5:166143/124‑1 (MQ=255) tGCGTCGGCTTGAAGCTGCTGCGCTTCGCCAAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGAATTCCTTTACTGTTGCAATGAAGCGGGAAAAGTGAGGCGAGCTCGACCAGGTCgcgc > 6:166143/1‑124 (MQ=255) gCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATg > 4:182736/1‑149 (MQ=255) cGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGt < 4:42731/134‑1 (MQ=255) gggTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTAt > 3:330420/1‑143 (MQ=255) gggTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTAt < 4:330420/143‑1 (MQ=255) gCAGCGGCGGCGCTTCGGCCAGGCTCTAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATACGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGGCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGt < 6:31055/148‑1 (MQ=255) cAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGTTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGtt < 4:233255/148‑1 (MQ=255) ctgcGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAgg < 7:31452/148‑1 (MQ=255) gCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGc < 3:182736/148‑1 (MQ=255) aaGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTgg < 2:234900/148‑1 (MQ=255) aaGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGa < 3:305148/149‑1 (MQ=255) cAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAgg < 8:375712/117‑1 (MQ=255) cAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAgg > 7:375712/1‑117 (MQ=255) cAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCgg > 7:295859/1‑149 (MQ=255) aGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCggg < 4:263797/149‑1 (MQ=255) ccAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTggc > 3:130554/1‑149 (MQ=255) aTGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCaa > 8:238770/1‑149 (MQ=255) tACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAg < 7:238770/148‑1 (MQ=255) ttGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGa > 2:139985/1‑142 (MQ=255) ttGAACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGa < 1:139985/142‑1 (MQ=255) cACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCa > 5:16445/1‑149 (MQ=255) tGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTg > 2:148567/1‑149 (MQ=255) aGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGgt > 3:292644/1‑149 (MQ=255) cggcgAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTgg > 5:70136/1‑149 (MQ=255) gtcgAGCGCGACCTGGTCGAGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGc > 6:98241/3‑149 (MQ=255) aGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGcgggt > 5:6964/1‑149 (MQ=255) aGCGCGACCTGGTCGAGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGTGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGATCATTCACGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTAGATCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGAGGcgggt > 4:177608/1‑149 (MQ=255) tCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGcgggtcgg > 4:342055/1‑149 (MQ=255) gACCTGGTCGAGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCGGGGTGGCGGCCGGGCAGCATCTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGcgggtcgggt < 3:177608/149‑1 (MQ=255) gACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGcgggtcgggt < 6:70136/149‑1 (MQ=255) | GCATAAAGTACGACGTGTGTCGGTGGGGTAAGTGCGTCGGGTTGCAGCTGCTGCGCTTCGCCCAGGCTCAAGCCCGGTTGCCAGTACCAGCCATAAGGCATGCCTTTACTGTTGCACTGAAGCGGGAACAGTGCGGCGAGCTCGACCAGGTCGCGCTCGACGGTGCGTTTGCTGGTGGTATGGCCCACGGTTGTCAGGGCAGCCTGCAACTGGGTGGAGCTCATTCCCGGGTGGCGGCCGGGCAGCAACTTGAGCAGTTGCCACTGGCGGGCGATGGTGTGGCGGGTCGGGT > NC_002947/2885577‑2885868 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |