Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 2,995,667 | C→T | 7.0% | R55H (CGC→CAC) | PP_2619 ← | FHA domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 2,995,667 | 0 | C | T | 7.0% | 164.1 / 2.1 | 58 | R55H (CGC→CAC) | PP_2619 | FHA domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (27/26); new base T (2/2); total (29/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.34e-01 |
TGAACCTGTAGCCGATAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGAGGTTGGTGA > NC_002947/2995523‑2995808 | tGAACCTGTAGCCGATAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGAt > 5:275028/1‑149 (MQ=255) tGAACCTGTAGCCGATAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGAt > 2:25718/1‑149 (MQ=255) ccTGTAGCCGATAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCTGATTTCg > 5:322133/1‑149 (MQ=255) cTGTAGCCGATAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCg > 3:305250/1‑148 (MQ=255) cTGTAGCCGATAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGCTGGAAGCGGCCCCAGGATGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCg > 5:357688/1‑148 (MQ=255) aTAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATgg < 8:193047/149‑1 (MQ=255) tAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGt > 7:330716/1‑142 (MQ=255) tAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGt < 8:330716/142‑1 (MQ=255) ccAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAAc > 8:232692/1‑149 (MQ=255) aTGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGt > 1:3158/1‑149 (MQ=255) tGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGGGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGgc < 7:196534/140‑1 (MQ=255) tGAGAAGCTGGTCAACCTCAACCAGGCGTATCCGTGGAAGCGGCCCCAGGCTCATGGCACTGACATTGAGGT‑AGGTACGGTCGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCAGCATTCGAACAAGCGGATTACGCATTGCATgcgc > 8:196534/1‑140 (MQ=255) gcatCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATcgcg < 2:294460/146‑1 (MQ=255) gTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCgg < 5:300339/148‑1 (MQ=255) tCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGt > 2:46284/1‑148 (MQ=255) ccTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGTGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCAtt > 5:26205/1‑148 (MQ=255) ccTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGTGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCAtt > 5:32252/1‑148 (MQ=255) cTCAACCAGGCGTCTGTGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGa < 7:168896/149‑1 (MQ=255) ccAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGc < 6:378217/149‑1 (MQ=255) cAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGc > 3:26669/1‑148 (MQ=255) aGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCa < 5:384464/149‑1 (MQ=255) aGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCa < 6:275028/149‑1 (MQ=255) gTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGc < 7:232692/149‑1 (MQ=255) gCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGATACGGTGGCAGTGGTCGATCAGACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTg < 3:181139/149‑1 (MQ=255) ggCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGTGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGcc < 6:32252/149‑1 (MQ=255) ggCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGTGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGcc < 6:26205/149‑1 (MQ=255) cccAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGTGAGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCa > 1:23656/1‑129 (MQ=255) cccAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCa < 2:23656/128‑1 (MQ=255) aCTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGc < 4:26669/149‑1 (MQ=255) ccATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGccc < 6:110009/141‑1 (MQ=255) ccATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCtaggtcg > 5:110009/1‑142 (MQ=255) ccATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATc > 7:354386/1‑149 (MQ=255) ccATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATc < 6:322133/149‑1 (MQ=255) ccATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATc < 1:46284/149‑1 (MQ=255) ggt‑aggtaCGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAgg > 1:219423/1‑149 (MQ=255) t‑aggtaCGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGGGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTg < 4:305250/149‑1 (MQ=255) taCGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCAGTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGCACAGGTGCCgc > 6:96519/1‑148 (MQ=255) ggTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCa < 8:354386/149‑1 (MQ=255) tGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGt < 2:3158/149‑1 (MQ=255) ggCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGc < 2:138703/108‑1 (MQ=255) ggCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGc > 1:138703/1‑108 (MQ=255) gTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGc > 6:116030/1‑149 (MQ=255) gTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGt > 8:206261/1‑149 (MQ=255) gTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGt < 5:298719/149‑1 (MQ=255) cacaGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGt > 4:254284/1‑149 (MQ=255) cacaGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTAATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGt > 1:312595/1‑149 (MQ=255) acaGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGtt > 4:235238/1‑149 (MQ=255) acaGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGtt > 3:126080/1‑149 (MQ=255) acaGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGtt > 8:59229/1‑149 (MQ=255) cTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTc > 5:279221/1‑146 (MQ=255) cTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGACGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTc < 6:279221/146‑1 (MQ=255) cTTCGTTCAAGGCGAGTTCGGAGTGGATGGGCTCTACTGTCTGTTCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCACACTGGCGATGGTGCCGCGCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGCCGAGGTTg < 7:385691/149‑1 (MQ=255) cTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGAGGTTg < 2:219423/149‑1 (MQ=255) cTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGGCATTGATCTGCCAGTTTGCGCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGAGGTTg < 5:96519/149‑1 (MQ=255) ttCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGa > 4:194518/1‑143 (MQ=255) ttCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGa < 3:194518/143‑1 (MQ=255) ttCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAAAGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGAGGTTgg > 4:122445/1‑149 (MQ=255) gATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGAGGTTGGTGa < 3:254284/149‑1 (MQ=255) | TGAACCTGTAGCCGATAGGTACCAATGAGAAGCTGGTCACCCTCAACCAGGCGTCTGGGTGGAAGCGGCCCCAGGCTGTTGGCACTGCCATTGAGGT‑AGGTACGGTGGCAGTGGTCGATCACACAGAAGCTGCCTTCGATCCAGCGGATTTCGCAGTGGATGGGCGCAACGGTCTGATCGCGGTCATTGATCTGCCAGTTTGCTCGCCCACTGCCGATGGTGCCGCCCTTGCAATCGAACAGGTGCCGAGCAGTAACGCCGTGCTGCAGTTGGTCGAGGTTGGTGA > NC_002947/2995523‑2995808 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |