Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,061,260 | T→C | 7.0% | A80A (GCA→GCG) | PP_2673 ← | pentapeptide repeat‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,061,260 | 0 | T | C | 7.0% | 163.5 / 2.7 | 57 | A80A (GCA→GCG) | PP_2673 | pentapeptide repeat‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (33/20); new base C (2/2); total (35/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.35e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.95e-01 |
TTTTCAAACTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGCAATCACGCAGCCGT > NC_002947/3061114‑3061405 | ttttCAAACTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGc > 5:69039/1‑149 (MQ=255) tttCAAACTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGc > 8:46491/1‑148 (MQ=255) ttCAAACTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTAGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGc > 1:323827/1‑147 (MQ=255) aaaCTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGCTTGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAg < 1:313456/148‑1 (MQ=255) aaCTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTc > 7:361060/1‑149 (MQ=255) aaCTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTc > 3:122418/1‑149 (MQ=255) aaCTCTGCGCACTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTc > 1:249976/1‑149 (MQ=255) tGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCAt > 2:241309/1‑148 (MQ=255) ggCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGAc > 6:351348/1‑149 (MQ=255) aCAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAg < 8:361060/148‑1 (MQ=255) cccAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGc > 8:7138/1‑148 (MQ=255) cccAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGc < 7:7138/148‑1 (MQ=255) aGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGGTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATcg < 7:77768/149‑1 (MQ=255) cTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCACGTTGGCTCCTTCGAGCCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATcgcg > 6:317795/1‑148 (MQ=255) aaTGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCGGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGt < 2:249976/149‑1 (MQ=255) tGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCg < 7:46491/149‑1 (MQ=255) gCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCgg > 2:19834/1‑148 (MQ=255) ccTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGc > 1:8096/1‑147 (MQ=255) ctgTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAgg < 1:19834/147‑1 (MQ=255) tCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTgg < 5:59193/98‑1 (MQ=255) tCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTgg > 6:59193/1‑98 (MQ=255) aGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTggg < 5:393476/97‑1 (MQ=255) aGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTggg > 6:393476/1‑97 (MQ=255) gTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCa < 2:323827/149‑1 (MQ=255) tCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGTGCATGACGCAGGTCGGCATAGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAg < 6:69039/149‑1 (MQ=255) aGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTg > 5:256628/1‑149 (MQ=255) ggCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTgg < 5:351348/149‑1 (MQ=255) cgcAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGtt < 4:122418/149‑1 (MQ=255) cgcAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGAATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTTCTCAGGTCCTGGtt > 8:159955/1‑149 (MQ=255) tctGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTGGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTg > 3:18510/1‑149 (MQ=255) tGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCAGGGCATGACGCAGGTCGGAATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGAAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGgc > 6:375466/1‑149 (MQ=255) gCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGcgccg > 4:367799/1‑149 (MQ=255) gCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGcgcc < 2:8096/148‑1 (MQ=255) aGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGATCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCcgcg > 4:136818/1‑149 (MQ=255) gC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGGACTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCcgcg > 1:267367/1‑148 (MQ=255) cgcgGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTg < 1:241309/149‑1 (MQ=255) ggTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCAAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCggg > 1:6420/1‑149 (MQ=255) ttGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCa > 7:24027/1‑149 (MQ=255) ggCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTg > 4:316687/1‑112 (MQ=255) ggCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTg < 3:316687/112‑1 (MQ=255) gCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCg < 3:223829/142‑1 (MQ=255) gCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCg > 4:223829/1‑142 (MQ=255) cTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTCGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTgcgc < 7:305179/98‑1 (MQ=255) cTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTCGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTgcgc > 8:305179/1‑98 (MQ=255) cTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTCGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTgcgc < 5:357935/98‑1 (MQ=255) cTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTCGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTgcgc > 6:357935/1‑98 (MQ=255) tCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCg > 4:222780/1‑79 (MQ=255) tCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCg < 3:222780/79‑1 (MQ=255) tCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGACACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCActggc > 2:380390/1‑149 (MQ=255) ttGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGACGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCActggctgg > 3:216867/1‑149 (MQ=255) ggg‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGc > 2:373497/1‑148 (MQ=255) cTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGGCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGCAATc < 5:344261/149‑1 (MQ=255) tttttCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGATGGCAAGGTTGGCGCAGCGCAGGTTGGCACCAGGGAACTGGCTGGCTTAGGCAATCa > 7:196300/1‑149 (MQ=255) ttCCATATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGCAATCACg < 7:159955/148‑1 (MQ=255) aGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGCAATCACGCAGcc > 7:263374/1‑149 (MQ=255) gATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGCAATCACGCAGCCg > 8:26535/1‑149 (MQ=255) aTTTGCGAAGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGCAATCACGCAGCCGt > 5:63268/1‑149 (MQ=255) | TTTTCAAACTGTGCGCCCTGGGCGAACAAGCCCCAGCCTTGAATGGCCACCAGCCTGCTGTTGCTCAGGTCAGCCAGGCGCAGATTGCTCTGTTGCAGGC‑TGGCGCGGGTCAGGTTGGCTCCTTGCAGGCGGG‑CTTTTTCCAGATTTGCGAGGTCCAGCTGGGCATGACGCAGGTCGGCATCGCGCAGGTCGGCACCGGCCAGGTTCATCTTGCGCAGGTCCTGGTTGGCCAGGTTGGCGCCGCGCAGGTTGGCCCCCGGGCACTGGCTGGCTTCGGCAATCACGCAGCCGT > NC_002947/3061114‑3061405 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |