Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,215,267 | G→C | 9.8% | M394I (ATG→ATC) ‡ | mexD → | multidrug RND transporter MexD |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,215,267 | 0 | G | C | 9.8% | 159.2 / 6.0 | 51 | M394I (ATG→ATC) ‡ | mexD | multidrug RND transporter MexD |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (25/21); new base C (3/2); total (28/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 |
CATGGTGCTGGTGTTCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATGGGGCAGGTGTCCGGGGCGA > NC_002947/3215129‑3215412 | cATGGTGCTGGTGTTCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCg > 5:197703/1‑149 (MQ=255) aTGGTGCTGGTGTTCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGGTCATCATGTTcac > 5:263492/1‑147 (MQ=255) aTGGTGCTGGTGTTCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGGTCATCATGTTcac < 6:263492/149‑3 (MQ=255) ggTGCTGGTGTTCCTGGTGATGTTCCTGTTCATGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCa > 7:192434/1‑149 (MQ=255) gtgtTCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCt > 2:239284/1‑149 (MQ=255) ttCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTgg < 3:82939/148‑1 (MQ=255) tCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGc > 1:125203/1‑148 (MQ=255) ttGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTAGATCGTGGTGGCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGGTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCg < 6:318561/147‑1 (MQ=255) tgCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGgacgac > 5:107078/1‑149 (MQ=255) gCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGACTGCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGgacgac > 1:116793/1‑149 (MQ=255) cAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGacgacg < 2:125203/148‑1 (MQ=255) aCGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATc < 1:190383/149‑1 (MQ=255) cGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCg > 2:118016/1‑149 (MQ=255) tGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGGGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCgtg > 3:363444/1‑149 (MQ=255) cgcTATACCCTGGTCCCGTCTATCGTTGTGCCGGTGTGACTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCgtgg < 6:197703/148‑1 (MQ=255) ccTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGgag > 2:150928/1‑148 (MQ=255) cTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGaa < 7:265648/149‑1 (MQ=255) ccGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATc > 8:14730/1‑105 (MQ=255) ccGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGACATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGTTGGAGAACGTCgc > 5:321955/1‑148 (MQ=255) cGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGAcc < 6:411013/80‑1 (MQ=255) cGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGAcc > 5:411013/1‑80 (MQ=255) cGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATACTGGTGGACGACGCCATCGTGGACGTGGAGAACGTCGAg > 8:170164/1‑149 (MQ=255) gTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGc < 3:382602/149‑1 (MQ=255) gTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGc < 1:118016/149‑1 (MQ=255) gATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCgg < 1:150928/148‑1 (MQ=255) aTCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGga > 6:53511/1‑134 (MQ=255) aTCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGga < 5:53511/134‑1 (MQ=255) ccTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGa > 4:301659/1‑126 (MQ=255) ccTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGa < 3:301659/126‑1 (MQ=255) cTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCt > 4:338765/1‑149 (MQ=255) tGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATgg < 1:403433/135‑1 (MQ=255) tGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATgg > 2:403433/1‑135 (MQ=255) ggactgtgatgaTCATGAAGCTGCTAGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCg < 8:192434/143‑1 (MQ=255) gCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑Ag < 5:170113/130‑1 (MQ=255) gCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑Ag > 6:170113/1‑130 (MQ=255) atgatCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGc < 2:116793/149‑1 (MQ=255) gatCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCtg < 1:104958/73‑1 (MQ=255) gatCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCtg > 2:104958/1‑73 (MQ=255) tCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGAc > 3:15254/1‑148 (MQ=255) cATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAg < 8:294162/125‑1 (MQ=255) cATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAg > 7:294162/1‑125 (MQ=255) aTGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCGCAGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGAcc < 1:239284/148‑1 (MQ=255) gctgctCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGGCGGTGGAGGCGACCATCAAgg > 2:358047/1‑149 (MQ=255) ctCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGAt > 2:81603/1‑149 (MQ=255) tCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATg > 6:81972/1‑149 (MQ=255) ctcGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATGGGGCAg < 4:15254/148‑1 (MQ=255) catgccgAACATGGTCATCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGACG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATGGGGCAgg > 5:253526/7‑149 (MQ=25) cgAACATGGTCATCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGa > 1:379692/2‑90 (MQ=17) cgAACATGGTCATCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGa < 2:379692/89‑1 (MQ=17) cATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGtt < 8:31558/84‑1 (MQ=255) cATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGtt > 7:31558/1‑84 (MQ=255) atgatgACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCAGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATGGGGCAGGTGTCCGGGGc > 6:342697/1‑149 (MQ=255) gatgaCCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATGGGGCAGGTGTCCGGGGCGa > 2:31803/1‑149 (MQ=255) gatgaCCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATGGGGCAGGTGTCCGGGGCGa > 2:73906/1‑149 (MQ=255) | CATGGTGCTGGTGTTCCTGGTGATGTTCCTGTTCCTGCAGAACGTGCGCTATACCCTGGTCCCGTCGATCGTGGTGCCGGTGTGCCTGCTCGGGAC‑GCTGATGATCATGAAGCTGCTCGGCTTCTCGGTGAACATGATGACCATGTTCGGCATGGTGCTGGCCATCGGCATCCTGGTGGACGACGCCATCGTGGTGGTGGAGAACGTCGAGCGGTTGATGGCCG‑AGGAAGGTCTGTCGCCGGTGGAGGCGACCATCAAGGCGATGGGGCAGGTGTCCGGGGCGA > NC_002947/3215129‑3215412 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |