Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,233,280 | A→G | 9.1% | L156L (CTA→CTG) | GbpR → | galactose‑binding protein regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,233,280 | 0 | A | G | 9.1% | 116.7 / 2.5 | 44 | L156L (CTA→CTG) | GbpR | galactose‑binding protein regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (19/21); new base G (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGCCTGGTGCGGGTGGGCAGCGTCATGGGCCCGGTACCAGGCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTCGCGCAGGTCATCCCTTGGCGACAGCCACAG > NC_002947/3233140‑3233416 | ggCCTGGTGCGGGTGGGCAGCGTCATGGGCCCGGTACCAGGCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGa > 3:189978/1‑149 (MQ=255) gCCCGGTACCAGGCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCGGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCg > 7:216124/1‑149 (MQ=255) gTACCAGGCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCATGCTCCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGCTGGAGGGGCCCCTCCCGGAcc > 7:339064/1‑148 (MQ=255) ggCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGAc < 3:48343/141‑1 (MQ=255) ggCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGAc > 4:48343/1‑141 (MQ=255) ggCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGa < 8:46799/149‑1 (MQ=255) gCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGa > 1:271837/1‑148 (MQ=255) gCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGAc < 4:189978/149‑1 (MQ=255) tGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAg > 4:390728/1‑149 (MQ=255) aCCAAGGCGGTGCTTGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGATGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATTGTGGTGGGGCGCCTGCCGGAcc < 7:177755/133‑1 (MQ=255) aCCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAg < 3:20528/147‑1 (MQ=255) atatcTGTCCTACAATCGCTACCAGCACAAGGTTCTTATCTCGCTGGAGGTCGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCTGCCTTGCTGCGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAata < 2:396613/145‑1 (MQ=255) gTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAatat < 2:271837/149‑1 (MQ=255) gCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTGCGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAata > 1:402990/1‑142 (MQ=255) gCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTGCGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAata < 2:402990/142‑1 (MQ=255) gCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTGCGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAata > 1:396613/1‑142 (MQ=255) gCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCt > 7:251518/1‑149 (MQ=255) gCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCt > 4:150393/1‑149 (MQ=255) ccTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCGGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTg < 2:131764/149‑1 (MQ=255) cTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGt > 3:207716/1‑149 (MQ=255) cAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGtt < 4:83876/147‑1 (MQ=255) cAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTc < 3:335454/148‑1 (MQ=255) aaGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATAtggtggtg < 8:310460/96‑1 (MQ=255) aaGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATAtggtggtg > 7:310460/1‑96 (MQ=255) gACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGAcggcgg > 4:23321/1‑149 (MQ=255) atcAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGt < 2:9370/147‑1 (MQ=255) atcAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGt > 1:9370/3‑149 (MQ=255) cAGCCCAAGGTGCGTATCTAGCTGGATGTGGGCACCAGCGAGACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACATCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGa < 8:339064/149‑1 (MQ=255) aGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAg > 2:313642/1‑149 (MQ=255) gTGCGTATCTCGCTGGAGGGGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCACGAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATgc < 1:313642/149‑1 (MQ=255) tctcGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAAtt > 4:291951/1‑149 (MQ=255) tcGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGAcgg > 2:340910/1‑125 (MQ=255) tcGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGAcgg < 1:340910/125‑1 (MQ=255) gCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAAtt < 3:150393/145‑1 (MQ=255) gCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTc < 4:207716/149‑1 (MQ=255) gAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTcgc < 6:304801/147‑1 (MQ=255) gTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTCGCGCAgg > 4:291668/1‑149 (MQ=255) aCCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTCGCGCAGGTCATcc < 5:291666/149‑1 (MQ=255) gCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTCGCGCAGGTCATCCCTTg > 4:276072/1‑149 (MQ=255) cTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAg < 1:47194/88‑1 (MQ=255) cTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAg > 2:47194/1‑88 (MQ=255) cTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTCGCGCAGGTCATCCCTTGGCGACAg > 4:327324/1‑149 (MQ=255) ctgcCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCAAAATTGCTCGCGCAGGTCATCCCTTGGCGACAGCcac < 8:251518/149‑1 (MQ=255) ccGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTCGCGCAGGTCATCCCTTGGCGACAGCCACAg < 3:390728/148‑1 (MQ=255) | GGCCTGGTGCGGGTGGGCAGCGTCATGGGCCCGGTACCAGGCGTGCTGACCAAGGCGGTGCTGGCCTACAAGCGCGACCAGCCCAAGGTGCGTATCTCGCTGGAGGTGGGCACCAGCGACACCTTGCTGCCGGCCTTGCTACGCGGTGATTTCGATATGGTGGTGGGGCGCCTGCCGGACCA‑GAGTGACAGCCAGGAACTGAATATCGAGCTGTTCGACGGCGGTGAGCAGATGCGCATAATTGCTCGCGCAGGTCATCCCTTGGCGACAGCCACAG > NC_002947/3233140‑3233416 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |