Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,241,918 | C→T | 7.0% | V538V (GTC→GTT) | PP_2838 → | hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,241,918 | 0 | C | T | 7.0% | 167.1 / 2.6 | 57 | V538V (GTC→GTT) | PP_2838 | hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/27); new base T (2/2); total (28/29) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.44e-01 |
ACCGTGCCGGCATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCAGGAGGGTATCGAAGGGCATCAGCG > NC_002947/3241776‑3242066 | aCCGTGCCGGCATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGgtg > 4:88376/1‑149 (MQ=255) aCCGTGCCGGCATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGgtg > 6:242386/1‑149 (MQ=255) ccGTGCCGGCATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGgtgt < 5:252834/149‑1 (MQ=255) ccGGCATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCAc < 3:88376/149‑1 (MQ=255) ggCATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGt > 7:40789/1‑149 (MQ=255) cATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTgc < 5:1959/149‑1 (MQ=255) ccGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTg > 6:3243/1‑148 (MQ=255) ttCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTg < 8:40789/149‑1 (MQ=255) cTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTTGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAg > 7:224944/1‑149 (MQ=255) cTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTTGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAg > 7:230985/1‑149 (MQ=255) ccGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTa > 5:18953/1‑147 (MQ=255) ccGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGt > 1:188391/1‑149 (MQ=255) tCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCGGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTgcgcgc < 5:381466/149‑1 (MQ=255) gCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCt > 2:286064/1‑149 (MQ=255) cATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTGAACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCAc > 1:4473/1‑101 (MQ=255) cATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGTCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCtt > 8:369471/1‑149 (MQ=255) cATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGTCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCtt > 8:374864/1‑149 (MQ=255) cATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCAc < 2:4473/100‑1 (MQ=255) cATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCtt < 5:3243/149‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTtgt < 8:301779/149‑1 (MQ=255) tGGTCGAGGTAACGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGGCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTtgt < 2:263548/149‑1 (MQ=255) gTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTtgtg < 5:34241/148‑1 (MQ=255) tCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTgcgc < 4:195520/139‑1 (MQ=255) tCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTgcgc > 3:195520/1‑139 (MQ=255) tCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACAGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTtgtgt > 2:62994/1‑148 (MQ=255) aGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGt < 6:18953/149‑1 (MQ=255) gTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGtt > 3:95841/1‑148 (MQ=255) aaGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAgc > 4:7105/1‑149 (MQ=255) aGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAgc > 6:46316/1‑148 (MQ=255) aGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAgc < 5:46316/148‑1 (MQ=255) cGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTTGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCgac < 8:224944/149‑1 (MQ=255) cGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTTGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCgac < 8:230985/149‑1 (MQ=255) tGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGTCCTGCCGGTCGCGGTGTGCAACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCACGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCgacctg > 5:331173/1‑148 (MQ=255) aaccaacTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTgcgc > 6:81913/1‑149 (MQ=255) caacTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTc < 3:7105/149‑1 (MQ=255) acTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCAc < 4:95841/149‑1 (MQ=255) gctggcGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGcc > 6:201414/1‑149 (MQ=255) tggcGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCgacctggac > 5:204007/1‑127 (MQ=255) tggcGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCgacctggac < 6:204007/127‑1 (MQ=255) gcGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGTCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCAc < 7:374864/148‑1 (MQ=255) gcGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGTCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCAc < 7:369471/148‑1 (MQ=255) cGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCg > 6:90703/1‑149 (MQ=255) gTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCgacctgg < 4:274865/121‑1 (MQ=255) gTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCgacctgg > 3:274865/1‑121 (MQ=255) gCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCag > 2:128234/1‑148 (MQ=255) cAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGTCCGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCag < 1:286064/148‑1 (MQ=255) ggCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCaggagg < 5:81913/149‑1 (MQ=255) gCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGc < 7:333409/105‑1 (MQ=255) gCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGc > 8:333409/1‑105 (MQ=255) aaCACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTAGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCAGGAGGGTa > 4:273231/1‑149 (MQ=255) cacGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTtgtgt < 3:120223/80‑1 (MQ=255) cacGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTtgtgt > 4:120223/1‑80 (MQ=255) acGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCAGGAGGGTATCg < 5:90703/149‑1 (MQ=255) ccTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCAGGAGGGTATCGAAgg < 5:242386/149‑1 (MQ=255) cTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCAGGAGGGTATCGAAggg < 2:188391/149‑1 (MQ=255) tCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCagga > 2:198013/1‑129 (MQ=255) tCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCagga < 1:198013/129‑1 (MQ=255) cgcgGTCTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGCACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCAGGAGGGTATCGAAGGGCATCAGCg > 6:32256/1‑149 (MQ=255) | ACCGTGCCGGCATGCCCGACCTGATTCAGTTCTGGCCCGAGCAGGGCCGTTATCGCATGGTCGAGGTCAAGGGGCCCGGTG‑ACCGCCTGCAGGACAACCAACTGCGCTGGCTGGCGTTCTGCAGGCAACACGGCCTGCCGGTCGCGGTGTGCCACGTGCGCTGGAGCGAAACACCTTGAGCTACAGCGTAGCGGTGCGCGCCTTGTGTGAGTTCAGCGCCAAGGT‑CGGCGACCTGGACCTGCGCTTCACGCCATCGCCCACCGCCCAGGAGGGTATCGAAGGGCATCAGCG > NC_002947/3241776‑3242066 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |