Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,270,389 | C→T | 9.1% | G566S (GGT→AGT) | PP_2869 ← | FMN‑binding oxidoreductase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,270,389 | 0 | C | T | 9.1% | 121.3 / 2.5 | 44 | G566S (GGT→AGT) | PP_2869 | FMN‑binding oxidoreductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (19/21); new base T (2/2); total (21/23) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.69e-01 |
CCCCATGCACAGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAG > NC_002947/3270264‑3270537 | ccccATGCACAGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGc > 4:165167/1‑147 (MQ=255) cccATGCACAGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAg < 2:178478/149‑1 (MQ=255) ccATGCACAGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGTGTGCGTATGGGGTGACAGCGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGt < 5:338090/149‑1 (MQ=255) cATGCACAGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGtt < 3:165167/149‑1 (MQ=255) acaGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATg < 8:324407/127‑1 (MQ=255) acaGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCa > 3:162534/1‑149 (MQ=255) aGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCacg > 1:385216/1‑149 (MQ=255) ctaGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATg < 5:373764/118‑1 (MQ=255) cAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATg > 6:373764/1‑120 (MQ=255) aTGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAg > 2:12145/1‑149 (MQ=255) gCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCa > 1:361603/1‑122 (MQ=255) gCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCa < 2:361603/122‑1 (MQ=255) tcatcGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCaa < 4:205011/149‑1 (MQ=255) tcatcGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCaa > 3:205011/1‑149 (MQ=255) tcatcGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCaa < 6:172548/149‑1 (MQ=255) tcatcGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCaa > 5:172548/1‑149 (MQ=255) ggATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGt < 2:410679/149‑1 (MQ=255) gcTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGATCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGATCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGa > 8:216793/1‑149 (MQ=255) tGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGAcc > 1:372345/1‑149 (MQ=255) gCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGc > 8:378278/1‑149 (MQ=255) cGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGACCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGcc < 2:194491/149‑1 (MQ=255) ctgcAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGa < 2:385216/149‑1 (MQ=255) ctgcAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGa > 8:87655/1‑149 (MQ=255) cAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCacgtac > 6:186496/1‑96 (MQ=255) tACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATg < 1:12145/149‑1 (MQ=255) cacCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGc < 4:304896/149‑1 (MQ=255) ttgtCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTcgc < 2:372345/148‑1 (MQ=255) cTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCg < 7:378278/149‑1 (MQ=255) tGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACTCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGt > 6:28085/1‑149 (MQ=255) tGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACTCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGt > 6:34119/1‑149 (MQ=255) aCAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCtctc > 5:115314/1‑85 (MQ=255) aCAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCtctc < 6:115314/85‑1 (MQ=255) ggCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATa > 5:420181/1‑149 (MQ=255) gcgtgcgtATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATCGCCTTCGCCCAACAGGCGATCGGCGATAc > 4:324851/1‑149 (MQ=255) cgtATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCggg < 7:87655/148‑1 (MQ=255) cgtATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATCGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCgggg < 3:324851/149‑1 (MQ=255) ggggTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCtctc > 4:63053/1‑71 (MQ=255) ggggTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCtctc < 3:63053/71‑1 (MQ=255) gggTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGCACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGAt < 8:95559/148‑1 (MQ=255) tGACAGGGATACTCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATAGCGGGGCCGATCCAg < 5:28085/149‑1 (MQ=255) tGACAGGGATACTCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAg < 5:34119/149‑1 (MQ=255) cAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTca > 8:244439/1‑149 (MQ=255) tACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCg < 2:360165/119‑1 (MQ=255) tACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCg > 1:360165/1‑119 (MQ=255) ccAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGc > 2:296493/1‑118 (MQ=255) ccAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGc < 1:296493/118‑1 (MQ=255) ccAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAg > 6:79239/1‑149 (MQ=255) ccAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAg > 8:125301/1‑149 (MQ=255) | CCCCATGCACAGCACCAAGGTGTCGATGCCTTCGAAGATCATCGGATCGCCGCTGGCGGTGTGCTGCAGGTACACCGTGTTGTCGTCGCTGCCGTACAGGCGTGCGTATGGGGTGACAGGGATACCCAGGCGATGCAGCTCGCCGGCCAGTTGGTCACGTACGTAAAGCGGCAGGCTCTCGCCGCAATGAGTGCCGTTGACCGCCAACTGGACCTGATGGCCTTCGCGCACCAGGCGTTCGGCGATACCGGGGCCGATCCAGTCACAGCGCCAG > NC_002947/3270264‑3270537 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |