Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,528,271 | A→G | 6.6% | S30G (AGC→GGC) | dnaEB → | error‑prone DNA polymerase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,528,271 | 0 | A | G | 6.6% | 170.7 / 2.4 | 60 | S30G (AGC→GGC) | dnaEB | error‑prone DNA polymerase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (28/28); new base G (2/2); total (30/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.90e-01 |
CGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGCTGATCGTTGGCAGCGAGGTGCAAT > NC_002947/3528124‑3528418 | cGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACAGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAg > 7:171312/1‑149 (MQ=255) aaaCCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAgcg > 6:201975/1‑149 (MQ=255) cccGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCAGTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCcg > 3:234821/1‑149 (MQ=255) gTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCcgacg < 7:218037/149‑1 (MQ=255) tGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCcgacga < 5:277064/149‑1 (MQ=255) ggCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTg > 3:199727/1‑149 (MQ=255) ccTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGtt < 5:201975/149‑1 (MQ=255) tGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGc < 8:199464/143‑1 (MQ=255) tGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGc > 7:199464/1‑143 (MQ=255) gcgcGGCCGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGACGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCg > 1:250978/1‑149 (MQ=255) cgcgGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCg < 1:336728/148‑1 (MQ=255) gggCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgc > 5:192436/1‑149 (MQ=255) gCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc > 7:251022/1‑149 (MQ=255) gCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc > 6:381419/1‑149 (MQ=255) cTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTgcgcgc > 7:380993/1‑147 (MQ=255) tACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAg > 4:153926/1‑149 (MQ=255) ccTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTa > 6:120929/1‑149 (MQ=255) cTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTAc < 5:334286/149‑1 (MQ=255) gAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCg > 6:336171/1‑125 (MQ=255) gAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCg < 5:336171/125‑1 (MQ=255) aGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAg < 8:251022/149‑1 (MQ=255) ggCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCtt < 3:201302/149‑1 (MQ=255) ccGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTgg < 4:199727/149‑1 (MQ=255) ccGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTgg < 3:153926/149‑1 (MQ=255) ccGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTgg < 6:163329/149‑1 (MQ=255) cGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGc < 8:171312/149‑1 (MQ=255) tCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAAt > 5:367498/1‑149 (MQ=255) cGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCa < 6:367498/149‑1 (MQ=255) gggCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGGTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGa < 4:234821/147‑1 (MQ=255) gCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACg < 5:381419/148‑1 (MQ=255) cAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAg < 4:147223/92‑1 (MQ=255) cAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAg > 3:147223/1‑92 (MQ=255) ggttggttCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAgc > 2:380309/1‑80 (MQ=255) ggttggttCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAgc < 1:380309/80‑1 (MQ=255) tggttCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTg < 2:250978/149‑1 (MQ=255) ggttGGCATGAACACCGCGGGTTATGCCGAGCTGGATTGCGTTTCCTACTTCAGCTTCCTGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCGTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTg < 7:360407/148‑1 (MQ=255) gttCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAAt < 7:392231/139‑1 (MQ=255) gttCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAAt > 8:392231/1‑139 (MQ=255) acCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGAGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCCGTATCGTgcg > 8:187020/1‑149 (MQ=255) cccGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTgcgcg > 1:172495/1‑149 (MQ=255) ttATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTggc < 6:173486/149‑1 (MQ=255) ccGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTggcaggc < 8:380993/148‑1 (MQ=255) cGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCt > 8:56493/1‑86 (MQ=255) cTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGcc > 7:225980/1‑147 (MQ=255) cTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGTCaa < 6:192436/149‑1 (MQ=255) gCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGGGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAgg > 5:38821/1‑149 (MQ=255) gCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGGGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAgg > 5:32689/1‑149 (MQ=255) cATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGGGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGt < 6:38821/149‑1 (MQ=255) cATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGGGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGt < 6:32689/149‑1 (MQ=255) tttCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAg > 1:190966/1‑149 (MQ=255) tttCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAg > 1:393344/1‑149 (MQ=255) cTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGc > 4:353837/1‑149 (MQ=255) aGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATc > 1:309027/1‑136 (MQ=255) aGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGCTGa < 2:172495/148‑1 (MQ=255) gCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCg < 2:352812/105‑1 (MQ=255) gCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCg > 1:352812/1‑105 (MQ=255) cAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGCTGATCGTTgg < 5:120929/149‑1 (MQ=255) gcgcGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGCTGATCGTTGGCa < 3:353837/149‑1 (MQ=255) gAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGCTGATCGTTGGCAGCGAGGTGCAAt > 3:126637/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGCTGATCGTTGGCAGCGAGGTGCAAt > 5:222971/1‑149 (MQ=255) | CGAAACCCGTGACGGCCTGCGCGGCTGGGCCTACCGCGACCTGAGCCAGGCCGGTCCGCTTTGGCTGCAGGGTTGGTTCGCATGAACACCCCGGGTTATGCCGAGCTGCATTGCCTTTCCAACTTCAGCTTCCAGCGCGGTGCGTCGAGCGCCGACGAGCTGTTCCGGCGTGCGCGCGAGCAGGGCTACCAGGCCTTGGCAATCACTGACGAATGCACGCTGGCCGGTATCGTGCGCGCCTGGCAGGCAGCCAAGGTGCATCAGTTGCGGCTGATCGTTGGCAGCGAGGTGCAAT > NC_002947/3528124‑3528418 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |