Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,551,209 | G→C | 8.7% | E121Q (GAG→CAG) | PP_3135 → | glycosyl transferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,551,209 | 0 | G | C | 8.7% | 175.2 / 4.7 | 55 | E121Q (GAG→CAG) | PP_3135 | glycosyl transferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (23/27); new base C (2/3); total (25/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 |
CGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGA > NC_002947/3551062‑3551354 | cGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGa < 6:150443/149‑1 (MQ=255) gggCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAg < 6:322091/149‑1 (MQ=255) caacaaCCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTc > 2:395949/1‑149 (MQ=255) ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTgg < 4:36394/137‑1 (MQ=255) ccAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTgg > 3:36394/1‑137 (MQ=255) cAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATgg > 6:79635/1‑149 (MQ=255) aGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGc < 5:300736/149‑1 (MQ=255) cgcACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGCA‑GGTCGCCATCGCGAccctccag < 2:244723/149‑7 (MQ=255) gcACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGCA‑GGTCGCCATCGCGAccctccagg < 8:52781/149‑8 (MQ=255) tCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGt > 5:52280/1‑149 (MQ=255) aGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGt < 4:342765/149‑1 (MQ=255) ggCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCg < 8:10672/149‑1 (MQ=255) ggCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCg > 7:142669/1‑149 (MQ=255) gctCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACAcca > 2:290330/1‑147 (MQ=255) ctCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGc < 4:341824/148‑1 (MQ=255) tCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCg < 4:242147/130‑1 (MQ=255) tCAATACAGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCg > 3:242147/1‑130 (MQ=255) aTACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAAt < 1:301358/149‑1 (MQ=255) cGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATgtgt > 3:234868/1‑149 (MQ=255) cGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATgtgt > 7:92739/1‑149 (MQ=255) cGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCACTCAATgtgt < 1:290330/149‑1 (MQ=255) cTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTtcgtcg > 5:5486/1‑149 (MQ=255) ttCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCgg > 6:346666/1‑149 (MQ=255) ttCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCgg > 8:332863/1‑149 (MQ=255) cGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCggg < 8:142669/148‑1 (MQ=255) cGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCgg < 4:234868/147‑1 (MQ=255) gTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGc < 1:163268/148‑1 (MQ=255) ccgccgACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTAcc > 3:402643/1‑149 (MQ=255) gACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGtt < 6:52280/149‑1 (MQ=255) aCTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTg < 7:332863/149‑1 (MQ=255) cTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTgg > 3:312267/1‑149 (MQ=255) gCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGa < 2:26511/66‑1 (MQ=255) gCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGa > 1:26511/1‑66 (MQ=255) cAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTccc < 2:95961/104‑1 (MQ=255) cAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCgg < 5:346666/147‑1 (MQ=255) cAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGt < 8:92739/148‑1 (MQ=255) cAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTAGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTccc > 1:95961/1‑104 (MQ=255) aaaaaaCGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGGACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACAGGGTTGGGGCGGttc > 4:104431/1‑149 (MQ=255) aaCGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTcc > 3:130038/1‑149 (MQ=255) gACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAgggg < 3:391879/148‑1 (MQ=255) cTACAAGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGCACGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCAACACCGCTCAATGTCTTAGTCGGCCGTACCGGGATGGGGAGGTTCTTCCCAgcgctc > 2:114548/1‑143 (MQ=255) cATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTg > 1:393682/1‑145 (MQ=255) aCGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTc < 1:395949/149‑1 (MQ=255) gCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAAt < 8:66955/93‑1 (MQ=255) gCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAAt > 7:66955/1‑93 (MQ=255) gCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTACCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTcg > 4:341541/1‑148 (MQ=255) ccACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTcgac > 1:116224/1‑148 (MQ=255) aCCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAg < 5:62025/137‑1 (MQ=255) aCCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAg > 6:62025/1‑137 (MQ=255) aCCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGCAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCgg > 2:220002/1‑109 (MQ=255) aCCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGCAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCgg < 1:220002/109‑1 (MQ=255) cccGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACa < 2:393682/149‑1 (MQ=255) ccGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCa < 7:377519/58‑1 (MQ=255) ccGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCa > 8:377519/1‑58 (MQ=255) gTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCa < 6:5486/149‑1 (MQ=255) gcgcCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTgc < 4:312267/149‑1 (MQ=255) cTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGa < 3:68012/149‑1 (MQ=255) | CGGGCCAACAACCAGTTGTTGGCGCACCTCAAGGGCAAGTATGCCTTGCTGCTCAATACCGATGCCTTCGTTGCCGCCGACTCGCTGCAAAAAACGCTCGACTACATGGACGCCCACCCGGAGTGCGGCGTACTGGGGGTGCGCCTGGAGGGTCGCGATGGCGACCTGCAGCCCAGTTGTCGCTACTTCCCCACACCGCTCAATGTGTTCGTCGGGCGTACCGGGTTGGGGCGGTTCTTCCCAGGGGTGAAGATGGTCGACGACATGAACTGGGACCACGCCTCGGTGCGCGA > NC_002947/3551062‑3551354 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |