Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,586,375 | T→C | 7.2% | V190A (GTG→GCG) | benK → | benzoate MFS transporter |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,586,375 | 0 | T | C | 7.2% | 153.6 / 2.2 | 55 | V190A (GTG→GCG) | benK | benzoate MFS transporter |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/24); new base C (2/2); total (29/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGCCTGCGCAGCACGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAGGCGGCCGACCGCAAAGGCAGCGGC > NC_002947/3586227‑3586523 | cgcCTGCGCAGCACGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGt < 7:358364/149‑1 (MQ=255) tGCGCAGCACGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGAt > 2:178719/1‑148 (MQ=255) cgcAGCACGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGGGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATtct < 8:318351/149‑1 (MQ=255) gcagcaCGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATtctc < 5:319557/149‑1 (MQ=255) agcaCGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTcta > 5:229457/1‑149 (MQ=255) caCGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTctact < 7:217796/149‑1 (MQ=255) caCGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTCTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCTATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTctac > 6:227149/1‑148 (MQ=255) cGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCtactac < 4:136867/149‑1 (MQ=255) gtggCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTAcctgc < 3:209835/148‑1 (MQ=255) tggCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTAcctgcct > 3:113524/1‑149 (MQ=255) gATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAAGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCTGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAAt > 1:285116/1‑149 (MQ=255) tGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATc < 6:281601/149‑1 (MQ=255) cAGTGGTTTTTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTGATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCTCAGCGGTGCCACTTCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGc < 7:132409/148‑1 (MQ=255) gTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTc < 6:229457/149‑1 (MQ=255) tGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTctac < 4:360152/124‑1 (MQ=255) tGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTctac > 3:360152/1‑124 (MQ=255) gTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTg > 3:377563/1‑149 (MQ=255) gTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGCGATtctc < 8:226053/119‑1 (MQ=255) gTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGCGATtctc > 7:226053/1‑119 (MQ=255) aTTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGCGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTa > 4:226651/1‑149 (MQ=255) gCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGc > 8:271426/1‑148 (MQ=255) gcggcATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGc > 6:139705/1‑149 (MQ=255) cggcATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGt < 6:97909/138‑1 (MQ=255) cggcATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGt > 5:97909/1‑138 (MQ=255) gCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTAcctgc > 5:202972/1‑110 (MQ=255) gCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTAcctgc < 6:202972/110‑1 (MQ=255) tCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGCGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAg < 3:226651/147‑1 (MQ=255) ggCATCTTCACGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACAtt > 3:305957/1‑149 (MQ=255) aTGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAAc < 7:271426/148‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCAGTGATTCTCTACTACCTGCCTGa < 4:63054/89‑1 (MQ=255) aTGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCAGTGATTCTCTACTACCTGCCTGa > 3:63054/1‑89 (MQ=255) ccGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGa < 1:20570/119‑1 (MQ=255) ccGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGa > 2:20570/1‑119 (MQ=255) ccGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTg < 3:297773/147‑1 (MQ=255) gCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTg < 4:377563/148‑1 (MQ=255) gCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGc > 4:226755/1‑149 (MQ=255) ggAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGa < 5:139705/147‑1 (MQ=255) ggAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATg > 6:117299/1‑149 (MQ=255) gATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCt < 4:3337/126‑1 (MQ=255) gATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCt > 3:3337/1‑126 (MQ=255) gATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAgg > 5:279914/1‑149 (MQ=255) gATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAgg < 4:305957/149‑1 (MQ=255) gATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAgg > 1:9351/1‑149 (MQ=255) aTGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGc > 6:309167/1‑149 (MQ=255) ttcGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCgatga > 4:372569/1‑149 (MQ=255) tcGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCgatgat > 1:270218/1‑149 (MQ=255) cgccgcAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCg < 5:162221/143‑1 (MQ=255) cgccgcAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCg > 6:162221/1‑143 (MQ=255) ccgcAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGAtgtg > 1:21356/1‑149 (MQ=255) cgcAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGc < 3:226755/149‑1 (MQ=255) tGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCTGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAggcg < 2:285116/149‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAg < 6:312330/142‑1 (MQ=255) aCTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAg > 5:312330/1‑142 (MQ=255) aCTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAGGCGGcc > 2:96229/1‑148 (MQ=255) ttACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGACCCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAGGCGGCCGACCGCaaa < 1:96229/148‑1 (MQ=255) ttACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTAGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAGGCGGCCGACCGCAAAgg > 6:346198/1‑149 (MQ=255) tGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTCCTTCAGGCGGCCGACCGCAAAGGCAgcggc < 1:36039/149‑1 (MQ=255) | CGCCTGCGCAGCACGCTGGTGGCGATCATGTTCAGTGGTTATTCGCTGGGCGGCATGCTGTCGGCAGGTGTCGGCATCTTCATGCTGCCGCGTTTTGGCTGGGAGTCGATGTTCTTCGCCGCAGCGGTGCCACTGCTGCTGTTACCGGTGATTCTCTACTACCTGCCTGAATCCATCGGCTTCCTGGTACGCCAAGGCCGTATCGAGGAAGCACGCACATTGCTCAAACGGCTGGA‑CCCGGACTGCGATGTCCAGGCCGATGATGTGCTTCAGGCGGCCGACCGCAAAGGCAGCGGC > NC_002947/3586227‑3586523 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |