Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,608,819 | C→T | 8.1% | A100T (GCC→ACC) | PP_3182 ← | GGDEF domain‑containing protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,608,819 | 0 | C | T | 8.1% | 138.9 / 2.5 | 49 | A100T (GCC→ACC) | PP_3182 | GGDEF domain‑containing protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (22/23); new base T (2/2); total (24/25) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.45e-01 |
GAATTGGTCAACGGCAGCAGGAAGGGCAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACC > NC_002947/3608671‑3608958 | gAATTGGTCAACGGCAGCAGGAAGGGCAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTcggc > 7:350685/1‑149 (MQ=255) aaTTGGTCAACGGCAGCAGGAAGGGCAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTcggcg < 5:34138/149‑1 (MQ=255) gcagcaGGAAGGGCAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGTGGCCTCATCGGTa > 8:356501/1‑149 (MQ=255) gcagcaGGAAGGGCAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGTGGCCTCATCGGTa > 2:353138/1‑149 (MQ=255) gAAGGGCAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTAtggctgg > 5:246034/1‑149 (MQ=255) cAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCCGGCTGc > 5:148169/1‑147 (MQ=255) gcagggcagCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCCGGCTGCTAGCGGCCAGccatac < 6:148169/149‑5 (MQ=255) cagggcagCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTgtc > 2:397371/1‑149 (MQ=255) agCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTgtcggtcg > 1:124628/1‑148 (MQ=255) cGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTAc < 6:205924/149‑1 (MQ=255) ggTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTa > 8:226313/1‑147 (MQ=255) gTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAg > 2:294754/1‑149 (MQ=255) gTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAg > 2:83121/1‑149 (MQ=255) ggCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTgtc < 4:259350/135‑1 (MQ=255) ggCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTgtc > 3:259350/1‑135 (MQ=255) cTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTcggcg < 3:149371/93‑1 (MQ=255) cTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTcggcg > 4:149371/1‑93 (MQ=255) tGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAg > 4:205872/1‑149 (MQ=255) aCAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAg < 8:350685/147‑1 (MQ=255) ggTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCtt < 6:246034/149‑1 (MQ=255) ggTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCtt < 7:226313/149‑1 (MQ=255) tttAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTg > 8:271839/1‑148 (MQ=255) aTGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAaca > 3:262886/1‑148 (MQ=255) tGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCtt < 2:369062/142‑1 (MQ=255) tGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCtt > 1:369062/1‑142 (MQ=255) tGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAAcaca < 2:124628/149‑1 (MQ=255) cTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAg < 8:199776/148‑1 (MQ=255) aGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGACTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTctgc > 4:231392/1‑149 (MQ=255) aGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCtgctgc > 6:299242/1‑147 (MQ=255) aGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCa < 1:397371/149‑1 (MQ=255) gTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAgg < 2:286291/149‑1 (MQ=255) atggctaCCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAgg < 4:272000/142‑1 (MQ=255) aaaCCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGTCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAg < 3:231392/149‑1 (MQ=255) aaaCCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAg < 5:206979/149‑1 (MQ=255) aaCCGTAGCGATCAATGGGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAgg < 3:263677/149‑1 (MQ=255) aCCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTa < 4:20720/105‑1 (MQ=255) aTCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGTGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGgc < 1:353138/149‑1 (MQ=255) aTCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGgc > 7:207398/1‑149 (MQ=255) aTCAATGTGCAGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGTGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCGAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGgc < 7:356501/149‑1 (MQ=255) aaTGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGa > 2:199205/1‑110 (MQ=255) aaTGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTCGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGa < 1:199205/110‑1 (MQ=255) cGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCtt > 3:243148/1‑148 (MQ=255) gCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCttt > 4:295131/1‑148 (MQ=255) gcgcAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTcc < 7:271839/148‑1 (MQ=255) gcAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATgtcgt < 6:122245/144‑1 (MQ=255) gcAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATgtcgt > 5:122245/1‑144 (MQ=255) gcAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTgg < 3:295131/149‑1 (MQ=255) aCCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTc < 1:83121/149‑1 (MQ=255) aCCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTc < 1:294754/149‑1 (MQ=255) cAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTca > 8:160710/1‑148 (MQ=255) ccGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGAccc > 6:27915/1‑149 (MQ=255) ccGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGAccc < 8:207398/149‑1 (MQ=255) gCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCAcc > 5:171748/1‑149 (MQ=255) | GAATTGGTCAACGGCAGCAGGAAGGGCAGGCGCCAAGTGGGCAGGGCAGCGGTTTGGCTGACAGGTTTAATGCTTGGCAGGAAAGGTTTGAAACCGTAGCGATCAATGTGCCGCTGCAGTTGGCGCAACCAGTCTGCCGGCAACTCGGCGGCCTCATCGGTATGGCTGGCCGCTAGCAGCCGGCCTTGTCGGTCGTACAGGCTCAAGCGCTTGAACACAGGGTCTGCTGCCAGGCTGAGGTTGCCTTGGCGCCGCGCTTTCATGTCGTCCTGGGTCACACGACCCACC > NC_002947/3608671‑3608958 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |