Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 3,723,683 | G→T | 9.4% | intergenic (+13/+17) | PP_3288 → / ← PP_3289 | universal stress protein family protein/acetyltransferase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 3,723,683 | 0 | G | T | 9.4% | 188.2 / 9.4 | 65 | intergenic (+13/+17) | PP_3288/PP_3289 | universal stress protein family protein/acetyltransferase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (31/26); new base T (3/3); total (35/30) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.07e-01 |
ACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCA > NC_002947/3723547‑3723828 | aCTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGt > 5:278057/1‑149 (MQ=255) cTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGt < 4:301286/148‑1 (MQ=255) gTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCttt < 8:24632/149‑1 (MQ=255) gTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCttt > 5:165608/1‑149 (MQ=255) tCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGtgcttc < 6:278057/149‑6 (MQ=255) tCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCtttt > 5:110070/1‑149 (MQ=255) ggCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAg < 1:154470/148‑1 (MQ=255) caccGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAg > 2:259105/1‑149 (MQ=255) cGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTc < 7:134886/149‑1 (MQ=255) 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gCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAg > 5:7700/1‑133 (MQ=255) gCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAg < 6:7700/133‑1 (MQ=255) tGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑g < 2:122987/111‑1 (MQ=255) tGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑g > 1:122987/1‑111 (MQ=255) tGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGt < 8:58409/122‑1 (MQ=255) tGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGt > 7:58409/1‑122 (MQ=255) ccGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGtt < 2:220428/117‑1 (MQ=255) ccGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGtt > 1:220428/1‑117 (MQ=255) gAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCgg‑gg > 3:134323/1‑147 (MQ=255) cgcgTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCg > 3:356324/1‑149 (MQ=255) gcgTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCgg > 3:372959/1‑149 (MQ=255) tATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGt > 8:219490/1‑110 (MQ=255) tATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGt < 7:219490/110‑1 (MQ=255) aTGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATATCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGt > 8:350055/1‑149 (MQ=255) cATCGGTTGTCCAGCAGTGTTCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAACGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGa < 7:285625/148‑1 (MQ=255) aTCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAg > 8:299779/1‑149 (MQ=255) gTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCACAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCa < 7:99914/89‑1 (MQ=255) gTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCACAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCa > 8:99914/1‑89 (MQ=255) cagcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCg < 5:396499/94‑1 (MQ=255) cagcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCg > 6:396499/1‑94 (MQ=255) cagcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGcc < 1:259105/148‑1 (MQ=255) agcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt < 7:299779/149‑1 (MQ=255) tGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAAtctc > 2:91352/1‑94 (MQ=255) tGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGaa < 2:133547/127‑1 (MQ=255) gTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGTGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt < 1:25195/138‑1 (MQ=255) gTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt > 2:25195/1‑137 (MQ=255) aTTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCAt > 8:133724/1‑149 (MQ=255) tttCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCAt < 1:147525/148‑1 (MQ=255) ttCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATcg > 2:332120/1‑149 (MQ=255) cAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTa < 7:133724/148‑1 (MQ=255) gcTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTTACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTg < 1:332120/149‑1 (MQ=255) tCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 6:6514/1‑149 (MQ=255) tCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 6:100283/1‑149 (MQ=255) tCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 3:129347/1‑149 (MQ=255) cccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 3:178553/1‑148 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTg > 2:256424/1‑118 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTg < 1:256424/118‑1 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGcc < 4:372959/148‑1 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 8:153281/1‑147 (MQ=255) aGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGt < 6:110070/149‑1 (MQ=255) tGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCt > 1:275817/1‑149 (MQ=255) aaagacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTgg > 7:364417/5‑149 (MQ=255) aaGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg > 7:14488/1‑148 (MQ=255) gCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCTTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg < 3:250812/146‑1 (MQ=255) gCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg > 4:250812/1‑146 (MQ=255) gacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGt > 1:168467/2‑140 (MQ=255) gacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGt < 2:168467/139‑1 (MQ=255) acaAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGAc < 6:334273/107‑1 (MQ=255) acaAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGAc > 5:334273/1‑107 (MQ=255) aaGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCa > 4:322658/1‑149 (MQ=255) ccGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCa > 1:257078/1‑149 (MQ=255) | ACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCA > NC_002947/3723547‑3723828 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |