| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,723,686 | A→C | 9.2% | intergenic (+16/+14) | PP_3288 → / ← PP_3289 | universal stress protein family protein/acetyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,723,686 | 0 | A | C | 9.2% | 190.1 / 10.8 | 65 | intergenic (+16/+14) | PP_3288/PP_3289 | universal stress protein family protein/acetyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (32/27); new base C (3/3); total (35/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
ACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCACTGAAA > NC_002947/3723547‑3723834 | aCTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGt > 5:278057/1‑149 (MQ=255) cTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGt < 4:301286/148‑1 (MQ=255) gTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCttt > 5:165608/1‑149 (MQ=255) gTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCttt < 8:24632/149‑1 (MQ=255) tCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCTTGCGGGCCTTGtgcttc < 6:278057/149‑6 (MQ=255) tCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCtttt > 5:110070/1‑149 (MQ=255) ggCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAg < 1:154470/148‑1 (MQ=255) caccGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAg > 2:259105/1‑149 (MQ=255) cGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTc < 7:134886/149‑1 (MQ=255) 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5:396499/94‑1 (MQ=255) cagcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCg > 6:396499/1‑94 (MQ=255) cagcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGcc < 1:259105/148‑1 (MQ=255) agcagTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt < 7:299779/149‑1 (MQ=255) tGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAAtctc > 2:91352/1‑94 (MQ=255) tGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGaa < 2:133547/127‑1 (MQ=255) gTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGGTGGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCtt < 1:25195/138‑1 (MQ=255) 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gcTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTTACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTg < 1:332120/149‑1 (MQ=255) tCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 6:100283/1‑149 (MQ=255) tCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 6:6514/1‑149 (MQ=255) tCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 3:129347/1‑149 (MQ=255) cccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 3:178553/1‑148 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTg < 1:256424/118‑1 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTg > 2:256424/1‑118 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGcc < 4:372959/148‑1 (MQ=255) ccAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGc > 8:153281/1‑147 (MQ=255) aGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGt < 6:110070/149‑1 (MQ=255) tGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCt > 1:275817/1‑149 (MQ=255) aaagacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTgg > 7:364417/5‑149 (MQ=255) aaGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg > 7:14488/1‑148 (MQ=255) gCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCTTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg < 3:250812/146‑1 (MQ=255) gCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg > 4:250812/1‑146 (MQ=255) gacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGt < 2:168467/139‑1 (MQ=255) gacaAGGCCCTTGCGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGt > 1:168467/2‑140 (MQ=255) acaAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGAc > 5:334273/1‑107 (MQ=255) acaAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGAc < 6:334273/107‑1 (MQ=255) aaGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCa > 4:322658/1‑149 (MQ=255) ccGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCAGGGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCa > 1:257078/1‑149 (MQ=255) aaGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg < 5:254457/133‑1 (MQ=255) aaGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTg > 6:254457/1‑133 (MQ=255) aGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCACTGaaa < 7:350055/149‑1 (MQ=255) | ACTGGTCATGGGCAGTTATCACCACCGTGGCATCGGCTGGTTCATCGGCAGTACTGCCGAGCGCGTTATGCATCGGTTGTCCAGCAGTGTGCTGGTGATTTCTCCAGAGCGCTCCCAAGGCTGAAGCACAAGGCCCGCAAGGGCCTTGTCTTTTCAAGGCCGCA‑GGTCAAGTTCGTGCAGAATCTCGCTCACATCGCCGCCGG‑GGTAGCGGGAGGTGAAGCCCAGTGCCTTGACCAGCCGGTGCATCGCGTAGTTGCTGGCCAGGTCCCTGGAGACCATGCACTGAAA > NC_002947/3723547‑3723834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |