| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,779,680 | C→T | 6.5% | A44V (GCC→GTC) | nikA → | nickel ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,779,680 | 0 | C | T | 6.5% | 183.2 / 2.3 | 61 | A44V (GCC→GTC) | nikA | nickel ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (26/31); new base T (2/2); total (28/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.91e-01 | |||||||||||
TGGGGGACGCAGTGTGAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGTTTCGGACGACGGC > NC_002947/3779537‑3779819 | tGGGGGACGCAGTGTGAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGc < 7:340306/149‑1 (MQ=255)tGGGGGACGCAGTGTGAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGc < 7:345925/149‑1 (MQ=255)tGGGGGACGCAGTGTGAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGc < 2:409349/149‑1 (MQ=255) ggggACGCAGTGTGAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCg > 2:265808/1‑149 (MQ=255) cGCAGTGTGAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGa > 6:315062/1‑149 (MQ=255) tgtgAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCgg < 8:82743/135‑1 (MQ=255) tgtgAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCgg > 7:82743/1‑135 (MQ=255) gAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTg > 3:52334/1‑149 (MQ=255) aaGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTgg < 5:315062/149‑1 (MQ=255) aaGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTgg > 4:85382/1‑149 (MQ=255) agcagcagcCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGc < 3:153540/149‑1 (MQ=255) agcagcagcCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGc < 3:147606/149‑1 (MQ=255) gcagcagcCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGGCCCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGc < 1:106395/149‑1 (MQ=255) gTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAAc > 7:391501/1‑149 (MQ=255) aaCGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGTCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAAc > 8:65425/1‑146 (MQ=255) cGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGAt > 2:28626/1‑149 (MQ=255) cGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGAt > 7:3919/1‑149 (MQ=255) cGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTCAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGAt < 1:28626/149‑1 (MQ=255) aaaGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATg > 8:116159/1‑148 (MQ=255) gcccgcccTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACg < 1:186961/149‑1 (MQ=255) ccgcccTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGcc > 6:403737/1‑149 (MQ=255) gcccTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCa > 8:143553/1‑149 (MQ=255) gggCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATgg < 7:143553/149‑1 (MQ=255) 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4:52334/147‑1 (MQ=255) cttcttcttGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTAt < 3:85382/147‑1 (MQ=255) cttcttGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAAc < 5:403737/148‑1 (MQ=255) atgttgcgtgcgCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTg < 1:249377/145‑1 (MQ=255) ctgcGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTg < 6:316036/149‑1 (MQ=255) gcgtgcgCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCCGGGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTgc > 1:122402/1‑149 (MQ=255) 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ctgcGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATAccgcc > 6:329862/1‑149 (MQ=255) gcgcCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGGGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACcgccgc > 7:135765/1‑149 (MQ=255) gcCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGACCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCgg < 7:324214/149‑1 (MQ=255) ccAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCAATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACg > 8:382546/1‑149 (MQ=255) ccgcgcc‑gcCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTgg < 5:422459/149‑1 (MQ=255) cgcgcc‑gcCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCGCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGa < 8:391501/149‑1 (MQ=255) cgcgcc‑gcCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGa < 7:276329/149‑1 (MQ=255) cgcgcc‑gcCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGa < 8:3919/149‑1 (MQ=255) aGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCAtggctg < 2:122402/149‑1 (MQ=255) ggg‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGGGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGa < 8:135765/149‑1 (MQ=255) ggTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCt < 1:171901/143‑1 (MQ=255) ggTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCt > 2:171901/1‑143 (MQ=255) gtACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGttt > 6:375110/1‑149 (MQ=255) cTCCTGGCC‑TGTGAATGTCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGTTTCg < 7:65425/148‑1 (MQ=255) cTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGTTTCg < 7:116159/148‑1 (MQ=255) tCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTg > 4:440/1‑137 (MQ=255) tCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTg < 3:440/137‑1 (MQ=255) tCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGTTTCGga > 4:259181/1‑149 (MQ=255) cTGGCC‑TGGGAATGCCGGGCCGCTGGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGCTGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGTTTCGgac < 4:317356/148‑1 (MQ=255) ggCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCAtggctg > 4:182089/1‑122 (MQ=255) ggCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCAtggctg < 3:182089/122‑1 (MQ=255) tgtgAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGTTTCGGACGACGGc > 8:92701/1‑148 (MQ=255) | TGGGGGACGCAGTGTGAAGCAGCAGCCTGGTAAACGAAAGCCCGCCCTGTGGGGCCTCCTTCTTCTTGCTGCGTGCGCTGCTGCGCCGGCCAGCCGCGCC‑GCCGAGCAAGGG‑CCGCAGCTGGTGTACTCCTGGCC‑TGTGAATGCCGGGCCGCTCGACCCGCGTGGCTATTCCCCCAACCAGATGTACGCCCAGGCCATGGTCTATGAACCCCTGGTGCGCTATACCGCCGCGGGTACGCTGGAGCCATGGCTGGCTGAGGCCTGGCAGGTTTCGGACGACGGC > NC_002947/3779537‑3779819 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |