Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,282,361 | T→G | 10.2% | E290A (GAG→GCG) | PP_3753 ← | AraC family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,282,361 | 0 | T | G | 10.2% | 131.8 / 4.9 | 48 | E290A (GAG→GCG) | PP_3753 | AraC family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (19/24); new base G (3/2); total (22/26) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.49e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
GGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAATG > NC_002947/4282213‑4282505 | ggTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCt > 7:99722/1‑149 (MQ=255) gAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCg > 1:151382/1‑147 (MQ=255) gAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGaa < 1:148473/149‑1 (MQ=255) gAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGA‑GCGGCTGcgcg > 7:217083/1‑147 (MQ=255) cGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGA‑GCGGCTGCGCGAAGGc < 8:217083/149‑1 (MQ=255) cAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGA‑GCGGCTGCGCGAAGGcgc < 7:134392/149‑3 (MQ=255) aGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCAt < 2:151382/149‑1 (MQ=255) cGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGcc > 2:2484/1‑149 (MQ=255) gACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCAt < 8:68185/144‑1 (MQ=255) gACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCAt > 7:68185/1‑144 (MQ=255) ggTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATcc < 8:268709/149‑1 (MQ=255) ggTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATcc > 7:369124/1‑149 (MQ=255) gTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCt < 2:79578/149‑1 (MQ=255) ccTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATTCTCAAAGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGAGCAATTCATCCTTCATct > 4:260547/1‑148 (MQ=255) gCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGt < 8:369124/149‑1 (MQ=255) cccTGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCTGTTCCTTAAACCCCGCCTGCTCGGCATTTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACg < 2:341571/146‑1 (MQ=255) cGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGc < 6:161991/149‑1 (MQ=255) ccACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATc < 2:16165/123‑1 (MQ=255) ccACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATc > 1:16165/1‑123 (MQ=255) ccACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGcc > 6:259772/1‑146 (MQ=255) ccACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGcc < 5:259772/146‑1 (MQ=255) cACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTc < 8:99722/149‑1 (MQ=255) aCTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTcc < 1:14982/149‑1 (MQ=255) cccGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGc > 7:24689/1‑149 (MQ=255) aGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAg > 5:84073/1‑149 (MQ=255) aGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAg < 4:214145/149‑1 (MQ=255) cTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACt > 2:71957/1‑149 (MQ=255) ttCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCAc < 8:24689/149‑1 (MQ=255) cTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGAt > 1:44984/1‑93 (MQ=255) cTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGAt < 2:44984/93‑1 (MQ=255) tGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCg > 4:372417/1‑131 (MQ=255) tGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCg < 3:372417/131‑1 (MQ=255) tGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCAc < 5:137144/145‑1 (MQ=255) tGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCAc > 6:137144/1‑145 (MQ=255) tGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGAt > 7:6080/1‑149 (MQ=255) gAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGCGGCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGAt > 1:96076/1‑149 (MQ=255) aaCCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATccc < 3:327149/149‑1 (MQ=255) aCCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTg > 5:126135/1‑143 (MQ=255) aCCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTg < 6:126135/143‑1 (MQ=255) ccTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtgc < 1:2484/149‑1 (MQ=255) cTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTtgctgc < 8:34079/148‑1 (MQ=255) ggCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTgcgc > 3:168693/1‑147 (MQ=255) ggCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCa < 1:71957/149‑1 (MQ=255) ccTTCGA‑GCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTc > 7:238878/1‑148 (MQ=255) cTTCGA‑GCGGCTGCGCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATGCTTGATCTGCTGGTACCAACGCCCCTCCCGCTCCAACTTCCGGCGAAAGGTACAGGCACTGATCCCCTGTTGCTGAGCCAGTGCCGCCAATGTCCGCCACTGTcc > 4:373247/1‑148 (MQ=255) cgc‑gCAGCCGCTCGCAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGTTACTGGCACTGATCCGCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATa < 3:260547/148‑1 (MQ=255) gcAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCGAACTGGCGGCGAAAGGTACTGGCACTGAt < 5:339706/100‑1 (MQ=255) gcAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAgcg > 4:211008/1‑148 (MQ=255) gcAGCCGCTCGAAGGCCATCGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTCCCGGCGAAAGGTACTCGCACTGAt > 6:339706/1‑100 (MQ=255) ccGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAATg > 6:263713/1‑149 (MQ=255) tCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTc < 6:25766/133‑1 (MQ=255) tCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGCTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTc > 5:25766/1‑133 (MQ=255) | GGTAGAACGCAGGCCGACCAGCCGCGCCCGGTAGCTCCCTGGGCTCTGCCCGGTCCACTTCTTGAACGCCCGGTGGAAGGCACTCGGTTCCTGAAACCCCGCCTGCTCGGCAATTTCGGCAATGCTCAACGCGCCTTCGC‑GCAGCCGCTCGAAGGCCATGGCCCGGCGCACTTCATCCTTGATCTGCTGGTACGAACGCCCCTCCCGCTCCAACTGCCGGCGAAAGGTACTGGCACTGATCCCCTGTTGCTGCGCCAGTGCGGCCAATGTCGGCCACTGTCCATAGCGCAATG > NC_002947/4282213‑4282505 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |