Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 91.7% | 69.9 / 0.9 | 24 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (5/17); total (7/17) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.61e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 |
TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126498‑1126784 | tGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTTACCCCGAAAGCGGAGGGTTAGCCCCCAACGCAATAGCGGGG‑aaa > 8:9619/1‑148 (MQ=255) ggAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑c < 2:66266/148‑1 (MQ=255) cgatCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTAcaca < 6:52948/147‑1 (MQ=255) aaCAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGc < 3:112681/143‑1 (MQ=255) tCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCaa < 8:141210/148‑1 (MQ=255) gTGACATGTGGACCTCCTGCGAGGTTGTTGGGTGGAAATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGTGGTATAGCCTCCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg < 4:151316/147‑1 (MQ=38) gTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGGGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCg < 6:188298/146‑1 (MQ=255) gTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTGGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCgg < 8:188442/147‑1 (MQ=255) aCATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTAGCGGGTAAAA‑CCCCTCCTACACAGAGCCCCCCCCCCAAGCCACGTGGCGGGGAg > 2:19439/1‑148 (MQ=255) aCCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCa < 8:38854/148‑1 (MQ=255) ctcctGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTAACACCCAATGCGGAGGGATAAGCAACCTCGCAATAGCCGGTAAAA‑CCCCAACAACACAAAGCCCCCCCCCCAAACCCAGTGGCGGGGAGGGCTATCacg > 6:135852/1‑146 (MQ=255) tGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGt < 4:63077/147‑1 (MQ=255) ttgttgGGTGTAATTTGAGCCCGTTCTGCGGTGGTTTAACCGCGACTGCGTAGGTATCGCCACAATCGCTTTGGCGGTT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAATCCAGGTGGCGGGGAGGGATATCAGGCGTCCTGATa < 6:18750/147‑1 (MQ=255) ttgGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGACGCCTGATAGcc < 4:95177/147‑2 (MQ=38) aTTGAGCCCTGAAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAACCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGCTAGCTCTCGATCGACg > 8:150522/1‑148 (MQ=38) gCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAg < 7:9619/148‑1 (MQ=255) gggTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCCAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGGCCTGATAGCTCGCGATCGCCGGGCAGGCGCCCACCAGGt > 1:207387/1‑148 (MQ=38) ccGCTACTGCGTAGGTCTCGCCCCCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGTCTATCAGGCGTCCTTATAGCTCGCGATCGACGGGAAGGCGCACACCAGGTTGCGGTc < 5:79163/147‑1 (MQ=255) aaTGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGaa < 7:40870/148‑1 (MQ=255) tcccccccaTCGCATGCGCGGTA‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAc < 2:194108/142‑1 (MQ=255) ccaccaTCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCg > 8:7921/1‑148 (MQ=255) aTCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGAt > 7:168942/1‑82 (MQ=255) tCGCATTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATa < 8:168942/82‑1 (MQ=255) aTTCGCGGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggc < 1:119406/148‑1 (MQ=255) cgcgGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACcggcgg > 4:45705/1‑147 (MQ=255) cgGGT‑AAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCGAGGGGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCa < 5:107974/148‑1 (MQ=255) | TGGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATTCGCGGGT‑AAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126498‑1126784 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |