Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 1,580,997 | T→C | K134E (AAG→GAG) | ttgB ← | efflux pump membrane protein TtgB |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 1,580,997 | 0 | T | C | 97.4% | 128.7 / NA | 39 | K134E (AAG→GAG) | ttgB | efflux pump membrane protein TtgB |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (20/18); minor base A (0/1); total (20/19) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.87e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTG > NC_002947/1580861‑1581139 | ccGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTgg < 2:204963/148‑1 (MQ=255) cGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGt < 2:48591/148‑1 (MQ=255) aaCACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGa > 2:136477/1‑148 (MQ=255) aaGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATa < 7:110524/147‑1 (MQ=255) aaGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATAc < 3:151815/148‑1 (MQ=255) aCCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgc > 2:190375/1‑148 (MQ=255) cTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctg > 4:155106/1‑148 (MQ=255) cTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTtgctg > 1:94786/1‑148 (MQ=255) cgcgAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGATGCTGCACTTCCTGCg > 5:103826/1‑148 (MQ=255) gagaTCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGgca < 3:15367/148‑1 (MQ=255) agaTCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGgca > 8:15879/1‑147 (MQ=255) gTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTGCTGCGGCAGCAGCggg < 2:31200/148‑1 (MQ=255) gTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCggg < 7:179159/148‑1 (MQ=255) gtGCATGTTCGAGACGATTTAGTTGGCCAGGTCGTCCTTTGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACGAGGCCGATCACGAACATGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTg < 2:172442/147‑1 (MQ=255) tGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTgg > 2:101280/1‑148 (MQ=255) tGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACAAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCCCTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTgg > 7:72295/1‑148 (MQ=255) gagaCGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTc < 3:155106/147‑1 (MQ=255) gATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCa > 2:148611/1‑137 (MQ=255) gATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTACTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTg > 3:30807/1‑148 (MQ=255) atatAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAg < 1:148611/137‑1 (MQ=255) ataGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTc < 6:34163/148‑1 (MQ=255) cAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTctgtacctgt > 4:101077/1‑148 (MQ=255) tcCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTgcg > 7:180185/1‑148 (MQ=255) tgctgcCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCggg < 1:101280/148‑1 (MQ=255) ccGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGtt > 5:182063/1‑146 (MQ=255) cGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTg < 6:182063/146‑1 (MQ=255) cGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTg < 8:146805/146‑1 (MQ=255) ttCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGccc > 8:112466/1‑148 (MQ=255) agaCCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGtt > 5:139462/1‑147 (MQ=255) cAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAg < 3:101077/148‑1 (MQ=255) cAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAg > 6:95937/1‑148 (MQ=255) aGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAgg > 8:167648/1‑148 (MQ=255) ccAGCAGGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTaa < 2:94786/147‑1 (MQ=255) cagcagGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATg > 1:31385/1‑148 (MQ=255) cagcagGAAGTTCTACACTGCTTTGGTGACGCTGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCTGTGTCGTGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGAGGTAATg < 6:103826/148‑1 (MQ=255) cagGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTc < 1:136477/148‑1 (MQ=255) agGAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCa > 5:88325/1‑148 (MQ=255) gAAGTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCAtg > 2:8965/1‑148 (MQ=255) gTTCTCCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCAtgctg < 1:190375/148‑1 (MQ=255) | CCGAACACCTGGAAGTCACCTACACCCGCGGTACGCGAGATCGGGTCCTGCATGTTCGAGACGATATAGTTGGCCAGGTCGTCCTTGGTCATGCTGCCGTCTTCGGAGACCAGGCCGATCACCAGCAGGAAGTTCTTCACTGCTTTGGTGACGCGGATACCTTGCTGCTGCACTTCCTGCGGCAGCAGCGGGGTGGCCAGGTTCAGCTTGTTCTGTACCTGTACCTGCGCGGTGTCGGGGTTGGTGCCCTGTTCGAAGGTGGCGGTAATGGTCATGCTG > NC_002947/1580861‑1581139 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |