| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,419,549 | +C | intergenic (‑38/+98) | PP_1242 ← / ← PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,419,548 | 1 | . | C | 97.3% | 114.9 / ‑3.2 | 37 | intergenic (‑37/+99) | PP_1242/PP_1244 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (0/1); new base C (19/17); total (19/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.48e-01 | |||||||||||
CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTT‑TTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCAT > NC_002947/1419401‑1419688 | caggCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTT‑TTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 2:71222/147‑1 (MQ=255)agtgCAGGGGCTGCCGGGTTGGATGCGGAACAGCGGTTGAGTGTTGTT‑TTCGCGTTGGTAGAAGGAGGTCTTGCGGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTGCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGggctg‑g‑c < 8:145486/146‑1 (MQ=255) ttaTGCAGGGTTCGATGCGGATGAGGGGGTGAGTGTTTTT‑TTCGCCTTGGTTGACGCATGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTTTTGTGTTGTC‑GTTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTcgc < 7:140378/147‑1 (MQ=255) 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tt‑ttCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTg < 5:30570/148‑1 (MQ=255) ggTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACCCCCCCGCCCCCACGTACTGTGCCGGGGGTGACGGCggtggt > 7:226452/1‑149 (MQ=255) gAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGAcc < 2:298972/149‑1 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGt > 1:104086/1‑126 (MQ=255) gCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGt < 2:104086/126‑1 (MQ=255) 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cTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTTTGAGGCTCtgtg > 8:122885/1‑149 (MQ=255) gtGGGTTGCCTGGGGTG‑GCC‑TCTTCGGGGGCACGCCCGCTCCCACTGGTACTGTGCTGTGCGTGACGGCTGTGGTTACCCTGTGGGTGGGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTaaa < 4:68470/147‑1 (MQ=255) ttGCCTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTAATGTGCACTGAGTGACGGCAGTGGTGACCCTGTGGGATCGGCCGTGCCCGCCAACACGCCAGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGAGAc > 6:79586/1‑149 (MQ=37) cTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGGGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGGGGCCGCGAaga > 4:126726/1‑97 (MQ=21) cTGGGCTG‑GCC‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGAACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAaga < 3:126726/97‑1 (MQ=255) ggctg‑g‑cgTCTTCGCGGGCCCGCCCGGTCCCACAGGTACTGGGCAGTGCTTGACGGGTGTGGTTCCCCTGTGGGTGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCAt < 5:79586/147‑1 (MQ=255) | CTGGCAGGGGATGCCGGGTTCGATGCGGAACAGCGGGTGAGTGTTGTT‑TTCGCCTTGGTAGAAGCAGGTCTTGCCGACTGTGGTGGGTTCTGTTGTGTTGTC‑GGTGGGCATTGTTTTGTTTCCCTGGATT‑CTGGGTTGCCTGGGCTG‑G‑C‑TCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACTGTGCAGTGCGTGACGGCTGTGGTGACCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAGAGGCCTGACCTGCTAATGCAAGGTGTGAGGCTCTGTGGGTAAATGCGACCGCAT > NC_002947/1419401‑1419688 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |