| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,348,705 | 0 | A | G | 40.7% | 80.9 / 126.4 | 113 | intergenic (‑70/+404) | PP_3820/galU | group II intron‑encoding maturase/UTP‑glucose‑1‑phosphate uridylyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (34/33); new base G (26/20); total (60/53) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348588‑4348849 | tttCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAg > 7:237443/1‑149 (MQ=11) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTgg > 8:259879/1‑149 (MQ=32) cTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTg < 2:59699/148‑1 (MQ=32) aTTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAg > 6:270883/1‑149 (MQ=17) ttACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGAAGCACAGTGGCAAGc > 4:302679/1‑149 (MQ=18) aCGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCg < 5:127970/148‑1 (MQ=21) cGGTTACCAACGAGCCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa < 6:200249/149‑1 (MQ=21) ttACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAg < 1:75643/149‑1 (MQ=21) aCCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 6:143999/1‑144 (MQ=21) aCCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTa > 7:153368/1‑144 (MQ=34) aaCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGAtctc > 5:313370/1‑149 (MQ=34) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTc‑‑c > 5:11599/1‑149 (MQ=21) aCGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTc‑‑c > 7:32310/1‑149 (MQ=21) gagaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTc‑‑c > 8:311012/1‑147 (MQ=34) agaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAg < 8:153368/149‑1 (MQ=34) agaCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAg < 6:313370/149‑1 (MQ=34) aCGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAggg > 3:129895/1‑149 (MQ=34) ggCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGt > 5:75762/1‑148 (MQ=34) ggCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCGCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAACCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGt > 5:199356/1‑148 (MQ=17) 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tggGGCGTTTAACCGCAAGTTAGTACGGCTTC‑GGCT‑TACTTCTGCAGGCTCATCCCGTCGCCTTTCTACGCGGTGTAGCACTTTGGCAAGCTTACTAATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg < 1:99827/149‑1 (MQ=11) tggCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACg > 3:40291/1‑149 (MQ=34) ggTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAg > 4:667/1‑149 (MQ=34) gTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGc > 5:301175/1‑149 (MQ=34) aaCCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGtt > 3:64640/1‑149 (MQ=34) aaCCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGtt > 1:327918/1‑149 (MQ=34) aCCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGtt < 5:101982/148‑1 (MQ=34) ccGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTcc < 4:40291/149‑1 (MQ=34) ccGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTcc < 6:199356/149‑1 (MQ=34) cGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTc‑‑c > 7:96631/1‑90 (MQ=38) cGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTc‑‑c < 8:96631/90‑1 (MQ=38) 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c‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCtt < 6:11599/147‑1 (MQ=21) ggCT‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCg > 8:227576/1‑130 (MQ=25) ggCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTg < 3:380047/148‑1 (MQ=34) cT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCgg < 5:149187/108‑1 (MQ=35) cT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCgg > 6:149187/1‑108 (MQ=35) cT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGGCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCg < 3:124911/149‑1 (MQ=21) t‑GACTTCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTcgcgc < 4:122864/83‑1 (MQ=255) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTg < 6:41986/134‑1 (MQ=21) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTg > 5:41986/1‑134 (MQ=21) ttCTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 4:355194/1‑149 (MQ=21) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGTACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 4:271026/1‑149 (MQ=21) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTCGGCAAGGGTATTTCCGGCGACATTCATGGTTTTGCATGTCGGTTATACGTAACAGCTTACCGTGAAATTATTGGGGTTTGGCAAtt > 1:308840/1‑149 (MQ=2) ttCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 1:88686/1‑149 (MQ=34) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 3:263121/148‑1 (MQ=21) cTGCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 4:153015/148‑1 (MQ=21) cTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtgt < 8:307764/148‑1 (MQ=34) gCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg < 4:246797/145‑1 (MQ=21) gCACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTtg > 3:246797/1‑145 (MQ=21) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCTGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGc < 4:201338/147‑1 (MQ=21) cACGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCa > 7:311008/1‑149 (MQ=21) cACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGTACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCa < 3:271026/149‑1 (MQ=21) aCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGCCGCGCCGTAGCACAGTGGCAACCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAAATCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGATCCGTGCAAGAAATGGGCTTTGCCGATATGTGCCAc > 2:165188/1‑149 (MQ=11) aCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc < 3:102747/84‑1 (MQ=255) aCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGc > 4:102747/1‑84 (MQ=255) aCGCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGGACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGAGCTTCCGGCTTATGCCTGGCGGATCTACGTCACAGCGGTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGcggc > 4:51410/1‑146 (MQ=11) aCGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTAt > 6:11953/1‑126 (MQ=35) gCTCGTCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGTCCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCt > 7:78899/1‑149 (MQ=21) | TTTCTGCATTACGGTTACCAACGAGACGGCGACGCCTACTGGCGGCATAACCTGTTCGGCCCTTGGTGGCGCGGTTAACCGCCACTTACTACGGCTTC‑GGCT‑GACTTCTGCACGCTCATCCCGTCGCCTTTCGACGCGCGGTAGCACAGTGGCAAGCGTACAGATCTC‑‑CCAGGGTAATTCGCGCGACCTTCCTGCTTATGCCTGTCGGATCTACGTCACAGCGTTCCGTGCAAGTATTGGGCTTTGGCGATTTGTGCCACCT > NC_002947/4348588‑4348849 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |