| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,126,647 | +C | intergenic (‑101/+48) | tdcG‑II ← / ← gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,126,645 | 1 | . | C | 95.8% | 157.7 / 0.3 | 48 | intergenic (‑99/+50) | tdcG‑II/gcvP‑I | L‑serine dehydratase/glycine dehydrogenase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/0); new base C (21/25); total (23/25) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.91e-01 | |||||||||||
GGAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAA‑CCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGACCCGGCCGACCGGCGGCCA > NC_002947/1126499‑1126784 | ggAGGGGCCGATGCCGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGCGATGGTGGCTATACCTCCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAA‑cc > 5:91959/1‑149 (MQ=25) gAGGGGCCGATGACGATCTTGAACAGGTCGAAGACGCTCAGTGACATGTGGACCTCCTGCCAGGTTGTTGGGTGGACATTGAGCCCTGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAAGCGGAGGTTTATCCACAATAGCATT‑AGA‑CGG‑Taaaacc > 7:253865/1‑146 (MQ=255) gccgttATTGAACAGGTCTAATACGCTCAGTGACATGTGGACATCCTGCCAGGTTGTTGGGTGTACATTGAGACCTGTAGTCGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGAGGTATATCCACCATCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTacac < 8:253865/148‑1 (MQ=25) 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(MQ=255) gTATAGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGc < 3:282006/85‑1 (MQ=255) ataGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAc > 1:69857/1‑149 (MQ=255) taGCCACCATCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGCAGGCGCACACCAGGTTGCGGTCGCCGAACACGTTGTCGAcc > 5:165748/1‑149 (MQ=255) aGCCACAATCGCATT‑CGC‑CGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCCCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGCAGGGCTATCAGGCCTCCAGATAGCTCTCGATCGACGCGCAGCCGCAACCCAGGTAGAGGACGCCGAACACGTTGTCGAccc > 4:17936/1‑149 (MQ=255) gCCACCATCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGc > 4:217060/1‑106 (MQ=255) gCCACCATCGCATT‑CGC‑GGG‑TAAACCCGCTCCTACACAGAGCCCGCCACCCAAGCCAGGTGGCGGGGAGGGCTATCAGGCGTCCTGATAGCTCTCGATCGACGGGc < 3:217060/106‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |