Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 6,013,885 | T→C | intergenic (+90/+20) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,013,885 | 0 | T | C | 97.7% | 141.6 / NA | 44 | intergenic (+90/+20) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (21/22); minor base A (1/0); total (22/22) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
AATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATC > NC_002947/6013740‑6014027 | aaTCGCGGGCCCGGGGGAAGGCGCGGGATGGGGGGGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTACGGCACAGCGTTCGAGACCTGTGCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGc < 8:160967/148‑1 (MQ=14) tGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCCCCCCCCCTCCCCCCGGTGCAGCACAGGGGTCGGAAGCGGTGCCGTTCCTGTGGGAGCGGGCGTGGCCGCGAATTGc > 7:244044/1‑149 (MQ=255) tCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACCCCCCCACCCCCCGGTGCCGCACAGGTGTGGAACCGGGTGGGGGACCTGTGGGGGCGGGCGGGCCCGCGAATTGCCCCCAccagtttt > 8:364859/1‑142 (MQ=255) cGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAACCGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATc < 3:172477/149‑1 (MQ=255) gCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGGCTTCGC‑GGGCACGCCCCCACCCACAGGTGCAGCACAGGTAGCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGGGCCCGCGCATGGCCg > 1:88167/1‑136 (MQ=255) gCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCg < 2:88167/135‑1 (MQ=255) gAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACCCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTGTCGGACGCGGGGCCCGACCTGTGGGGGCGGGGGTGCCCCCGAATGGCCGCCACCCTGTTATATGGtt > 4:227700/1‑149 (MQ=255) gtggtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGCGGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATTGCCGCAACCCATTTATATGGTTgcc > 1:280170/1‑149 (MQ=38) tggtgtggtCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTgccgc < 1:311114/149‑1 (MQ=255) tCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaac > 5:300528/1‑148 (MQ=255) gAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCcaacaacaa < 6:300528/148‑1 (MQ=255) aaCGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTg > 5:85202/1‑149 (MQ=255) gcgACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCAGTGCCGGACCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTggg > 7:309678/1‑147 (MQ=255) 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cGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGc < 8:321356/137‑1 (MQ=255) cGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGc > 7:321356/1‑137 (MQ=255) gCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCttt < 4:14252/149‑1 (MQ=255) tgCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCa < 5:368628/147‑1 (MQ=255) gCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAc > 7:153740/1‑149 (MQ=255) ccGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAc < 8:361879/148‑1 (MQ=255) cGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAccc < 7:364859/149‑1 (MQ=255) gTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAcccc < 4:387293/149‑1 (MQ=255) gAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAACTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCg > 6:121865/1‑149 (MQ=255) gCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGt > 1:110276/1‑149 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAc > 2:174989/1‑132 (MQ=255) gggCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATAc < 1:174989/132‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGc < 3:348108/97‑1 (MQ=255) gCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGc > 4:348108/1‑97 (MQ=255) cGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATc < 3:265097/149‑1 (MQ=255) | AATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCT‑GCTTCGC‑GGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTCTCGAACGCTGTGCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCTGCGAATGGCCGCAACCCTTTTATCTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTCATACCCCTCCGGCCCCGGTGCATC > NC_002947/6013740‑6014027 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |