| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,905,401 | Δ1 bp | 5.8% | coding (1656/2553 nt) | nirB → | nitrite reductase large subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,905,401 | 0 | G | . | 5.8% | 324.1 / 12.6 | 103 | coding (1656/2553 nt) | nirB | nitrite reductase large subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (50/45); new base . (3/3); total (54/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
TGCGGGTGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACC > NC_002947/1905256‑1905545 | tGCGGGTGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTg > 3:375680/1‑149 (MQ=255) cGGGTGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCa < 8:401970/149‑1 (MQ=255) gggTGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAg < 8:380025/149‑1 (MQ=255) gggTGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAg < 5:198694/149‑1 (MQ=255) tGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑Gac < 5:442034/149‑1 (MQ=255) tGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑Ga > 5:113280/1‑148 (MQ=255) acggTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGTGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACAcc < 6:238277/147‑1 (MQ=255) gTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGTC‑CTGCAGCGGCACCAAc < 5:418698/149‑1 (MQ=255) tCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGTC‑CTGCAGCGGCACCAACgc < 5:156775/148‑2 (MQ=255) ccGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACCacc > 7:354397/1‑148 (MQ=255) ccGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCT‑GGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGacac > 2:238501/1‑149 (MQ=255) tttCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCa > 2:155362/1‑149 (MQ=255) tttCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCa > 8:68735/1‑149 (MQ=255) aGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGc < 4:358601/149‑1 (MQ=255) 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gATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGcc > 7:71034/1‑148 (MQ=255) tCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAg < 5:332875/149‑1 (MQ=255) aTGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGa < 8:350506/148‑1 (MQ=255) tGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGaaa < 5:216618/149‑1 (MQ=255) gACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAAt < 4:19836/148‑1 (MQ=255) 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ggCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCGCTCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGAc < 1:254251/149‑1 (MQ=255) tcGTTGGTGTC‑CTGCAGCGGCACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAACCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGAc > 8:209202/2‑147 (MQ=255) cGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTg < 2:435250/149‑1 (MQ=255) gTTGGTGTC‑CTGCAGCGGCACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAATAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCCGGTGGCCAAGAAATa < 7:78713/141‑1 (MQ=255) gTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTg > 2:212890/1‑148 (MQ=255) ttGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATaa < 4:10280/97‑1 (MQ=255) ttGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATaa > 3:10280/1‑97 (MQ=255) ttGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTa < 1:282592/149‑1 (MQ=255) gTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTaca < 3:16843/148‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc < 2:302154/149‑1 (MQ=255) tGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc < 3:240500/149‑1 (MQ=255) gCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACAcc > 6:377701/1‑148 (MQ=255) | TGCGGGTGGAGGGTATCCGCACTTTCAGCGAACTGCTCGAGCGCCATGGCAAGGGCCATCTGGGGTGTGACATCTGCAAGCCGGCGGTGGGCAACATTCTCGCCTCGTGCTGGAACCAGCCGATCATGGACCCGGCGTTGGTGCCGCTGCAG‑GACACCAACGACACCTTCATGGCCAACATGCAGAAAAACGGCACCTATTCGGTGGTGCCGCGCATTCCCGGTGGTGAAATAACCCCCGACAAGCTCATCG‑TCATCGGCCAGGTGGCCAAGAAATACGACCTGTACACC > NC_002947/1905256‑1905545 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |